ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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BOS | | データ収集 | PHASER | | 位相決定 | PHENIX | (phenix.refine: 1.6_289)精密化 | XDS | | データ削減 | XSCALE | | データスケーリング | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→19.767 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 21.04 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.22 | 1032 | 5 % |
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Rwork | 0.188 | - | - |
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obs | 0.1896 | 20623 | 99.88 % |
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all | - | 20623 | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 78.162 Å2 / ksol: 0.451 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | | Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.7839 Å2 | 0 Å2 | -3.1081 Å2 |
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2- | - | 0.9517 Å2 | -0 Å2 |
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3- | - | - | -0.1678 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.767 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2068 | 0 | 0 | 114 | 2182 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.009 | 2127 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.108 | 2892 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d18.401 | 766 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.079 | 320 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.005 | 376 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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1.9501-2.0528 | 0.2739 | 147 | 0.2127 | 2787 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.0528-2.1813 | 0.2171 | 147 | 0.1833 | 2793 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.1813-2.3495 | 0.2303 | 146 | 0.1791 | 2783 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.3495-2.5854 | 0.2394 | 147 | 0.1714 | 2787 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.5854-2.9585 | 0.202 | 147 | 0.1727 | 2801 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.9585-3.7233 | 0.208 | 149 | 0.1696 | 2817 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.7233-19.7683 | 0.2084 | 149 | 0.2092 | 2828 | X-RAY DIFFRACTION | 100 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.5298 | -0.118 | 0.4251 | 0.6609 | 0.6004 | 1.0082 | -0.0185 | -0.0024 | 0.0129 | -0.0043 | 0.0248 | -0.0059 | 0.0096 | -0.1215 | 0.002 | 0.0168 | 0.0104 | 0.0174 | 0.0357 | 0.0154 | 0.0154 | 2.7893 | -200.8841 | 12.249 | 2 | 0.7131 | 0.24 | 0.2539 | 0.7199 | 0.062 | 0.671 | 0.0244 | -0.0324 | -0.0482 | 0.0497 | -0.0095 | -0.0392 | 0.0567 | 0.0398 | -0.0176 | 0.0082 | 0.0135 | -0.0006 | 0.0049 | 0.0064 | 0.016 | 12.1934 | -205.8213 | 22.5888 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain A2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain B | |
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