PDB-2i0a: Crystal Structure of KB-19 complexed with wild type HIV-1 protease

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2i0a

タイトル

Crystal Structure of KB-19 complexed with wild type HIV-1 protease

要素

Protease

キーワード

HYDROLASE / Drug design / HIV-1 protease / protease inhibitors

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Nalam, M.N.L. / Schiffer, C.A. / Ali, A. / Reddy, K.K. / Cao, H. / Anjum, S.G. / Rana, T.M.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2006
タイトル: Discovery of HIV-1 Protease Inhibitors with Picomolar Affinities Incorporating N-Aryl-oxazolidinone-5-carboxamides as Novel P2 Ligands.
著者: Ali, A. / Reddy, G.S. / Cao, H. / Anjum, S.G. / Nalam, M.N. / Schiffer, C.A. / Rana, T.M.

履歴

登録	2006年8月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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CIF形式データ	2i0a_validation.cif.gz	16.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/2i0a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/2i0a	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2i0dC 1f7aS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4njt-1 6pjl-d 1hvc-d 6pu8-d 2qhy-d 4a4q-d 3st5-d 1mer-d 1npv-d 1t3r-d 2qi6-d 5w5w-d 3gi6-d 4djr-d 2aid-d 4f73-d 7hvp-d 6d0e-d 1g2k-d 1kzk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protease

B: Protease

ヘテロ分子

22.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.769, 57.656, 61.892
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protease 分子量: 10815.790 Da / 分子数: 2 / 変異: Q7K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 株: SF2 / 遺伝子: pol / プラスミド: PXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP56 / 参照: UniProt: O38732, UniProt: O38723*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-MUI / (5S)-3-(4-ACETYLPHENYL)-N-[(1S,2R)-1-BENZYL-2-HYDROXY-3-{ISOBUTYL[(4-METHOXYPHENYL)SULFONYL]AMINO}PROPYL]-2-OXO-1,3-OXAZOLIDINE-5-CARBOXAMIDE 分子量: 637.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₃₉N₃O₈S
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.22 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 126mM sodium phosphate pH 6.2, 63mM sodium citrate, 27% ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年11月30日 / 詳細: osmic mirrors
放射	モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 17942 / % possible obs: 86.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.05 / R_sym value: 0.05 / Net I/σ(I): 14.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1F7A

1f7a

解像度: 1.8→42.18 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 4.243 / SU ML: 0.069 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18506	854	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15975	-	-	-
obs	0.16103	15778	95.61 %	-
all	-	15778	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.72 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.59 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→42.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1494	0	71	173	1738

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	1624
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1544
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.232	2.029	2219
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.686	3	3584
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.854	5	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.084	24.909	55
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.268	15	267
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.299	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	258
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1764
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	289
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.178	0.2	215
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.171	0.2	1546
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	749
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.08	0.2	982
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	128
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.127	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.187	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.116	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.448	1.5	1066
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.088	1.5	420
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.664	2	1630
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.031	3	677
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.533	4.5	589

