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- PDB-3p4r: Crystal structure of Menaquinol:fumarate oxidoreductase in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p4r
タイトルCrystal structure of Menaquinol:fumarate oxidoreductase in complex with glutarate
要素(Fumarate reductase ...) x 4
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


: / fermentation / succinate dehydrogenase activity / anaerobic electron transport chain / fumarate metabolic process / succinate dehydrogenase (quinone) activity / succinate dehydrogenase / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / iron-sulfur cluster binding ...: / fermentation / succinate dehydrogenase activity / anaerobic electron transport chain / fumarate metabolic process / succinate dehydrogenase (quinone) activity / succinate dehydrogenase / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / iron-sulfur cluster binding / bacterial-type flagellum assembly / membrane => GO:0016020 / tricarboxylic acid cycle / FAD binding / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / DNA damage response / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fumarate reductase, subunit C / Fumarate reductase subunit C / Fumarate reductase, subunit D / Fumarate reductase subunit D / Fumarate reductase, flavoprotein subunit / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S dicluster domain / succinate dehydrogenase protein domain / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, transmembrane subunit / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain ...Fumarate reductase, subunit C / Fumarate reductase subunit C / Fumarate reductase, subunit D / Fumarate reductase subunit D / Fumarate reductase, flavoprotein subunit / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S dicluster domain / succinate dehydrogenase protein domain / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, transmembrane subunit / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain / Alpha-helical ferredoxin / Fumarate Reductase Iron-sulfur Protein; Chain B, domain 2 / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, transmembrane subunit / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase, flavoprotein subunit / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, FAD-binding site / Fumarate reductase / succinate dehydrogenase FAD-binding site. / FAD-dependent oxidoreductase SdhA/FrdA/AprA / 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 1 / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase iron-sulphur protein / Succinate dehydogenase/fumarate reductase N-terminal / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal / Fumarate reductase flavoprotein C-term / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain superfamily / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain superfamily / FAD-dependent oxidoreductase 2, FAD binding domain / Alpha-helical ferredoxin / FAD binding domain / Rhinovirus 14, subunit 4 / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / 3-Layer(bba) Sandwich / Ubiquitin-like (UB roll) / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Roll / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / GLUTARIC ACID / IRON/SULFUR CLUSTER / Fumarate reductase subunit D / Succinate dehydrogenase iron-sulfur subunit / Fumarate reductase flavoprotein subunit / Fumarate reductase subunit C / Fumarate reductase flavoprotein subunit ...FE3-S4 CLUSTER / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / GLUTARIC ACID / IRON/SULFUR CLUSTER / Fumarate reductase subunit D / Succinate dehydrogenase iron-sulfur subunit / Fumarate reductase flavoprotein subunit / Fumarate reductase subunit C / Fumarate reductase flavoprotein subunit / Fumarate reductase subunit C / Fumarate reductase subunit D / Fumarate reductase iron-sulfur subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli 042 (大腸菌)
Escherichia coli O55:H7 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Tomasiak, T.M. / Archuleta, T.L. / Andrell, J. / Luna-Chavez, C. / Davis, T.A. / Sarwar, M. / Ham, A.J. / McDonald, W.H. / Yankowskaya, V. / Stern, H.A. ...Tomasiak, T.M. / Archuleta, T.L. / Andrell, J. / Luna-Chavez, C. / Davis, T.A. / Sarwar, M. / Ham, A.J. / McDonald, W.H. / Yankowskaya, V. / Stern, H.A. / Johnston, J.N. / Maklashina, E. / Cecchini, G. / Iverson, T.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Geometric restraint drives on- and off-pathway catalysis by the Escherichia coli menaquinol:fumarate reductase.
著者: Tomasiak, T.M. / Archuleta, T.L. / Andrell, J. / Luna-Chavez, C. / Davis, T.A. / Sarwar, M. / Ham, A.J. / McDonald, W.H. / Yankovskaya, V. / Stern, H.A. / Johnston, J.N. / Maklashina, E. / ...著者: Tomasiak, T.M. / Archuleta, T.L. / Andrell, J. / Luna-Chavez, C. / Davis, T.A. / Sarwar, M. / Ham, A.J. / McDonald, W.H. / Yankovskaya, V. / Stern, H.A. / Johnston, J.N. / Maklashina, E. / Cecchini, G. / Iverson, T.M.
履歴
登録2010年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fumarate reductase flavoprotein subunit
B: Fumarate reductase iron-sulfur subunit
C: Fumarate reductase subunit C
D: Fumarate reductase subunit D
M: Fumarate reductase flavoprotein subunit
N: Fumarate reductase iron-sulfur subunit
O: Fumarate reductase subunit C
P: Fumarate reductase subunit D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,51618
ポリマ－237,0348
非ポリマー3,48210
水00
1
A: Fumarate reductase flavoprotein subunit
B: Fumarate reductase iron-sulfur subunit
C: Fumarate reductase subunit C
D: Fumarate reductase subunit D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,2589
ポリマ－118,5174
非ポリマー1,7415
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17380 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area40210 Å2
手法PISA
2
M: Fumarate reductase flavoprotein subunit
N: Fumarate reductase iron-sulfur subunit
O: Fumarate reductase subunit C
P: Fumarate reductase subunit D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,2589
ポリマ－118,5174
非ポリマー1,7415
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17280 Å2
ΔGint-153 kcal/mol
Surface area40280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.678, 138.016, 269.558
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21M
12B
22N
13C
23O
14D
24P

