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- PDB-3op3: Crystal Structure of Cell Division Cycle 25C Protein Isoform A fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3op3
タイトルCrystal Structure of Cell Division Cycle 25C Protein Isoform A from Homo sapiens
要素M-phase inducer phosphatase 3
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / alpha-beta-alpha sandwich / kinase / cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of G2/MI transition of meiotic cell cycle / Polo-like kinase mediated events / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / regulation of mitotic nuclear division / WW domain binding / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / phosphoprotein phosphatase activity / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / Activation of ATR in response to replication stress ...positive regulation of G2/MI transition of meiotic cell cycle / Polo-like kinase mediated events / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / regulation of mitotic nuclear division / WW domain binding / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / phosphoprotein phosphatase activity / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / Activation of ATR in response to replication stress / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / protein tyrosine phosphatase activity / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / mitochondrial intermembrane space / G2/M transition of mitotic cell cycle / spermatogenesis / cell population proliferation / nuclear speck / cell division / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
M-phase inducer phosphatase / M-phase inducer phosphatase / Rhodanese-like domain / Oxidized Rhodanese; domain 1 / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
M-phase inducer phosphatase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Kim, Y. / Weger, A. / Hatzos, C. / Savitsky, P. / Johansson, C. / Ball, L. / Barr, A. / Vollmar, M. / Muniz, J. / