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万見
- PDB-3p3p: Factor inhibiting HIF-1 Alpha in complex with Notch 1 fragment mo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p3p
タイトルFactor inhibiting HIF-1 Alpha in complex with Notch 1 fragment mouse notch (1997-2016) peptide
要素
  • Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
  • Notch 1 protein
キーワードOxidoreductase/TRANSCRIPTION / Double Stranded Beta-Helix / hydroxylase / Iron binding / 2-oxoglutarate binding / Hypoxia Inducible Factor binding / Ankyrin Repeat domain binding / Oxidoreductase-TRANSCRIPTION complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Pre-NOTCH Processing in Golgi / regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / positive regulation of ephrin receptor signaling pathway / osteoblast fate commitment / venous blood vessel morphogenesis / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / coronary sinus valve morphogenesis / cardiac right atrium morphogenesis / cardiac right ventricle formation / growth involved in heart morphogenesis ...Pre-NOTCH Processing in Golgi / regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / positive regulation of ephrin receptor signaling pathway / osteoblast fate commitment / venous blood vessel morphogenesis / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / coronary sinus valve morphogenesis / cardiac right atrium morphogenesis / cardiac right ventricle formation / growth involved in heart morphogenesis / Notch signaling pathway involved in regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / cell differentiation in spinal cord / venous endothelial cell differentiation / retinal cone cell differentiation / arterial endothelial cell differentiation / epithelial cell fate commitment / negative regulation of pro-B cell differentiation / negative regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / mitral valve formation / cell migration involved in endocardial cushion formation / negative regulation of photoreceptor cell differentiation / negative regulation of cell proliferation involved in heart valve morphogenesis / regulation of somitogenesis / endocardium morphogenesis / foregut morphogenesis / regulation of cell adhesion involved in heart morphogenesis / distal tubule development / inhibition of neuroepithelial cell differentiation / MAML1-RBP-Jkappa- ICN1 complex / regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / cardiac chamber formation / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / RUNX3 regulates NOTCH signaling / auditory receptor cell fate commitment / positive regulation of aorta morphogenesis / negative regulation of endothelial cell chemotaxis / atrioventricular node development / positive regulation of transcription of Notch receptor target / neuroendocrine cell differentiation / negative regulation of extracellular matrix constituent secretion / cellular response to tumor cell / Notch-HLH transcription pathway / hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / collecting duct development / compartment pattern specification / positive regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / vasculogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / regulation of extracellular matrix assembly / endocardial cushion development / T-helper 17 type immune response / endocardial cell differentiation / chemical synaptic transmission, postsynaptic / epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / peptidyl-histidine dioxygenase activity / cardiac ventricle morphogenesis / mesenchymal cell development / positive regulation of smooth muscle cell differentiation / epidermal cell fate specification / glomerular mesangial cell development / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / negative regulation of myotube differentiation / coronary vein morphogenesis / cardiac left ventricle morphogenesis / cardiac vascular smooth muscle cell development / left/right axis specification / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / somatic stem cell division / negative regulation of cell adhesion molecule production / tissue regeneration / negative regulation of catalytic activity / interleukin-17-mediated signaling pathway / regulation of Notch signaling pathway / Cellular response to hypoxia / endocardium development / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / positive regulation of endothelial cell differentiation / positive regulation of cardiac epithelial to mesenchymal transition / cardiac epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of collagen biosynthetic process / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / neuron fate commitment / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / carboxylic acid binding / glial cell differentiation / cardiac muscle cell myoblast differentiation / neuronal stem cell population maintenance / positive regulation of vasculogenesis / calcium-ion regulated exocytosis / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / positive regulation of astrocyte differentiation / pulmonary valve morphogenesis / heart trabecula morphogenesis / regulation of stem cell proliferation / coronary artery morphogenesis
類似検索 - 分子機能
Clavaminate synthase-like / Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Notch, C-terminal / Domain of unknown function / : / Notch / Notch, NOD domain / Notch, NODP domain / NOTCH protein / NOTCH protein ...Clavaminate synthase-like / Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Notch, C-terminal / Domain of unknown function / : / Notch / Notch, NOD domain / Notch, NODP domain / NOTCH protein / NOTCH protein / NOD / NODP / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor, domain II / Notch-like domain superfamily / LNR domain / LNR (Lin-12/Notch) repeat profile. / Notch domain / Domain found in Notch and Lin-12 / Cupin-like domain 8 / Cupin-like domain / EGF-like, conserved site / Human growth factor-like EGF / : / Calcium-binding EGF domain / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / Jelly Rolls / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / Ankyrin repeat / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / RmlC-like jelly roll fold / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Helix Hairpins / Jelly Rolls / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / : / Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Asparaginyl hydroxylation of the Notch ankyrin repeat domain by factor inhibiting hypoxia-inducible factor
著者: Coleman, M.L. / Mcdonough, M.A. / Hewitson, K.S. / Coles, C. / Mecinovic, J. / Edelmann, M. / Cook, K.M. / Cockman, M.E. / Lancaster, D.E. / Kessler, B.M. / Oldham, N.J. / Ratcliffe, P.J. / Schofield, C.J.
履歴
登録2010年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
B: Notch 1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9289
ポリマ－42,2572
非ポリマー6707
水2,936163
1
A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
B: Notch 1 protein
ヘテロ分子

