PDB-4e6p: Crystal structure of a probable sorbitol dehydrogenase (Target PS...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4e6p

タイトル

Crystal structure of a probable sorbitol dehydrogenase (Target PSI-012078) from Sinorhizobium meliloti 1021

要素

Probable sorbitol dehydrogenase (L-iditol 2-dehydrogenase)

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NAD(P)-binding / Structural genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)

機能・相同性

機能・相同性情報

L-iditol 2-dehydrogenase / L-iditol 2-dehydrogenase (NAD+) activity / quinone binding / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Sinorhizobium meliloti (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.096 Å

データ登録者

Kumar, P.R. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of a probable sorbitol dehydrogenase from Sinorhizobium meliloti 1021
著者: Kumar, P.R. / Banu, N. / Bhosle, R. / Bonanno, J. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Gizzi, A. / Glen, S. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J.D. / Matikainen, B. / Seidel, R. / Toro, R. / ...

履歴

登録	2012年3月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4e6p.cif.gz	399.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4e6p.ent.gz	327.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4e6p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/4e6p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/4e6p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6pei-d 1k2w-2 5ics-d 1yde-2 6pej-d 1zem-2 2ztl-d 1yde-4 4trr-2 5zi0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NYSGRC-012078

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

その他のデータベース

TargetTrack: NYSGRC-012078

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Probable sorbitol dehydrogenase (L-iditol 2-dehydrogenase)

B: Probable sorbitol dehydrogenase (L-iditol 2-dehydrogenase)

C: Probable sorbitol dehydrogenase (L-iditol 2-dehydrogenase)

D: Probable sorbitol dehydrogenase (L-iditol 2-dehydrogenase)

ヘテロ分子

113 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Probable sorbitol dehydrogenase (L-iditol 2-dehydrogenase)

D: Probable sorbitol dehydrogenase (L-iditol 2-dehydrogenase)

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
56.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Probable sorbitol dehydrogenase (L-iditol 2-dehydrogenase)

B: Probable sorbitol dehydrogenase (L-iditol 2-dehydrogenase)

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
56.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

B: Probable sorbitol dehydrogenase (L-iditol 2-dehydrogenase)

C: Probable sorbitol dehydrogenase (L-iditol 2-dehydrogenase)

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
56.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

C: Probable sorbitol dehydrogenase (L-iditol 2-dehydrogenase)

D: Probable sorbitol dehydrogenase (L-iditol 2-dehydrogenase)

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
56.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.190, 90.407, 87.228
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 118.080, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

The biological assembly is probably a tetramer

#1: タンパク質	Probable sorbitol dehydrogenase (L-iditol 2-dehydrogenase) 分子量: 27862.400 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 株: 1021 / 遺伝子: smoS, R02441, SMc01500 / プラスミド: pSGC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q92N06, L-iditol 2-dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 531 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.63 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: THE CRYSTAL WAS SOAKED WITH 5mM NAD BEFORE FREEZING. Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol; Reservoir (0.2M Potassium Chloride, 20% PEG 3350 - MCSG1 #89), Cryoprotection ...詳細: THE CRYSTAL WAS SOAKED WITH 5mM NAD BEFORE FREEZING. Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol; Reservoir (0.2M Potassium Chloride, 20% PEG 3350 - MCSG1 #89), Cryoprotection (Ethylene glycol), Sitting Drop Vapor Diffusion, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

