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- PDB-3wby: Crystal structure of Gox0644 D53A mutant in complex with NADPH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wby
タイトルCrystal structure of Gox0644 D53A mutant in complex with NADPH
要素Putative 2,5-diketo-D-gluconic acid reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Aldo-keto reductase (AKR) / reductase / NADPH
機能・相同性
機能・相同性情報


2,5-didehydrogluconate reductase activity / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 5C2 / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily ...Aldo-keto reductase family 5C2 / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / Putative 2,5-diketo-D-gluconic acid reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Gluconobacter oxydans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Yuan, Y.A. / Wang, C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Gox0644 D53A mutant in complex with NADPH
著者: Yuan, Y.A. / Wang, C.
履歴
登録2013年5月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative 2,5-diketo-D-gluconic acid reductase
B: Putative 2,5-diketo-D-gluconic acid reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5094
ポリマ－64,0192
非ポリマー1,4912
水00
1
A: Putative 2,5-diketo-D-gluconic acid reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7552
ポリマ－32,0091
非ポリマー7451
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative 2,5-diketo-D-gluconic acid reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7552
ポリマ－32,0091
非ポリマー7451
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.638, 76.587, 125.624
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Putative 2,5-diketo-D-gluconic acid reductase


分子量: 32009.264 Da / 分子数: 2 / 変異: D53A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gluconobacter oxydans (バクテリア)
株: 621H / 遺伝子: GOX0644 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5FT75, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: PEG3350, Li2SO4, Bis-tris, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月1日
放射モノクロメーター: 180 degree collection, 1 degree oscillation
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 9300 / Num. obs: 9300 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7 %
反射 シェル解像度: 3.2→3.26 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→48.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.83 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 38.92 / SU ML: 0.675 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.755 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3261 440 4.8 %RANDOM
Rwork0.2183 8821 --
obs0.2237 9261 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 151.19 Å2 / Biso mean: 60.0367 Å2 / Biso min: 25.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å20 Å2-0 Å2
2---0.43 Å2-0 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→48.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4358 0 96 0 4454
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0194560
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024334
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6231.9786192
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84739974
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9285540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.30723.874222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.46515792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0711538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2668
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215080
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021054
LS精密化 シェル解像度: 3.205→3.288 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 30 -
Rwork0.29 617 -
all-647 -
obs--97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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