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万見
- PDB-3p3o: Crystal Structure of the Cytochrome P450 Monooxygenase AurH (nter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p3o
タイトルCrystal Structure of the Cytochrome P450 Monooxygenase AurH (ntermII) from Streptomyces Thioluteus
要素Cytochrome P450
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 / Monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


luteothin monooxygenase / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / antibiotic biosynthetic process / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Luteothin monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces Thioluteus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Zocher, G. / Richter, M.E.A. / Mueller, U. / Hertweck, C.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2011
タイトル: Structural fine-tuning of a multifunctional cytochrome p450 monooxygenase.
著者: Zocher, G. / Richter, M.E. / Mueller, U. / Hertweck, C.
履歴
登録2010年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1688
ポリマ－46,1651
非ポリマー1,0037
水7,656425
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.060, 129.060, 71.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cytochrome P450


分子量: 46165.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces Thioluteus (バクテリア)
遺伝子: aurH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q70KH6

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非ポリマー , 5種, 432分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 425 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7
詳細: 0.1M NaCl, 2.2M AS, 0.1 M Tris pH=8.6-8.8, 14 mg/mL, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンBESSY 14.110.91841
シンクロトロンBESSY 14.121.73844, 1.74044, 1.63138, 1.85053
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2008年6月8日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2007年11月19日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1DCMSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2DCMMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918411
21.738441
31.740441
41.631381
51.850531
反射解像度: 1.54→20 Å / Num. all: 65526 / Num. obs: 64806 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 28.4 Å2 / Net I/σ(I): 27.5
反射 シェル解像度: 1.54→1.58 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 4832 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.5.0082精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.54→19.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 2.944 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18769 3240 5 %RANDOM
Rwork0.15646 ---
obs0.15801 61563 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.586 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.74 Å2-0.37 Å20 Å2
2---0.74 Å20 Å2
3---1.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.54→19.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3249 0 63 425 3737
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223637
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022424
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5752.0355015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97835879
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8835454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.50923.372172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.2915554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4741532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2535
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214149
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02752
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1295.52190
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9695.5864
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.98963564
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3626.51447
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.46471445
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.541→1.581 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 240 -
Rwork0.203 4555 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.746-0.5487-1.29591.22881.43173.1652-0.01820.0537-0.1984-0.1705-0.23260.282-0.0125-0.40940.25080.08670.0315-0.02370.1943-0.05390.128324.119-6.09135.31
21.26620.23220.21061.53420.37982.7736-0.0189-0.0399-0.1268-0.0444-0.06650.00810.1423-0.16030.08530.07020.02610.02420.0795-0.00680.069531.541-3.44142.598
34.68860.11570.95063.90020.63622.78710.11230.5152-0.0472-1.0405-0.23080.353-0.34320.12720.11860.35310.1115-0.13670.1368-0.00040.126526.06316.40531.677
41.25080.3419-0.0811.141-0.20370.74010.1252-0.0520.46310.0182-0.10970.3022-0.2293-0.0118-0.01550.10570.02890.00320.046-0.05920.238218.5321.43751.198
51.19570.2077-0.40790.5784-0.0940.56470.0531-0.14110.05430.0159-0.09820.05110.00430.06010.04510.03740.0079-0.00620.053-0.02080.021526.4393.71353.53
616.2489-1.7492-4.92282.1529-1.37759.2050.18770.8697-0.4299-0.178-0.23760.30560.0455-0.52140.04980.1614-0.0082-0.04150.1612-0.1060.199111.2495.74147.682
76.6670.3996-0.98015.2268-3.01641.82740.0461-0.36770.0550.21490.10880.1854-0.1318-0.0291-0.15490.13520.00030.03610.1751-0.06370.23553.3136.16466.727
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-9 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2A27 - 66
3X-RAY DIFFRACTION3A67 - 98
4X-RAY DIFFRACTION4A99 - 274
5X-RAY DIFFRACTION5A275 - 385
6X-RAY DIFFRACTION6A386 - 399
7X-RAY DIFFRACTION7A400 - 406

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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