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- PDB-3p4g: X-ray crystal structure of a hyperactive, Ca2+-dependent, beta-he... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p4g
タイトルX-ray crystal structure of a hyperactive, Ca2+-dependent, beta-helical antifreeze protein from an Antarctic bacterium
要素Antifreeze protein
キーワードANTIFREEZE PROTEIN / Right-handed Ca2+-binding beta-helix
機能・相同性
機能・相同性情報


Pectate Lyase C-like - #160 / Cadherin-like domain / : / : / Cadherin-like domain / Bacterial antifreeze protein repeat / : / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / Pectate Lyase C-like / 3 Solenoid ...Pectate Lyase C-like - #160 / Cadherin-like domain / : / : / Cadherin-like domain / Bacterial antifreeze protein repeat / : / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / Pectate Lyase C-like / 3 Solenoid / Immunoglobulin-like fold / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Antifreeze protein
類似検索 - 構成要素
生物種Marinomonas primoryensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Garnham, C.P. / Campbell, R.L. / Davies, P.L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Anchored clathrate waters bind antifreeze proteins to ice.
著者: Garnham, C.P. / Campbell, R.L. / Davies, P.L.
履歴
登録2010年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antifreeze protein
B: Antifreeze protein
C: Antifreeze protein
D: Antifreeze protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,73462
ポリマ－133,4354
非ポリマー2,29958
水20,4111133
1
A: Antifreeze protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,95317
ポリマ－33,3591
非ポリマー59416
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Antifreeze protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,96316
ポリマ－33,3591
非ポリマー60415
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Antifreeze protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,93915
ポリマ－33,3591
非ポリマー58014
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Antifreeze protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,88014
ポリマ－33,3591
非ポリマー52113
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.500, 70.780, 84.250
Angle α, β, γ (deg.)99.06, 92.30, 97.47
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Antifreeze protein


分子量: 33358.715 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 997-1318 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Marinomonas primoryensis (バクテリア)
遺伝子: MpAFP / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) star / 参照: UniProt: A1YIY3
#2: 化合物...
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 10% PEG 8000, 400 mM MgAcetate, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1.6 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.6 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→34.6 Å / Num. all: 142852 / Num. obs: 135568 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.088
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.461 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 18711 / % possible all: 89.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→34.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 4.06 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20022 6803 5 %RANDOM
Rwork0.16363 ---
obs0.16547 128766 94.9 %-
all-142852 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.459 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å20.22 Å2-0.03 Å2
2--0 Å2-0.84 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→34.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8879 0 64 1133 10076
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0219162
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9331.92912521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.59251292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.21927.263464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.45151376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9051520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1770.21464
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.027220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.21.56071
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.85229699
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.23233091
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9264.52789
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 418 -
Rwork0.28 8521 -
obs--84.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1354-0.2097-0.31320.78480.54021.21970.0418-0.08740.0659-0.14940.0914-0.1882-0.19730.2054-0.13320.0484-0.02620.0340.0701-0.02340.101117.0935-28.979-6.4723
20.4956-0.076-0.30080.58820.44730.93220.01470.0462-0.02290.0171-0.03350.0633-0.0024-0.10790.01890.0097-0.0021-0.01590.02660.01780.05692.1629-59.4151-27.4204
30.7147-0.2548-0.5630.44160.41031.2389-0.0216-0.1735-0.03340.09980.0825-0.05080.03880.2248-0.06080.0410.0035-0.03990.08960.01730.070125.7558-62.3395-14.5197
40.4625-0.09880.17460.54690.30340.67570.00440.04520.00820.0010.0120.11170.0548-0.019-0.01640.0924-0.00420.01560.0390.04870.09-10.0672-25.0754-28.1147
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1C21 - 321
2X-RAY DIFFRACTION2A23 - 323
3X-RAY DIFFRACTION3B8 - 320
4X-RAY DIFFRACTION4D9 - 320

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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