PDB-3oxv: Crystal Structure of HIV-1 I50V, A71 Protease in Complex with the...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3oxv

タイトル

Crystal Structure of HIV-1 I50V, A71 Protease in Complex with the protease inhibitor amprenavir.

要素

HIV-1 Protease

キーワード

Hydrolase/Hydrolase Inhibitor / HIV-1 protease / inhibitor resistance / AIDS / Aspartyl protease / drug resistance / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Schiffer, C.A. / Mittal, S. / Bandaranayake, R.M.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Structural and thermodynamic basis of amprenavir/darunavir and atazanavir resistance in HIV-1 protease with mutations at residue 50.
著者: Mittal, S. / Bandaranayake, R.M. / King, N.M. / Prabu-Jeyabalan, M. / Nalam, M.N. / Nalivaika, E.A. / Yilmaz, N.K. / Schiffer, C.A.

履歴

登録	2010年9月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月1日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3oxv.cif.gz	140.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3oxv.ent.gz	110.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3oxv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3oxv_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3oxv_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	3oxv_validation.xml.gz	19.9 KB	表示
CIF形式データ	3oxv_validation.cif.gz	26.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/3oxv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/3oxv	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3oxwC 3oxxC 1f7aS 3oy4 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2hah-1 6pjl-d 2qi6-d 1hvc-d 3o99-d 1b6j-d 1eay-1 1cpi-d 2qhy-d 2i0a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (2) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

B: HIV-1 Protease

A: HIV-1 Protease

D: HIV-1 Protease

C: HIV-1 Protease

ヘテロ分子

45.4 kDa, 4 ポリマー
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1

B: HIV-1 Protease

A: HIV-1 Protease

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.9 kDa, 2 ポリマー
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2

D: HIV-1 Protease

C: HIV-1 Protease

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	50.563, 63.338, 58.613
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.610, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 BADC

#1: タンパク質	HIV-1 Protease / Retropepsin / PR 分子量: 10829.816 Da / 分子数: 4 / 変異: Q7K, I50V, A71V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: SF2 / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP106 / 参照: UniProt: P03369, HIV-1 retropepsin

#1: タンパク質

HIV-1 Protease / Retropepsin / PR

分子量: 10829.816 Da / 分子数: 4 / 変異: Q7K, I50V, A71V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: SF2 / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP106 / 参照: UniProt: P03369, HIV-1 retropepsin

-
非ポリマー , 6種, 189分子

#2: 化合物	ChemComp-478 / {3-[(4-AMINO-BENZENESULFONYL)-ISOBUTYL-AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXY-PROPYL}-CARBAMIC ACID TETRAHYDRO-FURAN-3-YL ESTER / Amprenavir / アンプレナビル分子量: 505.627 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₃₅N₃O₆S / コメント: プロテアーゼ阻害剤, 薬剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.85 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 18-33% Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1.03 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD

放射

モノクロメーター: Si (111) double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.03 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 36283 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Χ²: 1.002 / Net I/σ(I): 8.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.75-1.81	4.2	0.441	3565	0.954	1	97
1.81-1.89	4.1	0.349	3572	1.002	1	97.1
1.89-1.97	4.1	0.239	3597	1.003	1	97.7
1.97-2.07	4.1	0.17	3602	1.005	1	97.8
2.07-2.2	4.1	0.135	3628	1.001	1	97.9
2.2-2.38	4.1	0.108	3618	1.016	1	98.1
2.38-2.61	4.1	0.088	3644	1.011	1	98.4
2.61-2.99	4.1	0.063	3657	1.01	1	98.7
2.99-3.77	4	0.039	3678	1.008	1	98.9
3.77-50	3.9	0.027	3722	1.013	1	97.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1F7A

1f7a

解像度: 1.75→31.32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / SU B: 2.872 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2054	1809	5 %	RANDOM
R_work	0.1686	-	-	-
obs	0.1705	36262	97.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 48.28 Å² / B_iso mean: 18.7927 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.01 Å²	0 Å²	-0.38 Å²
2-	-	0.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.54 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.206 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→31.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2978	0	140	179	3297

