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- PDB-3ovl: Structure of an amyloid forming peptide VQIVYK from the TAU prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ovl
タイトルStructure of an amyloid forming peptide VQIVYK from the TAU protein in complex with orange G
要素Microtubule-associated protein
キーワードPROTEIN FIBRIL / amyloid-like protofibril in complex with a small-molecule binder
機能・相同性
機能・相同性情報


plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / negative regulation of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / microtubule lateral binding / axonal transport / tubulin complex / positive regulation of protein localization to synapse / phosphatidylinositol bisphosphate binding / generation of neurons ...plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / negative regulation of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / microtubule lateral binding / axonal transport / tubulin complex / positive regulation of protein localization to synapse / phosphatidylinositol bisphosphate binding / generation of neurons / rRNA metabolic process / axonal transport of mitochondrion / regulation of mitochondrial fission / axon development / regulation of microtubule-based movement / regulation of chromosome organization / intracellular distribution of mitochondria / central nervous system neuron development / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / lipoprotein particle binding / microtubule polymerization / negative regulation of mitochondrial membrane potential / regulation of microtubule polymerization / dynactin binding / apolipoprotein binding / main axon / protein polymerization / axolemma / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / negative regulation of mitochondrial fission / glial cell projection / neurofibrillary tangle assembly / positive regulation of axon extension / positive regulation of microtubule polymerization / regulation of cellular response to heat / Activation of AMPK downstream of NMDARs / positive regulation of protein localization / positive regulation of superoxide anion generation / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / supramolecular fiber organization / regulation of long-term synaptic depression / cytoplasmic microtubule organization / regulation of calcium-mediated signaling / somatodendritic compartment / axon cytoplasm / synapse assembly / astrocyte activation / phosphatidylinositol binding / nuclear periphery / enzyme inhibitor activity / protein phosphatase 2A binding / stress granule assembly / regulation of microtubule cytoskeleton organization / regulation of autophagy / cellular response to reactive oxygen species / microglial cell activation / cellular response to nerve growth factor stimulus / Hsp90 protein binding / protein homooligomerization / PKR-mediated signaling / SH3 domain binding / regulation of synaptic plasticity / synapse organization / response to lead ion / microtubule cytoskeleton organization / memory / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / neuron projection development / cell-cell signaling / single-stranded DNA binding / cellular response to heat / growth cone / protein-folding chaperone binding / microtubule cytoskeleton / actin binding / cell body / double-stranded DNA binding / microtubule binding / sequence-specific DNA binding / amyloid fibril formation / dendritic spine / microtubule / protein-macromolecule adaptor activity / learning or memory / neuron projection / membrane raft / negative regulation of gene expression / axon / neuronal cell body / DNA damage response / dendrite / protein kinase binding / enzyme binding / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Microtubule-associated protein Tau / Microtubule associated protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat signature. / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat profile. / :
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Chem-ORA / Microtubule-associated protein tau
類似検索 - 構成要素
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Landau, M. / Eisenberg, D.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2011
タイトル: Towards a pharmacophore for amyloid.
著者: Landau, M. / Sawaya, M.R. / Faull, K.F. / Laganowsky, A. / Jiang, L. / Sievers, S.A. / Liu, J. / Barrio, J.R. / Eisenberg, D.
履歴
登録2010年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microtubule-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,3495
ポリマ－7501
非ポリマー5994
水362
1
A: Microtubule-associated protein
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,09530
ポリマ－4,5006
非ポリマー3,59624
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
crystal symmetry operation1_575x,y+2,z1
crystal symmetry operation4_455-x-1/2,y+1/2,-z1
crystal symmetry operation4_465-x-1/2,y+3/2,-z1
crystal symmetry operation4_475-x-1/2,y+5/2,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.056, 4.831, 22.127
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.980, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-7-

ZN

詳細The biological unit is a pair of beta sheets with orange G interrelating between two pairs of sheets. One sheet is constructed from chain A and unit cell translations along the b direction (i.e. X,Y+1,Z; X,Y+2,Z; X,Y+3,Z, etc.). The second sheet is constructed from -X-1/2,1/2+Y,-Z;-X-1/2,3/2+Y,-Z;-X-1/2,5/2+Y,-Z; etc. The other pairs of sheets will be contracted from -X,Y,-Z+1, -X,Y+1,-Z+1,-X,Y+2,-Z+1; etc. and from X+1/2,1/2+Y,Z+1, X+1/2,3/2+Y,Z+1, X+1/2,5/2+Y,Z+1; etc.

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Microtubule-associated protein


分子量: 749.917 Da / 分子数: 1 / 断片: VQIVYK (residues 306-311) / 由来タイプ: 合成 / 詳細: VQIVYK (residues 306-311) from Tau, synthesized / 参照: UniProt: P10636
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 化合物 ChemComp-ORA / 7-hydroxy-8-[(E)-phenyldiazenyl]naphthalene-1,3-disulfonic acid / Orange G / 7-ヒドロキシ-8-フェニルアゾ-1,3-ナフタレンジスルホン酸


分子量: 408.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H12N2O7S2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.66 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: reservoir contained 0.1M Zinc Acetate dihydrate, 18% PEG 3350, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→90 Å / Num. all: 587 / Num. obs: 587 / % possible obs: 87.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 19.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.179 / Χ2: 1.071 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.8-1.941.40.433881.077171
1.94-2.131.60.2811061.081179.1
2.13-2.442.70.4751281.05190.1
2.44-3.083.10.351121.065199.1
3.08-902.90.1631531.088197.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.8 Å26.82 Å
Translation1.8 Å26.82 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.81→26.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / WRfactor Rfree: 0.306 / WRfactor Rwork: 0.2514 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.7697 / SU B: 5.919 / SU ML: 0.163 / SU R Cruickshank DPI: 0.3608 / SU Rfree: 0.2072 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 61 10.4 %RANDOM
Rwork0.2589 ---
all0.2589 586 --
obs0.2589 586 87.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 36.92 Å2 / Biso mean: 20.2828 Å2 / Biso min: 6.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.66 Å20 Å2-0.24 Å2
2---0.7 Å20 Å2
3---1.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→26.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数53 0 33 2 88
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02285
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0244
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.222.402118
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6273104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.50155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.537252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg8.4411511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.211
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0280
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.0218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0891.533
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.411.511
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.64252
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.252352
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3194.566
LS精密化 シェル解像度: 1.805→2.017 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.448 21 -
Rwork0.377 118 -
all-139 -
obs--76.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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