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNALAALA6AA1 - 5762 - 577
21GLNGLNALAALA6ME1 - 5762 - 577
12ALAALAARGARG4BB1 - 2431 - 243
22ALAALAARGARG4NF1 - 2431 - 243
13THRTHRTRPTRP2CC1 - 1301 - 130
23THRTHRTRPTRP2OG1 - 1301 - 130
14ILEILEVALVAL2DD1 - 1102 - 111
24ILEILEVALVAL2PH1 - 1102 - 111

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

-
Fumarate reductase ... , 4種, 8分子 AMBNCODP

#1: タンパク質 Fumarate reductase flavoprotein subunit


分子量: 63477.707 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-577 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli 042 (大腸菌) / 株: 042/EAEC / 遺伝子: EC042_4630, frdA, SDY_4398 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: D3GV56, UniProt: P00363*PLUS, succinate dehydrogenase
#2: タンパク質 Fumarate reductase iron-sulfur subunit


分子量: 27021.885 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli 042 (大腸菌) / 株: 042/EAEC / 遺伝子: frdB, EC042_4629 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: D3GV55, UniProt: P0AC47*PLUS, succinate dehydrogenase
#3: タンパク質 Fumarate reductase subunit C


分子量: 14898.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O55:H7 (大腸菌) / 株: CB9615/EPEC / 遺伝子: frdC, G2583_4981 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D3QL74, UniProt: P0A8Q0*PLUS
#4: タンパク質 Fumarate reductase subunit D


分子量: 13118.870 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli 042 (大腸菌) / 株: 042/EAEC / 遺伝子: frdD, EC042_4627 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D3GV53, UniProt: P0A8Q3*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 10分子

#5: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#6: 化合物 ChemComp-GUA / GLUTARIC ACID / グルタル酸


