PDB-3p2s: Crystal structure of the fluoroacetyl-CoA-specific thioesterase F...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3p2s

タイトル

Crystal structure of the fluoroacetyl-CoA-specific thioesterase FlK in an open conformation

要素

Fluoroacetyl coenzyme A thioesterase

キーワード

HYDROLASE / hot dog-fold / thioesterase

機能・相同性

機能・相同性情報

fluoroacetyl-CoA thioesterase / acyl-CoA hydrolase activity / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces cattleya (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Weeks, A.M. / Coyle, S.M. / Jinek, M. / Doudna, J.A. / Chang, M.C.Y.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Structural and biochemical studies of a fluoroacetyl-CoA-specific thioesterase reveal a molecular basis for fluorine selectivity.
著者: Weeks, A.M. / Coyle, S.M. / Jinek, M. / Doudna, J.A. / Chang, M.C.

履歴

登録	2010年10月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年10月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年11月16日	Group: Atomic model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3p2s.cif.gz	111.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3p2s.ent.gz	92.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3p2s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/3p2s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/3p2s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3p2qC 3p2rC 3p3fC 3p3iC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3kv8-d 3p3f-2 3kx8-2 3p2r-d 5njv-4 5oyo-2 3kvz-3 4cwm-2 3kx8-1 3kw1-2 3wby-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fluoroacetyl coenzyme A thioesterase

B: Fluoroacetyl coenzyme A thioesterase

31.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.770, 90.690, 52.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.53, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-194- HOH

#1: タンパク質	Fluoroacetyl coenzyme A thioesterase 分子量: 15565.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces cattleya (バクテリア) 遺伝子: flK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1EMV2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.82 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 7.6 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.116 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月11日
放射	モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.116 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→19.77 Å / Num. all: 20623 / Num. obs: 20623 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BOS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6_289)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→19.767 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 21.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.22	1032	5 %
R_work	0.188	-	-
obs	0.1896	20623	99.88 %
all	-	20623	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 78.162 Å² / k_sol: 0.451 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.7839 Å²	0 Å²	-3.1081 Å²
2-	-	0.9517 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.1678 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.767 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2068	0	0	114	2182

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2127
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.108	2892
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.401	766
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	320
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	376

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9501-2.0528	0.2739	147	0.2127	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0528-2.1813	0.2171	147	0.1833	2793	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1813-2.3495	0.2303	146	0.1791	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3495-2.5854	0.2394	147	0.1714	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5854-2.9585	0.202	147	0.1727	2801	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9585-3.7233	0.208	149	0.1696	2817	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7233-19.7683	0.2084	149	0.2092	2828	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5298	-0.118	0.4251	0.6609	0.6004	1.0082	-0.0185	-0.0024	0.0129	-0.0043	0.0248	-0.0059	0.0096	-0.1215	0.002	0.0168	0.0104	0.0174	0.0357	0.0154	0.0154	2.7893	-200.8841	12.249
2	0.7131	0.24	0.2539	0.7199	0.062	0.671	0.0244	-0.0324	-0.0482	0.0497	-0.0095	-0.0392	0.0567	0.0398	-0.0176	0.0082	0.0135	-0.0006	0.0049	0.0064	0.016	12.1934	-205.8213	22.5888

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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