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- PDB-3p52: NH3-dependent NAD synthetase from Campylobacter jejuni subsp. jej... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3p52 | ||||||
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Title | NH3-dependent NAD synthetase from Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168 in complex with the nitrate ion | ||||||
![]() | NH(3)-dependent NAD(+) synthetase | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Skarina, T. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
![]() | ![]() Title: NH3-dependent NAD synthetase from Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168 in complex with the nitrate ion Authors: Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Skarina, T. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 194.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 157.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 1xnhS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
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Components
#1: Protein | Mass: 28092.271 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-NO3 / ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.45 Å3/Da / Density % sol: 64.34 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 4.25 M NaNitrate, 0.1 M Bis-Tris, 10 mM NAD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 31, 2010 / Details: MIRROR |
Radiation | Monochromator: SI-111 CHANNEl / Protocol: MOLECULAR REPLACEMENT / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.74→30 Å / Num. all: 20690 / Num. obs: 20690 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 23.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.74→2.8 Å / Redundancy: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.882 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1029 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: PDB entry 1XNH Resolution: 2.74→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 24.215 / SU ML: 0.22 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.296 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 72.083 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.74→30 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Number: 1774 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.74→2.811 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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