分子量: 132.115 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H8O4
#7: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#8: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#9: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.8
詳細: 14.5% PEG 8000 mme, 125mM MgAc, 95mM Citrate pH 5.8, 0.1% w/v DTT, 0.1mM EDTA, 10mM glutarate, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1.03 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→40 Å / Num. obs: 88348 / % possible obs: 88.3 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obs% possible all
2.7-2.82.10.39467.1
2.8-2.912.20.35179.6
2.91-3.042.30.30287
3.04-3.22.50.24990.1
3.2-3.42.60.18192.5
3.4-3.662.70.15693.4
3.66-4.032.70.13492.6
4.03-4.622.80.12391.9
4.62-5.8130.11393.7
5.81-403.20.08494.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化解像度: 3.05→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 45.753 / SU ML: 0.407 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 1194 1.8 %
Rwork0.248 --
obs0.249 64607 95.3 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 95.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.45 Å20 Å20 Å2
2---5.67 Å20 Å2
3---5.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16642 0 162 0 16804
LS精密化 シェル解像度: 3.05→3.129 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.443 53 -
Rwork0.34 4797 -
all-4850 -
obs--95.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.06290.0113-0.88582.2531-0.67661.99780.0136-0.0032-0.3524-0.1369-0.02660.09790.60390.04170.0130.34150.01790.03240.4575-0.02860.389411.606611.2959-15.1645
20.3910.2585-0.52042.5002-0.09991.2621-0.0147-0.0639-0.0472-0.05260.0005-0.0375-0.04710.08130.01420.20210.0486-0.03110.5224-0.00630.38524.922129.4679-5.2989
322.90248.858-19.13153.4285-7.39715.99110.3156-0.9856-0.07890.1297-0.36-0.0426-0.33980.8620.04450.50530.0510.03810.8524-0.13650.57136.990231.2294-19.8967
41.72480.72150.18521.14120.35881.2179-0.070.0796-0.0744-0.09080.05870.0240.2204-0.00790.01130.27460.03340.03560.448-0.0060.372612.146116.8795-14.9587
50.23870.4365-0.50572.5399-0.60841.761-0.0262-0.03860.1059-0.17350.0544-0.1296-0.0936-0.0293-0.02820.25470.03130.02390.4734-0.01250.4227.930439.8123-13.8685
66.5071-0.0529-0.19786.2330.73565.7749-0.0537-0.37520.11890.04630.1110.1106-0.4897-0.3815-0.05730.35860.01680.0930.33880.01870.478610.182451.6074-16.566
711.40775.86892.48993.81033.04817.7678-0.19780.5012-0.1075-0.59950.6868-0.6872-0.58550.7879-0.4890.5277-0.18950.46320.4918-0.27640.929418.092942.802-31.1739
81.12342.6284-2.054121.6964-13.31568.4780.1-0.093-0.0064-0.18360.1730.5082-0.0562-0.1762-0.27310.23760.0544-0.00530.5174-0.0730.41276.93137.2862-13.8082
92.56961.0683-0.65791.734-0.0571.1134-0.061-0.2026-0.30130.31510.04-0.00030.3549-0.06510.02110.3490.00640.01430.47160.02950.35039.139715.8208-3.2447
101.37490.2250.18713.20221.4811.891-0.06360.0788-0.0186-0.06850.00410.48970.1119-0.28990.05950.2345-0.03130.01920.51390.01340.3509-12.047228.1422-14.684
112.83860.72630.3650.573-0.07820.1836-0.0479-0.43460.19390.1762-0.04980.1608-0.1721-0.11990.09770.33030.0012-0.01220.5413-0.02440.3763-0.372736.39721.0172
