[日本語] English
万見
- PDB-1n1n: Structure of Mispairing of the Deoxycytosine with Deoxyadenosine ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n1n
タイトルStructure of Mispairing of the Deoxycytosine with Deoxyadenosine 5' to the 8,9-Dihydro-8-(N7-guanyl)-9-Hydroxy-Aflatoxin B1 Adduct
要素
  • 5'-D(*AP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*T)-3'
  • 5'-D(*AP*GP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*T)-3'
キーワードDNA / Aflatoxin B1 adduct 5' to AC mismatch / Major conformation
機能・相同性8,9-DIHYDRO-9-HYDROXY-AFLATOXIN B1 / DNA
機能・相同性情報
手法溶液NMR / distance geometry simulated annealing NMR data : Felix 97, 2000 molecular dynamics : XPLOR, AMBER matrix relaxation CORMA torsion angle dynamics Gaussian 98, INSIGHTII (2000)
Model type detailsminimized average
データ登録者Stone, M.P. / Giri, I.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Wobble dC.dA pairing 5' to the cationic guanine N7 8,9-dihydro-8-(N7-guanyl)-9-hydroxyaflatoxin B1 adduct: implications for nontargeted AFB1 mutagenesis.
著者: Giri, I. / Stone, M.P.
履歴
登録2002年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*AP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*T)-3'
B: 5'-D(*AP*GP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4023
ポリマ－6,0722
非ポリマー3301
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 20
代表モデルモデル #1minimized average structure

-
要素

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*T)-3'


分子量: 3003.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: engineered Synthetic Oligo Nulceotide
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*GP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*T)-3'


分子量: 3068.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic Oligo Nulceotide
#3: 化合物 ChemComp-AFN / 8,9-DIHYDRO-9-HYDROXY-AFLATOXIN B1


分子量: 330.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H14O7

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
121DQF-COSY
131P-COSY
2422D NOESY
3532D NOESY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1the sample was dissolved in 0.5 mL of 0.01 M sodium phosphate buffer for NMR containing 0.1 M NaCl and 0.05 mM Na2EDTA at pH 7.2The sample was dissolved in 99.96% D2O.
2the sample was dissolved in 0.5 mL of 0.01 M sodium phosphate buffer containing 0.1 M NaCl and 0.05 mM Na2EDTA at pH 6.7 for NMR studiesThe sample was dissolved in 99.96% D2O.
3the ample was dissolved in 0.5 mL of 0.01 M sodium phosphate buffer containing 0.1 M NaCl and 0.05 mM Na2EDTA at pH 7.2 for NMR studiesthe sample was dissolved in 9:1 H2O:D2O.
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.01 M sodium phosphate buffer containing 0.1 M NaCl and 0.05 mM Na2EDTA 7.2 ambient 278 K
20.01 M sodium phosphate buffer containing 0.1 M NaCl and 0.05 mM Na2EDTA 6.7 ambient 278 K
30.01 M sodium phosphate buffer containing 0.1 M NaCl and 0.05 mM Na2EDTA 7.2 ambient 278 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8003

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR6.5Brunger精密化
Insight II2000Accelaris Inc構造決定
Felix97, 2000Accelaris INCデータ解析
MARDIGRAS5.2, 6.2Borgias, B. A., & James, T. L.iterative matrix relaxation
Amber6Case精密化
XwinNMR3Bruker Inccollection
精密化手法: distance geometry simulated annealing NMR data : Felix 97, 2000 molecular dynamics : XPLOR, AMBER matrix relaxation CORMA torsion angle dynamics Gaussian 98, INSIGHTII (2000)
ソフトェア番号: 1
詳細: Distance was calculated using RANDMARDI protocol from MARDIGRAS. The 20 structures obtained from molecular dynamics simulation using X-PLOR starting from random, and B-starting structures. ...詳細: Distance was calculated using RANDMARDI protocol from MARDIGRAS. The 20 structures obtained from molecular dynamics simulation using X-PLOR starting from random, and B-starting structures. The final structure emerged from average of 20 simulated annealing structure from B-form starting structure. The average structure was solvated using X-LEAP protocol in AMBER 6.0, and subjected to 1.4 ns MD simulation using AMBER 6.0 SANDER module, in presence of counter IONs. The final structure was obtained by energy minimization of simulated structure. Solvent, and counter ions were omitted. Back Calculations were performed using CORMA.
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る