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.189	44	-
R_work	0.17	773	-
obs	-	-	65.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4721	-0.5939	-0.7118	3.2864	0.9966	1.952	-0.0573	-0.1246	0.0678	0.238	-0.0184	-0.03	0.0021	0.0079	0.0757	-0.0119	0.0239	-0.0005	-0.0304	0.0039	-0.1034	21.0922	25.6622	29.3648
2	2.9072	-1.2617	0.4912	1.9672	0.1054	3.1605	-0.055	0.0458	-0.2175	0.1147	0.1065	0.1865	0.1546	-0.0018	-0.0515	-0.0288	-0.0041	0.0225	-0.0775	0.0223	-0.0314	19.6705	17.5259	23.2566
3	2.4279	0.78	0.5969	2.6311	-0.7267	0.5011	-0.0131	-0.0017	-0.0241	0.0362	-0.0653	-0.0645	-0.0535	-0.0172	0.0785	-0.0268	0.0007	-0.0075	-0.0311	0.0096	-0.0415	27.6512	28.1272	19.0281
4	4.2879	1.2648	1.2579	4.5978	0.8167	1.944	0.029	0.0272	-0.0574	-0.1208	0.0192	0.102	-0.0207	0.0128	-0.0482	-0.0252	0.0052	0.0127	-0.0482	0.0101	-0.0468	12.6968	26.574	18.6709
5	4.3918	0.5045	-2.0826	5.2494	-1.7582	7.9297	-0.1103	-0.2968	-0.1658	0.147	-0.2604	-0.7642	0.0149	0.4551	0.3707	-0.0572	-0.0171	-0.0684	-0.0573	0.0762	0.0524	39.0182	30.278	23.9339
6	17.6827	-4.55	-0.2406	5.9389	1.4827	9.417	0.1398	-0.0525	-0.5773	-0.0534	0.009	0.7329	-0.2211	-0.8142	-0.1489	-0.0643	-0.0122	0.0089	0.0044	0.0191	0.0656	1.6767	21.4102	18.3083
7	4.4632	0.3076	1.8492	2.6673	1.741	2.3489	0.0327	0.0807	-0.0019	-0.085	0.069	-0.1286	-0.186	0.329	-0.1017	-0.0455	-0.0222	0.0206	-0.0275	0.0357	-0.0282	39.5407	31.0092	10.5317
8	6.8805	-0.6538	-0.3571	4.1663	1.7539	3.0922	0.1429	0.1371	-0.0926	-0.0741	-0.064	0.2386	0.1816	-0.2798	-0.0789	-0.0623	-0.0011	-0.0071	0.0029	0.0656	-0.058	0.3758	33.9471	13.7418
9	11.1111	-0.862	-2.6129	0.5891	-0.445	2.4125	0.0364	0.0283	0.0483	-0.0656	-0.0527	-0.0109	-0.1206	0.0145	0.0164	-0.0122	0.0016	0.0025	-0.0441	-0.0135	-0.0388	27.3053	30.6996	4.6155
10	6.3803	-2.0756	-2.5612	2.7497	0.1633	1.2444	0.1507	0.0824	0.214	-0.1346	-0.0006	0.0859	-0.0533	-0.032	-0.1501	-0.0161	0.0027	-0.0092	-0.0313	0.0104	-0.0287	12.7316	38.918	11.4829
11	1.2003	-0.626	-0.6454	2.7556	-0.6196	2.2305	-0.0203	-0.0152	0.0529	0.0625	0.0212	0.0988	-0.2311	-0.0381	-0.0009	-0.0271	-0.0086	-0.0119	-0.0257	0.0058	-0.0226	29.2249	32.6418	14.7176
12	1.9537	-2.089	2.2445	3.2082	-1.6624	3.4208	0.169	0.1444	-0.0182	-0.121	-0.0292	0.0471	0.1727	0.0769	-0.1397	-0.0234	0.0028	-0.0059	-0.0242	0.0131	-0.0152	10.3752	29.0736	12.762
13	2.5055	0.4116	-0.5086	2.3679	-0.761	0.3028	-0.0413	0.0819	-0.1051	0.0317	0.0028	-0.0577	-0.0126	0.1092	0.0385	0.0018	0.0083	0.002	-0.0189	-0.0005	-0.0059	28.9133	19.5069	19.696
14	1.0086	-1.3825	-0.0276	1.9887	0.1154	3.0428	-0.2378	-0.2053	0.13	-0.0237	0.2616	0.2371	0.0554	-0.024	-0.0238	-0.0193	0.0324	0.0251	-0.0024	0.0132	-0.02	11.7173	28.4012	27.1052
15	0.1757	-1.5956	1.4477	14.5738	-12.4153	18.0743	0.1259	0.0611	-0.4065	-0.4879	-0.5005	-0.4219	0.27	0.6234	0.3746	-0.1136	0.0553	0.0715	0.009	0.053	0.0081	39.1377	23.0729	10.5991
16	5.0372	6.9931	-5.135	10.3314	-9.4211	13.6719	0.3547	-0.2054	0.4596	0.4782	0.1507	0.5132	-0.47	-0.0135	-0.5053	-0.0836	0.0575	0.0201	-0.047	0.0441	0.0687	1.4422	36.2185	21.2457
17	10.1899	-1.2205	-7.8198	7.3963	-0.5699	14.2859	0.0615	0.1407	0.744	0.3597	-0.0005	-0.3054	-0.1124	-0.0074	-0.061	-0.0941	-0.025	-0.0848	-0.0855	0.0507	0.0149	37.0801	24.2218	23.8817
18	20.192	-14.5081	5.8549	20.9582	-0.6642	8.1301	0.0795	0.724	0.0079	0.2114	-0.35	-0.0775	0.4593	0.3646	0.2705	-0.0629	0.0292	0.0428	-0.0373	0.0495	-0.0227	3.3739	23.1265	24.3212
19	0.9203	0.8242	-1.5115	2.3749	-0.0146	3.5778	-0.0093	-0.0071	-0.127	0.0123	-0.0846	-0.1896	0.0799	0.3044	0.0938	-0.0634	0.0055	0.0144	-0.0172	0.0208	0.0007	36.3444	21.5844	18.2691
20	1.9937	2.1748	-3.9727	6.1748	-4.6488	7.9423	0.082	-0.1129	0.1252	-0.0326	0.0825	0.4876	0.0291	0.184	-0.1645	-0.0668	0.0236	-0.0116	-0.0274	0.0327	0.0139	4.2103	29.3369	24.9547
21	3.7558	-0.3891	-0.6579	3.7522	-1.0151	2.281	-0.0368	-0.1376	-0.097	-0.1523	0.1108	0.1095	-0.1274	0.0339	-0.0741	0.0136	0.0072	-0.0058	0.003	0.0022	-0.0205	19.3576	29.3706	12.9475

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	94 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 10
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 5
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	94 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	20 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	20 - 32
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	11 - 19
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	11 - 19
11	X-RAY DIFFRACTION	7	A	33 - 43
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	33 - 43
13	X-RAY DIFFRACTION	9	A	44 - 57
14	X-RAY DIFFRACTION	10	B	44 - 57
15	X-RAY DIFFRACTION	11	A	77 - 85
16	X-RAY DIFFRACTION	12	B	77 - 85
17	X-RAY DIFFRACTION	13	A	86 - 93
18	X-RAY DIFFRACTION	14	B	86 - 93
19	X-RAY DIFFRACTION	15	A	58 - 62
20	X-RAY DIFFRACTION	16	B	58 - 62
21	X-RAY DIFFRACTION	17	A	63 - 68
22	X-RAY DIFFRACTION	18	B	63 - 68
23	X-RAY DIFFRACTION	19	A	69 - 76
24	X-RAY DIFFRACTION	20	B	69 - 76
25	X-RAY DIFFRACTION	21	A	200

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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