1211.98112.66193.10882.44510.55353.57530.4848-0.9943-0.02550.5311-0.32570.11010.3447-0.2086-0.15920.39220.07430.05470.49980.00930.34763.638329.45287.4534
135.3873-1.8091-3.958714.2821-1.90734.4548-0.32840.53470.6204-0.92620.85631.09480.2168-1.0464-0.52790.1935-0.0263-0.20910.7691-0.0370.2835-9.618927.0117-39.2119
141.67560.1150.1951.3429-0.17861.6219-0.10480.29710.1135-0.48390.0731-0.188-0.1001-0.26840.03170.2157-0.0380.03920.4564-0.02330.0847-2.162525.8402-36.8912
1548.198-3.98987.71240.7242-2.4399.82510.43040.60470.6014-0.0016-0.13530.06870.31660.2435-0.29510.5947-0.12220.14260.323-0.09720.179814.85769.4611-32.1723
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172.4814-0.47060.07782.11950.09783.1017-0.00870.036-0.1063-0.2698-0.0079-0.25130.33530.20450.01660.3605-0.03620.12960.3316-0.02260.275625.195813.8935-39.5107
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1910.0025-2.5378-7.49620.96271.28457.63030.24850.6399-0.5171-0.4224-0.20660.2681-0.0603-0.0503-0.04190.8763-0.10950.08180.5825-0.07830.395531.843416.6907-83.9519
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263.01551.60234.01591.05091.50158.4223-0.2191-0.14310.55730.1969-0.09250.4199-0.1984-0.80770.31171.4167-0.07160.86790.16080.08431.085611.3473-26.8846-18.4247
274.7812-3.0481-0.22442.67061.35174.3949-0.0051-0.11090.01580.29670.07670.76520.1189-0.8058-0.07160.82760.01790.66340.330.47631.6104-0.7614-50.9751-26.8963
280.67481.15921.82088.991.46995.44-0.12270.0399-0.04520.53530.67191.0162-0.3902-0.2065-0.54920.39390.11930.56720.32390.51261.2554.3332-44.2328-36.3645
290.27820.43260.62781.33780.03634.10580.3392-0.06850.26420.9236-0.10240.2828-0.6256-0.1679-0.23681.1798-0.06940.88250.2275-0.00621.043315.3055-28.3811-15.9664
304.0793-3.15960.60623.1967-0.75051.08980.1351-0.2531.01860.9750.1399-0.2136-0.1707-0.048-0.2751.6562-0.16520.87440.0632-0.16130.827614.2755-42.8415-10.6178
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324.51754.87610.768215.3903-4.62468.0230.5288-1.07140.24950.2384-0.8299-1.1431-0.45321.05530.30110.5132-0.20440.37480.7193-0.14280.522326.0942-68.9217-23.3085
336.0552.4458-2.29893.0631.75334.3626-1.00841.20970.1621-1.22271.12380.1217-0.84650.3946-0.11551.3193-0.35550.35590.49910.18210.488226.345-56.0609-39.5988
340.6557-0.1322-0.72562.54273.10254.46970.749-0.22410.6736-0.3336-0.17670.0517-0.8325-0.1859-0.57231.1333-0.11890.82980.390.00990.94557.699-45.2484-14.6186
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372.649-0.4316-1.16583.1601-2.13292.60870.2207-0.415-0.00860.65210.02960.7194-0.2525-0.0428-0.25030.8911-0.03180.63770.4884-0.0180.63214.9451-56.8836-6.1939
381.22061.6135-0.36412.61160.33043.9680.3879-0.607-0.09150.9502-0.5054-0.1986-0.20480.46780.11751.3905-0.2382-0.00670.7666-0.08520.613742.2049-41.2197-16.7436
392.63240.82480.82173.3379-0.17150.95960.1141-0.05650.46040.8466-0.0799-0.0568-0.3288-0.0244-0.03420.879-0.080.2640.55740.00210.504131.85-33.1499-28.6108
401.01491.0266-0.70461.1147-0.75040.52660.3762-0.170.25140.3551-0.06360.5872-0.2242-0.0317-0.31260.9660.08350.32260.80460.39461.61711.727-35.346-43.4168