結晶

マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.63 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: THE CRYSTAL WAS SOAKED WITH 5mM NAD BEFORE FREEZING. Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol; Reservoir (0.2M Potassium Chloride, 20% PEG 3350 - MCSG1 #89), Cryoprotection ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月7日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 65989 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 21.25 Å² / R_merge(I) obs: 0.058 / Χ²: 0.855 / Net I/σ(I): 11.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.14	5.9	0.182	3114	0.885	1	93.5
2.14-2.18	5.9	0.158	3116	0.861	1	94.3
2.18-2.22	5.9	0.15	3191	0.884	1	95.6
2.22-2.26	5.9	0.143	3234	0.96	1	96.9
2.26-2.31	6	0.123	3259	0.856	1	97.8
2.31-2.37	6.1	0.115	3281	0.849	1	98.6
2.37-2.42	6.3	0.108	3313	0.854	1	99.2
2.42-2.49	6.4	0.109	3305	0.89	1	99.3
2.49-2.56	6.6	0.103	3327	0.93	1	99.6
2.56-2.65	6.8	0.099	3290	0.931	1	99.6
2.65-2.74	6.9	0.089	3361	0.995	1	99.6
2.74-2.85	7.1	0.085	3304	1.011	1	99.8
2.85-2.98	7.2	0.075	3344	1.015	1	99.8
2.98-3.14	7.4	0.067	3345	1.01	1	99.7
3.14-3.33	7.5	0.057	3346	0.895	1	99.9
3.33-3.59	7.6	0.047	3359	0.809	1	100
3.59-3.95	7.6	0.042	3358	0.803	1	100
3.95-4.52	7.6	0.035	3344	0.677	1	99.9
4.52-5.7	7.6	0.032	3394	0.557	1	100
5.7-50	7.4	0.031	3404	0.542	1	98.8

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	-55.506	-43.71	-26.343	S	20	1
2	-47.66	-29.007	-12.514	S	20	0.96
3	-48.079	-41.674	-42.422	S	20	0.96
4	-67.983	-51.432	3.454	S	20	0.95
5	-37.949	-43.654	-15.784	S	20	0.91
6	-76.484	-36.681	-19.811	S	20	0.88
7	-62.614	-25.856	-16.036	S	20	0.87
8	-71.393	-36.215	-5.345	S	20	0.87
9	-47.29	-28.993	-33.107	S	20	0.87
10	-30.372	-31.089	-10.241	S	20	0.86
11	-60.403	-46.932	-12.232	S	20	0.85
12	-79.978	-21.381	-17.593	S	20	0.85
13	-64.339	-36.215	1.793	S	20	0.85
14	-41.808	-34.516	-27.881	S	20	0.85
15	-39.287	-38.179	-23.614	S	20	0.85
16	-74.082	-36.614	-10.276	S	20	0.84
17	-84.642	-28.044	-28.311	S	20	0.68
18	-46.459	-14.184	-24.324	S	20	0.66
19	-74.828	-53.028	-23.121	S	20	0.62
20	-44.854	-58.552	-21.548	S	20	0.59
21	-60.926	-19.942	1.899	S	20	0.59
22	-61.464	-44.802	13.125	S	20	0.56
23	-28.323	-43.567	-4.819	S	20	0.51
24	-51.855	-29.094	-47.176	S	20	0.43
25	-28.266	-36.579	-32.302	S	20	0.26
26	-85.084	-36.486	-1.014	S	20	0.22
27	-90.953	-41.163	-27.219	S	20	0.22
28	-29.689	-45.873	-31.964	S	20	0.19
29	-96.549	-31.147	0.368	S	20	0.18
30	-92.095	-36.359	-21.257	S	20	0.17
31	-67.339	-53.995	6.068	S	20	0.11
32	-81.512	-26.369	-28.922	S	20	0.1
33	-99.797	-36.751	15.901	S	20	0.09
34	-61.155	-47.258	-16.05	S	20	0.09
35	-44.472	-29.741	-30.875	S	20	0.01

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CBASS		データ収集
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.096→29.302 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8805 / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.09 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: PARTIAL NAD DENSITY IS OBSERVED IN ALL 4 MONOMERS AT THE SAME POSITION. ALTHOUGH THIS PARTIAL DENSITY IS SEEN IT IS NOT MODELLED.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2062	3324	5.04 %	random
R_work	0.1611	-	-	-
obs	0.1633	65912	98.49 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 62.346 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 85.71 Å² / B_iso mean: 25.5247 Å² / B_iso min: 7.48 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.4366 Å²	-0 Å²	0.838 Å²
2-	-	0.0706 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.366 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.096→29.302 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7624	0	72	531	8227