A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
B: Notch 1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,85518
ポリマ－84,5154
非ポリマー1,34114
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area10030 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area28500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.336, 86.336, 146.450
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor / Hypoxia-inducible factor asparagine hydroxylase / Factor inhibiting HIF-1 / FIH-1


分子量: 40328.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FIH1, HIF1AN / プラスミド: PET28A(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9NWT6, peptide-aspartate beta-dioxygenase
#2: タンパク質・ペプチド Notch 1 protein


分子量: 1929.049 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 1999-2016 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8K428, UniProt: Q01705*PLUS

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非ポリマー , 5種, 170分子

#3: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.6M AMMONIUM SULFATE, 4% PEG400, 0.1M HEPES PH7.5, NITROGEN ATMOSPHERE, 20MG/ML PROTEIN WITH 1MM FE(II), 2.0MM 2OG AND 10MM PEPTIDE , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→40 Å / Num. obs: 16449 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 47.8 Å2 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 14.75
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1739 / Rsym value: 0.59 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.6→34.15 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8274 / Data cutoff high absF: 268336 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: RESOLUTION-DEPENDENT WEIGHTING SCHEME USED OTHER REFINEMENT REMARKS: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 1617 9.8 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs-16449 92.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 80.6721 Å2 / ksol: 0.3665 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 161.13 Å2 / Biso mean: 60.8028 Å2 / Biso min: 22.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.17 Å20 Å20 Å2
2---6.17 Å20 Å2
3---12.35 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→34.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2795 0 39 163 2997
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.41.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.42
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.912
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.922.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 32

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.6-2.630.3887410.315378419
2.63-2.660.3754410.3374419460
2.66-2.690.4048460.3165406452
2.69-2.720.362460.2919419465
2.72-2.750.3207390.3044408447
2.75-2.790.3994430.2604435478
2.79-2.820.3081330.274432465
2.82-2.860.2893440.2759440484
2.86-2.90.3823410.2648462503
2.9-2.950.2511450.2224440485
2.95-2.990.314610.2551464525
2.99-3.040.2862480.2308431479
3.04-3.090.3391510.2629455506
3.09-3.150.2736460.2231458504
3.15-3.210.3271500.2204473523
3.21-3.280.3241460.2208460506
3.28-3.350.2613640.2224459523
3.35-3.420.321530.2206467520
3.42-3.510.247480.1787489537
3.51-3.610.2179390.1786490529
3.61-3.710.2306610.1871472533
3.71-3.830.2261650.1966459524
3.83-3.970.2534530.1832486539
3.97-4.130.1887600.1557486546
4.13-4.320.1963530.1605488541
4.32-4.540.233430.1625507550
4.54-4.830.232540.1657497551
4.83-5.20.2246710.1638473544
5.2-5.720.2435550.2107510565
5.72-6.550.2675590.2236509568
6.55-8.250.2449600.2238515575
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4gol.pargol.top
X-RAY DIFFRACTION52og.par2og.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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