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	3266
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2181
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.36	2.026	4467
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.793	3	5379
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.075	5	414
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.801	24.815	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.718	15	528
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.983	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	531
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	3562
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	603
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.809	1.5	2028
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.224	1.5	846
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.468	2	3307
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.262	3	1238
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.676	4.5	1160

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.797 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	121	-
R_work	0.204	2492	-
all	-	2613	-
obs	-	-	95.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9514	-1.9355	2.596	2.6571	-0.3322	3.4108	-0.3618	-0.1279	0.204	0.1794	0.155	-0.1136	-0.3417	-0.0637	0.2068	0.1129	0.0186	-0.0224	0.0866	-0.0162	0.0963	6.0159	16.317	10.1442
2	20.4211	1.3395	9.1527	0.1589	0.2017	5.5812	0.2554	-0.0794	-0.7628	-0.0099	0.0856	-0.0576	0.2772	-0.3125	-0.341	0.101	0.0053	0.0112	0.1382	0.0079	0.1002	5.5082	3.416	13.1295
3	15.2197	-0.7627	0.1753	4.7317	2.1403	1.7327	0.2461	0.6964	0.4676	-0.2844	-0.491	-0.2071	-0.0737	-0.1899	0.2449	0.1274	0.0169	0.0192	0.159	0.0456	0.1463	6.3551	16.2724	-3.049
4	3.9005	1.2038	0.5421	1.0804	-0.7756	1.1745	0.0612	-0.011	-0.1086	-0.1638	0.0004	-0.0067	0.2038	0.0236	-0.0617	0.1007	-0.0129	0.0089	0.1366	-0.0005	0.0756	0.0515	7.4615	0.8817
5	6.982	-0.7201	0.2928	2.3533	-2.8369	7.4245	0.0038	-0.2537	-0.2878	0.0694	-0.0109	0.0739	0.0518	-0.3039	0.0072	0.1056	-0.0086	0.0155	0.0593	-0.0153	0.121	-14.063	1.1834	-4.7634
6	0.5616	0.092	-0.5452	-0.056	0.1933	3.5006	0.0204	-0.0504	-0.0027	0.0074	-0.0533	0.0248	0.1331	-0.1271	0.0329	0.1069	0.0078	0.0255	0.1437	-0.0012	0.1417	11.0685	5.2316	3.4399
7	4.7469	-0.8139	-1.4394	7.1283	-1.9251	1.7285	-0.0238	-0.0558	0.0286	-0.0511	0.041	-0.4488	0.0432	0.1126	-0.0172	0.1115	0.0139	-0.0029	0.1072	-0.0318	0.0921	24.0763	-2.7199	-1.2102
8	20.0702	-5.2875	5.7208	1.3906	-1.4047	1.7584	0.1586	0.6179	0.1444	-0.0962	-0.1321	-0.1042	0.0058	0.1075	-0.0264	0.1409	0.0109	0.0037	0.1749	-0.0298	0.1385	-1.8849	0.9663	-11.9732
9	4.9436	-1.3817	0.0633	3.1707	-0.4166	1.0974	0.0488	-0.0011	-0.221	-0.0116	-0.1429	0.077	0.0704	0.0007	0.0941	0.1177	-0.0074	-0.0139	0.0844	-0.0128	0.0979	11.9331	-8.3486	-0.8518
10	4.7242	-2.0963	-2.9047	9.228	7.273	5.9928	0.1629	0.2498	0.1221	-0.3174	-0.1596	0.0344	-0.2617	-0.1734	-0.0033	0.0914	0.0255	-0.0253	0.0993	0.0052	0.0883	-12.8764	7.5127	-7.5472
11	16.3278	0.3284	10.6016	9.5394	2.1641	30.738	0.2103	-0.8209	-0.3869	0.3126	0.0073	-0.084	0.3068	-0.3586	-0.2176	0.0476	0.0002	0.0163	0.0766	0.0119	0.0464	-11.8736	12.117	6.5729
12	1.2359	-2.3739	-1.5856	5.5924	6.0464	11.4711	-0.034	-0.035	0.0613	0.1098	0.0604	-0.081	-0.0918	-0.1766	-0.0264	0.0853	-0.0021	0.0052	0.0799	-0.0028	0.0513	-10.5939	13.3927	1.3008
13	3.5017	3.4732	3.2205	7.3728	6.2528	5.6119	0.2864	-0.051	-0.3019	0.0149	-0.0297	-0.254	0.0949	0.0752	-0.2567	0.0949	0.0262	-0.0093	0.099	0.0173	0.1035	23.3945	-3.3728	4.759
14	19.0702	-13.7263	1.1555	23.3152	-2.7524	8.6243	0.3596	0.2886	0.7508	-0.3281	-0.4362	-0.1703	-0.5253	-0.0636	0.0766	0.1174	-0.042	0.0198	0.1294	0.0219	0.099	23.6164	11.2202	6.0312
15	1.4401	0.0537	1.2098	1.4159	-1.1112	3.5589	0.077	-0.0891	0.0594	0.2754	-0.0394	0.0448	-0.1743	0.0642	-0.0376	0.1414	-0.0081	0.0167	0.1535	-0.0012	0.1286	21.1778	5.5053	8.213
16	4.2303	1.4637	4.3761	2.1726	3.4021	6.1575	0.5287	-0.0454	-0.4015	0.2084	-0.0764	-0.1814	0.5517	-0.0903	-0.4523	0.1342	-0.0427	-0.0357	0.0852	0.035	0.0897	-3.9105	0.0803	-0.5102
17	1.1182	-0.0315	0.6096	3.7418	-0.5545	2.2662	0.1689	0.1752	-0.0919	-0.3962	-0.0326	0.0707	0.0864	-0.127	-0.1362	0.1518	0.0179	-0.0021	0.145	0.0003	0.1042	14.8296	2.3881	-4.1322
18	4.5896	-1.7884	-0.4339	3.3968	0.5223	2.17	-0.1195	0.004	0.1397	-0.018	0.0584	-0.1022	0.0564	-0.0504	0.0611	0.0621	-0.0177	-0.0133	0.0523	0.0008	0.0709	-2.4543	15.0435	0.843
19	3.5331	-0.7	1.0338	1.4875	0.1907	2.7574	-0.0349	-0.1023	0.0519	-0.089	-0.1351	-0.0339	-0.024	0.0505	0.17	0.0675	-0.0108	0.0115	0.1066	-0.003	0.0588	13.9428	6.5264	10.5304
20	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.0198	0	0	0.0198	0	0.0198	0	0	0