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	7832
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.012	10593
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	1203
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1392
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.594	2824

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.096-2.1259	0.2018	114	0.149	2400	2514	91
2.1259-2.1577	0.2226	142	0.1445	2467	2609	94
2.1577-2.1914	0.1874	139	0.1394	2497	2636	95
2.1914-2.2273	0.1907	135	0.1456	2527	2662	96
2.2273-2.2657	0.2308	142	0.1517	2548	2690	97
2.2657-2.3068	0.2126	126	0.1537	2615	2741	98
2.3068-2.3512	0.2281	135	0.1525	2585	2720	99
2.3512-2.3992	0.2104	130	0.1449	2621	2751	99
2.3992-2.4513	0.2037	147	0.151	2626	2773	99
2.4513-2.5083	0.2036	139	0.1589	2637	2776	99
2.5083-2.571	0.232	146	0.1619	2620	2766	100
2.571-2.6405	0.2256	137	0.1656	2597	2734	100
2.6405-2.7181	0.2078	135	0.1552	2651	2786	100
2.7181-2.8058	0.2373	156	0.174	2616	2772	100
2.8058-2.906	0.2642	141	0.1676	2641	2782	100
2.906-3.0222	0.2039	143	0.1653	2642	2785	99
3.0222-3.1596	0.2002	145	0.1575	2609	2754	100
3.1596-3.326	0.1817	131	0.1599	2674	2805	100
3.326-3.534	0.2074	115	0.16	2652	2767	100
3.534-3.8064	0.2101	153	0.151	2676	2829	100
3.8064-4.1884	0.1775	143	0.1592	2663	2806	100
4.1884-4.7922	0.1841	152	0.1503	2623	2775	100
4.7922-6.029	0.2217	136	0.1902	2687	2823	100
6.029-29.3045	0.199	142	0.1889	2714	2856	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0692	0.0375	-0.4988	2.0547	0.5353	2.3275	-0.0443	0.6542	0.0582	-0.51	0.0281	-0.1451	-0.028	-0.0293	-0.0034	0.2599	-0.0112	0.0687	0.3126	-0.0012	0.1125	68.1308	3.633	-13.3793
2	2.0394	-1.1293	-0.0181	2.0625	0.0873	0.993	0.0097	0.199	-0.0822	-0.247	0.0203	0.0086	0.0232	0.0095	-0.0342	0.1366	-0.0335	0.001	0.1375	-0.0037	0.073	56.4187	3.593	-0.4052
3	3.9479	-1.6575	1.9481	0.9016	-1.1319	1.4411	-0.0231	0.3411	0.467	-0.1582	0.0329	0.015	-0.1056	0.043	0.0292	0.2242	-0.003	-0.0124	0.1551	0.1086	0.2372	55.0924	27.274	-2.3081
4	2.0738	-1.3426	0.1349	4.8842	-0.5741	1.3835	-0.022	0.1639	0.2304	-0.2049	0.0103	-0.2085	-0.1138	0.0498	0.0208	0.101	-0.021	0.0059	0.1074	-0.0132	0.0867	69.1293	9.6564	5.6143
5	2.6122	0.0617	-0.4833	1.8569	0.3888	2.1768	-0.0998	0.1587	-0.2073	-0.0415	-0.0533	0.3095	0.1538	-0.1905	0.0931	0.0749	-0.0192	-0.025	0.123	-0.0357	0.2013	25.3861	0.9303	11.5988
6	1.4227	-0.8593	-0.2029	2.2507	0.4357	0.6789	0.02	0.1186	-0.0907	-0.1623	-0.0374	0.2171	-0.0254	-0.0935	0.0268	0.1027	-0.021	-0.0336	0.1081	0.0067	0.085	41.6887	4.4463	7.5051
7	1.1627	-0.5854	-1.845	2.7138	2.5869	4.0351	-0.0117	0.1333	-0.5091	0.2076	0.0337	0.1824	0.9993	-0.0987	0.148	0.4874	0.016	-0.1137	0.1422	-0.0497	0.3227	48.664	-16.2842	17.8719
8	2.5126	-1.1022	0.4759	4.6989	-0.6558	2.0107	-0.0456	0.0036	-0.1293	0.1302	0.0554	0.1245	0.1349	0.0019	-0.0096	0.107	-0.009	-0.014	0.1221	-0.0164	0.0795	40.8371	5.9435	22.5966
