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- PDB-3our: Crystal structure of complex between EIIA and a novel pyruvate de... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3our
タイトルCrystal structure of complex between EIIA and a novel pyruvate decarboxylase
要素
  • Phosphotransferase system IIA component
  • UPF0255 protein VV1_0328
キーワードLYASE/TRANSFERASE / exhibit no hydrolase activity1 / LYASE-TRANSFERASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-N(pi)-phosphohistidine--N-acetyl-D-glucosamine phosphotransferase activity / protein-Npi-phosphohistidine-sugar phosphotransferase / protein-N(PI)-phosphohistidine-sugar phosphotransferase activity / carboxylesterase / carboxylesterase activity / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / kinase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Esterase FrsA / : / PTS EIIA domains phosphorylation site signature 1. / Phosphotransferase system, sugar-specific permease EIIA type 1 / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system, EIIA 1 / PTS_EIIA type-1 domain profile. / Esterase FrsA-like / Esterase FrsA-like / Glucose Permease (Domain IIA) / Glucose Permease (Domain IIA) ...Esterase FrsA / : / PTS EIIA domains phosphorylation site signature 1. / Phosphotransferase system, sugar-specific permease EIIA type 1 / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system, EIIA 1 / PTS_EIIA type-1 domain profile. / Esterase FrsA-like / Esterase FrsA-like / Glucose Permease (Domain IIA) / Glucose Permease (Domain IIA) / Duplicated hybrid motif / : / Distorted Sandwich / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PTS system glucose-specific EIIA component / Esterase FrsA / PTS system, glucose-specific IIA component
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Jeong, C.S. / An, Y.J. / Cha, S.S.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: FrsA functions as a cofactor-independent decarboxylase to control metabolic flux
著者: Lee, K.J. / Jeong, C.S. / An, Y.J. / Lee, H.J. / Park, S.J. / Seok, Y.J. / Kim, P. / Lee, J.H. / Lee, K.H. / Cha, S.S.
履歴
登録2010年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年10月9日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0255 protein VV1_0328
B: Phosphotransferase system IIA component
C: UPF0255 protein VV1_0328
D: Phosphotransferase system IIA component
E: UPF0255 protein VV1_0328
F: Phosphotransferase system IIA component
G: UPF0255 protein VV1_0328
H: Phosphotransferase system IIA component


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)275,4388
ポリマ－275,4388
非ポリマー00
水16,700927
1
A: UPF0255 protein VV1_0328
B: Phosphotransferase system IIA component


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8592
ポリマ－68,8592
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area20920 Å2
手法PISA
2
C: UPF0255 protein VV1_0328
D: Phosphotransferase system IIA component


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8592
ポリマ－68,8592
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1750 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area21290 Å2
手法PISA
3
E: UPF0255 protein VV1_0328
F: Phosphotransferase system IIA component


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8592
ポリマ－68,8592
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1680 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area21210 Å2
手法PISA
4
G: UPF0255 protein VV1_0328
H: Phosphotransferase system IIA component


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8592
ポリマ－68,8592
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1730 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area20930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)322.866, 62.067, 126.362
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
UPF0255 protein VV1_0328 / FERMENTATION/RESPIRATION SWITCH PROTEIN


分子量: 49265.230 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 株: CMCP6 / 遺伝子: VV1_0328 / プラスミド: pQE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q8DF91
#2: タンパク質
Phosphotransferase system IIA component / EIIA


分子量: 19594.232 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 株: CMCP6 / 遺伝子: VV1_0212 / プラスミド: pQE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q8DFJ9, UniProt: A0A3Q0L1G8*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 927 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.75 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG MME 550, 0.1M MES pH 6.5, 0.01M Zn-Acetate, microbatch, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→50 Å / Num. obs: 119307 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 13.7 Å2
反射 シェル解像度: 2.19→2.23 Å / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CCP4モデル構築
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MVE, 1O2F

3mve

1o2f


解像度: 2.2→49.37 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 44259.56 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 5459 5 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.201 108181 90.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.3292 Å2 / ksol: 0.323852 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.04 Å20 Å21.44 Å2
2--3.22 Å20 Å2
3----0.18 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.35 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→49.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16723 0 0 927 17650
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.91
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 757 5.1 %
Rwork0.287 14187 -
obs--75.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater_rep.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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