413.5129-3.10110.52175.4792-0.82124.11750.0762-0.01560.16160.3470.15050.2806-0.4187-0.2816-0.22670.8205-0.02350.27960.4452-0.01160.647728.9638-24.9524-37.8933
421.81430.96790.51252.2283-0.86884.28860.02470.17570.3711-0.02660.19240.9302-0.4783-0.3686-0.21710.5964-0.01470.2220.41940.06730.717524.3391-21.999-46.4757
436.07490.19841.70151.5902-0.24940.55660.3714-0.50720.52010.6055-0.34640.32190.144-0.0514-0.0251.4793-0.19310.07990.6472-0.14520.793243.5203-21.5368-25.4648
441.37932.0375-3.95815.807-7.971917.40.0807-0.19760.03590.0524-0.3688-0.391-0.1780.59030.2880.55410.0270.17150.4081-0.00630.658751.636-19.4804-60.4949
450.2833-0.62070.13121.4420.1072.578-0.01320.10490.0903-0.0071-0.188-0.2493-0.0533-0.09630.20120.5639-0.05970.25540.36440.00030.586955.1129-24.791-64.0414
4610.7906-0.5966-4.98581.59451.17043.19490.14751.1498-0.2111-0.1690.02730.04150.0595-0.9887-0.17480.7827-0.18540.0570.87980.23420.772534.8877-34.5934-65.4146
4712.630711.02566.18415.37821.429948.53142.1924-1.53151.73062.395-1.55240.36154.6764-3.8377-0.64012.1297-0.03280.84011.0976-0.5441.59725.0856-10.8699-35.819
482.889-0.0929-1.08593.1087-0.7021.6302-0.02690.2096-0.2646-0.1344-0.00820.1443-0.0866-0.04410.03510.6444-0.00130.14310.3998-0.00520.604345.6768-22.7339-67.157
492.6780.4754-1.34010.42271.211215.53550.01190.29980.2213-0.33410.09010.08120.1937-0.2985-0.10190.81570.00270.22750.41340.03860.633145.3492-15.7181-74.5402
502.8340.4791.16512.5936-0.15855.61750.0162-0.40170.01910.24330.01170.1161-0.1158-0.5288-0.02790.5880.05390.22360.3794-0.04160.665444.8521-9.4694-55.6405
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 48
2X-RAY DIFFRACTION2A49 - 104
3X-RAY DIFFRACTION3A105 - 111
4X-RAY DIFFRACTION4A112 - 189
5X-RAY DIFFRACTION5A190 - 275
6X-RAY DIFFRACTION6A276 - 318
7X-RAY DIFFRACTION7A319 - 346
8X-RAY DIFFRACTION8A347 - 362
9X-RAY DIFFRACTION9A363 - 434
10X-RAY DIFFRACTION10A435 - 504
11X-RAY DIFFRACTION11A505 - 554
12X-RAY DIFFRACTION12A555 - 576
13X-RAY DIFFRACTION13B1 - 16
14X-RAY DIFFRACTION14B17 - 104
15X-RAY DIFFRACTION15B105 - 117
16X-RAY DIFFRACTION16B118 - 143
17X-RAY DIFFRACTION17B144 - 243
18X-RAY DIFFRACTION18C1 - 48
19X-RAY DIFFRACTION19C49 - 75
20X-RAY DIFFRACTION20C76 - 126
21X-RAY DIFFRACTION21C127 - 130
22X-RAY DIFFRACTION22D0 - 14
23X-RAY DIFFRACTION23D15 - 60
24X-RAY DIFFRACTION24D61 - 92
25X-RAY DIFFRACTION25D93 - 118
26X-RAY DIFFRACTION26M0 - 43
27X-RAY DIFFRACTION27M44 - 83
28X-RAY DIFFRACTION28M84 - 130
29X-RAY DIFFRACTION29M131 - 183
30X-RAY DIFFRACTION30M184 - 226
31X-RAY DIFFRACTION31M227 - 294
32X-RAY DIFFRACTION32M295 - 314
33X-RAY DIFFRACTION33M315 - 347
34X-RAY DIFFRACTION34M348 - 384
35X-RAY DIFFRACTION35M385 - 449
36X-RAY DIFFRACTION36M450 - 507
37X-RAY DIFFRACTION37M508 - 576
38X-RAY DIFFRACTION38N1 - 57
39X-RAY DIFFRACTION39N58 - 125
40X-RAY DIFFRACTION40N126 - 150
41X-RAY DIFFRACTION41N151 - 181
42X-RAY DIFFRACTION42N182 - 243
43X-RAY DIFFRACTION43O1 - 17
44X-RAY DIFFRACTION44O18 - 56
45X-RAY DIFFRACTION45O57 - 87
46X-RAY DIFFRACTION46O88 - 130
47X-RAY DIFFRACTION47P0 - 7
48X-RAY DIFFRACTION48P8 - 49
49X-RAY DIFFRACTION49P50 - 79
50X-RAY DIFFRACTION50P80 - 118

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る