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Yorodumi- PDB-6jrf: Crystal structure of ZmMoc1-Holliday junction Complex in the pres... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6jrf | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of ZmMoc1-Holliday junction Complex in the presence of Calcium | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN/DNA / Holliday junction resolvase-DNA complex / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
| Function / homology | Holliday junction resolvase MOC1-like / crossover junction DNA endonuclease activity / metal ion binding / DNA / DNA (> 10) / Holliday junction resolvase MOC1, chloroplastic Function and homology information | ||||||
| Biological species | ![]() synthetic construct (others) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.047 Å | ||||||
Authors | Lin, Z. / Lin, H. / Zhang, D. / Yuan, C. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Chem.Biol. / Year: 2019Title: Structural basis of sequence-specific Holliday junction cleavage by MOC1. Authors: Lin, H. / Zhang, D. / Zuo, K. / Yuan, C. / Li, J. / Huang, M. / Lin, Z. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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| PDBx/mmCIF format | 6jrf.cif.gz | 218.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6jrf.ent.gz | 171.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6jrf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6jrf_validation.pdf.gz | 467 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6jrf_full_validation.pdf.gz | 470 KB | Display | |
| Data in XML | 6jrf_validation.xml.gz | 15.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 6jrf_validation.cif.gz | 20.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/6jrf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/6jrf | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6is8C ![]() 6is9SC ![]() 6jrgC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
| ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
| ||||||||
| Unit cell |
|
-
Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
| #1: Protein | Mass: 18712.346 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: RuvC domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
|---|
-DNA chain , 2 types, 2 molecules CD
| #2: DNA chain | Mass: 10121.506 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
|---|---|
| #3: DNA chain | Mass: 10152.517 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
-Non-polymers , 3 types, 21 molecules 




| #4: Chemical | ChemComp-CA / #5: Chemical | ChemComp-1PE / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 46.94 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: evaporation / pH: 7.5 / Details: 50mM CaCl2, 10mM MES pH 5.5, 40% PEG 200 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.978 Å | ||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 30, 2018 | ||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.978 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.047→63.501 Å / Num. obs: 31763 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 6.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 12.6 | ||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 6IS9 Resolution: 2.047→63.501 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 33.27
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 200.86 Å2 / Biso mean: 77.9031 Å2 / Biso min: 28.84 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.047→63.501 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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