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	94 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	1	B	1 - 5
4	X-RAY DIFFRACTION	1	B	94 - 99
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	6 - 10
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	6 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	4	A	22 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	5	A	33 - 43
9	X-RAY DIFFRACTION	6	B	22 - 32
10	X-RAY DIFFRACTION	7	B	33 - 43
11	X-RAY DIFFRACTION	8	A	44 - 49
12	X-RAY DIFFRACTION	8	A	52 - 56
13	X-RAY DIFFRACTION	9	B	44 - 49
14	X-RAY DIFFRACTION	9	B	52 - 56
15	X-RAY DIFFRACTION	10	A	57 - 62
16	X-RAY DIFFRACTION	11	A	63 - 68
17	X-RAY DIFFRACTION	12	A	69 - 76
18	X-RAY DIFFRACTION	13	B	57 - 62
19	X-RAY DIFFRACTION	14	B	63 - 68
20	X-RAY DIFFRACTION	15	B	69 - 76
21	X-RAY DIFFRACTION	16	A	77 - 85
22	X-RAY DIFFRACTION	17	B	77 - 85
23	X-RAY DIFFRACTION	18	A	86 - 93
24	X-RAY DIFFRACTION	19	B	86 - 93
25	X-RAY DIFFRACTION	20	C	200

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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