9	2.4268	-0.2101	-0.31	2.1776	0.0201	2.2291	0.0587	-0.2829	0.2899	0.3139	0.0281	0.1811	-0.0898	0.0037	-0.0509	0.1617	-0.0083	0.055	0.128	-0.0334	0.1245	44.3551	16.6255	46.0308
10	1.359	1.0568	-0.7356	2.1882	-0.5866	1.0616	0.0316	-0.1157	0.0265	0.1636	-0.0144	0.0204	-0.0367	0.0124	-0.0108	0.1051	0.0188	-0.016	0.0932	-0.0135	0.0707	56.8711	13.387	34.1065
11	4.5041	1.6823	0.5267	3.1154	0.6491	0.1396	-0.2193	-0.2543	0.8263	-0.1452	-0.0108	0.2307	-0.3927	-0.059	0.1103	0.3607	-0.0015	-0.0778	0.1462	-0.0432	0.287	51.3753	33.9441	22.9909
12	1.57	0.2072	-0.1578	5.1373	-2.395	2.3048	-0.0433	0.0325	0.0431	-0.0135	0.0831	0.1329	-0.0233	-0.0652	-0.0395	0.0992	-0.0049	-0.0317	0.1295	-0.0284	0.1128	43.5089	11.6505	26.8581
13	2.5688	-0.0373	-0.7509	1.4688	0.4611	1.8326	-0.0614	-0.1684	-0.0372	0.1439	0.0283	-0.3083	0.0808	0.3574	0.0533	0.0242	-0.0191	-0.0035	0.1477	-0.0184	0.1853	88.2997	13.711	22.9449
14	1.2819	0.6519	-0.3616	2.0021	-0.7657	1.2931	0.0124	-0.0513	0.0128	0.0253	-0.0324	-0.2213	-0.0066	0.1205	0.0289	0.0774	0.0178	-0.0175	0.0986	-0.0161	0.1131	71.1591	13.9993	26.0105
15	1.0277	-0.6489	-0.7595	1.3185	-1.2762	5.4644	-0.1343	-0.1019	-0.211	0.1297	-0.0004	-0.1175	0.441	0.292	0.1081	0.198	0.0491	-0.0189	0.115	0.0257	0.1975	71.6322	-9.5721	28.0035
16	1.6508	0.5587	-0.2125	6.3042	-1.6332	1.7094	-0.077	0.0683	-0.1714	-0.1181	-0.0507	-0.2194	0.1796	0.1276	0.1233	0.1284	0.0017	0.0128	0.1104	-0.0284	0.0832	72.6878	7.8822	12.0759

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 2:90)	A	2 - 90
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 91:185)	A	91 - 185
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 186:222)	A	186 - 222
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 223:257)	A	223 - 257
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 2:90)	B	2 - 90
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 91:185)	B	91 - 185
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 186:222)	B	186 - 222
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 223:257)	B	223 - 257
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resseq 2:90)	C	2 - 90
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resseq 91:185)	C	91 - 185
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resseq 186:222)	C	186 - 222
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resseq 223:257)	C	223 - 257
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resseq 2:90)	D	2 - 90
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resseq 91:185)	D	91 - 185
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resseq 186:222)	D	186 - 222
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resseq 223:257)	D	223 - 257

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)