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- PDB-3opc: Crystal structure of FlgN chaperone from Bordetella pertussis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3opc
タイトルCrystal structure of FlgN chaperone from Bordetella pertussis
要素Uncharacterized protein
キーワードCHAPERONE / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / FLAGELLUM BIOSYNTHESIS
機能・相同性FlgN-like / FlgN-like protein / FlgN-like superfamily / FlgN protein / bacterial-type flagellum assembly / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Flagellar protein FlgN
機能・相同性情報
生物種Bordetella pertussis (百日咳菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Michalska, K. / Chhor, G. / Bearden, J. / Fenske, R.J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of FlgN chaperone from Bordetella pertussis
著者: Michalska, K. / Chhor, G. / Bearden, J. / Fenske, R.J. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4493
ポリマ－32,3572
非ポリマー921
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8180 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area14160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.57, 90.39, 49.19
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 16178.491 Da / 分子数: 2 / 断片: Sequence database residues 1-151 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bordetella pertussis (百日咳菌) / 株: Tohama I / 遺伝子: BP1370, FlgN / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21, pRK1037 / 参照: UniProt: Q7VYH2
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.21 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.02 M MgCl2, 0.1 M HEPES, 22% polyacrylic acid 5100 sodium salt, strontium chloride 0.01 M, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97924, 0.9793992, 0.9796705
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月19日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979241
20.97939921
30.97967051
反射解像度: 2.09→50 Å / Num. obs: 18169 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.583 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 900 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
Auto-Rickshaw位相決定
SHELXD位相決定
ABSモデル構築
SHARP位相決定
直接法モデル構築
HELICAPモデル構築
Cootモデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
ABS位相決定
直接法位相決定
HELICAP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.09→27.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 10.893 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.228 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25574 1297 7.2 %RANDOM
Rwork0.21306 ---
all0.21601 18056 --
obs0.21601 18056 99.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.03 Å20 Å20 Å2
2---1.9 Å20 Å2
3---2.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→27.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1924 0 6 84 2014
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0212028
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021337
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1991.9542750
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86533255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3035270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.7324.423104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.44215337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4311522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2313
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022372
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02392
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6891.51330
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.171.5539
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.34622082
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.53698
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2564.5668
LS精密化 シェル解像度: 2.091→2.145 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 105 -
Rwork0.253 1215 -
obs--98.36 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.30751.73220.9751.97791.3610.73490.03770.0829-0.03380.09450.0903-0.04870.06290.0778-0.1280.1026-0.0328-0.01860.0987-0.0030.115748.932229.43115.7224
21.7521.24471.0631.71491.20290.5664-0.1660.35090.0371-0.23860.213-0.0247-0.14330.1532-0.0470.1473-0.0983-0.01130.1217-0.00830.05217.7447-3.57253.5804
32.20870.692-0.1650.3188-0.99793.10890.1113-0.0683-0.0367-0.00460.06620.08550.0255-0.2682-0.17750.0375-0.0233-0.03620.0964-0.00510.136-1.1105-22.52345.5561
41.29112.92810.16927.3360.80480.13950.0971-0.01280.14060.1897-0.07560.26450.04270.0027-0.02150.1025-0.029-0.00190.08740.00190.094614.9713-2.088615.6352
522.91076.299814.5042-6.84140.80124.0297-1.2342-1.0624-1.315-0.34440.31-0.45130.0712-1.02910.9242-0.0118-0.07140.2060.1199-0.410.80772.0055-29.8885-0.2276
60.50351.8860.55225.22181.76420.9741-0.03510.0712-0.0942-0.14710.1222-0.2074-0.08390.1074-0.08710.0655-0.01670.00060.0937-0.05440.139116.6274-13.93867.5111
71.44280.95420.3751.12260.66790.21030.066-0.00590.17930.1492-0.03970.03950.0626-0.0504-0.02630.1039-0.0484-0.00010.05530.00830.084246.077932.571418.4992
88.39464.20020.31222.4841-0.14540.11480.1110.40580.24210.15560.04630.2031-0.0755-0.0059-0.15730.0511-0.00710.00790.12810.04980.148429.596125.67769.1367
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 33
2X-RAY DIFFRACTION2A34 - 62
3X-RAY DIFFRACTION3A63 - 83
4X-RAY DIFFRACTION4A84 - 128
5X-RAY DIFFRACTION5B-1 - 4
6X-RAY DIFFRACTION6B5 - 29
7X-RAY DIFFRACTION7B30 - 91
8X-RAY DIFFRACTION8B92 - 129

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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