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万見
- PDB-1xnh: Crystal Structure of NH3-dependent NAD+ synthetase from Helicobac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xnh
タイトルCrystal Structure of NH3-dependent NAD+ synthetase from Helicobacter pylori
要素NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
キーワードLIGASE / NH3-dependent NAD+ synthetase / Helicobacter pylori / amidotransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+ synthase / NAD+ synthase activity / NAD+ synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / glutaminase activity / NAD+ biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NH(3)-dependent NAD(+) synthetase / NAD(+) synthetase / NAD/GMP synthase / NAD synthase / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kang, G.B. / Kim, Y.S. / Im, Y.J. / Rho, S.H. / Lee, J.H. / Eom, S.H.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of NH3-dependent NAD+ synthetase from Helicobacter pylori
著者: Kang, G.B. / Kim, Y.S. / Im, Y.J. / Rho, S.H. / Lee, J.H. / Eom, S.H.
履歴
登録2004年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3761
ポリマ－30,3761
非ポリマー00
水66737
1
A: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase

A: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7522
ポリマ－60,7522
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area4000 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area22860 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)93.830, 48.320, 64.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.97, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 NH(3)-dependent NAD(+) synthetase


分子量: 30376.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O25096, NAD+ synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: sodium acetate, PEG 1500, magnesium chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12941
22941
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-18B10.9794, 0.9793, 0.9716
シンクロトロンPhoton Factory BL-18B20.9202
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月12日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1GRAPHITEMADMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
20.97931
30.97161
40.92021
反射解像度: 2.3→26.74 Å / Num. all: 12172 / Num. obs: 12154 / % possible obs: 14.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→26.74 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.295 1257 RANDOM
Rwork0.255 --
all0.259 12172 -
obs0.259 12154 -
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.32 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→26.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1964 0 0 37 2001
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.3-2.40.33315410.30.30213450.0271503149999.7
2.4-2.530.2931459.70.27613480.0241494149399.9
2.53-2.690.33917011.20.28313490.0261521151999.9
2.69-2.90.3181489.80.26913580.0261508150699.9
2.9-3.190.30915510.20.26213610.0251517151699.9
3.19-3.650.28517511.50.25313520.0221528152799.9
3.65-4.590.277152100.22313660.0221519151899.9
4.59-26.740.277158100.23514180.0221584157699.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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