PDB-3p52: NH3-dependent NAD synthetase from Campylobacter jejuni subsp. jej...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3p52

タイトル

NH3-dependent NAD synthetase from Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168 in complex with the nitrate ion

要素

NH(3)-dependent NAD(+) synthetase

キーワード

LIGASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / NAD+ synthetase / Campylobacter jejuni / nadE / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

NAD+ synthase / NAD+ synthase activity / NAD+ synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / glutaminase activity / NAD+ biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Campylobacter jejuni (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.74 Å

データ登録者

Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Skarina, T. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: NH3-dependent NAD synthetase from Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168 in complex with the nitrate ion
著者: Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Skarina, T. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2010年10月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3p52.cif.gz	194.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3p52.ent.gz	157.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3p52.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3p52_validation.pdf.gz	446.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3p52_full_validation.pdf.gz	455.1 KB	表示
XML形式データ	3p52_validation.xml.gz	19.4 KB	表示
CIF形式データ	3p52_validation.cif.gz	26.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/3p52 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/3p52	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1xnhS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1xng-d 4j4t-3 4j4t-2 1mki-d 6uyk-1 4e6p-2 5nq3-1 5iek-d 6jrf-d 3mrg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: idp90844

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase

B: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase

ヘテロ分子

56.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase

B: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase

ヘテロ分子

A: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase

B: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase

ヘテロ分子

A: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase

B: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
169 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.945, 120.945, 91.795
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

#1: タンパク質	NH(3)-dependent NAD(+) synthetase 分子量: 28092.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) 遺伝子: Cj0810, nadE / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9PPB0, NAD+ synthase
#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.34 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 4.25 M NaNitrate, 0.1 M Bis-Tris, 10 mM NAD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月31日 / 詳細: MIRROR
放射	モノクロメーター: SI-111 CHANNEl / プロトコル: MOLECULAR REPLACEMENT / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.74→30 Å / Num. all: 20690 / Num. obs: 20690 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 74 Å² / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 23.2
反射シェル	解像度: 2.74→2.8 Å / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.882 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1029 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHENIX		モデル構築
CCP4		モデル構築
MrBUMP		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1XNH

1xnh

解像度: 2.74→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 24.215 / SU ML: 0.22 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.296 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24451	1056	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20911	-	-	-
obs	0.21084	19563	99.21 %	-
all	-	19563	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.083 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.27 Å²	0.64 Å²	0 Å²
2-	-	1.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.91 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.4 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.74→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3577	0	16	65	3658

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	3636
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.653	1.997	4883
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.218	5	454
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.761	25.811	148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.143	15	720
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.196	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	573
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2600
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.72	1.5	2281
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.475	2	3633
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.97	3	1355
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.636	4.5	1250
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1774 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
tight positional	0.06	0.05
tight thermal	0.13	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.74→2.811 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.342	75	-
R_work	0.298	1392	-
obs	-	-	95.51 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4509	0.3462	-0.4081	1.1115	0.3199	1.2535	-0.1011	-0.0569	-0.3503	-0.0434	-0.0241	-0.2633	0.3218	0.337	0.1251	0.1982	0.1559	0.0462	0.1786	0.0648	0.162	-35.6979	-59.2698	-27.596
2	1.6467	-0.2234	-0.0413	2.1111	0.3944	1.4931	-0.1255	-0.1153	-0.0472	0.0858	0.0372	-0.5127	0.0683	0.5084	0.0883	0.0241	0.0021	-0.0097	0.3748	0.0645	0.1557	-25.5214	-32.3445	-20.3277

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 245
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 249

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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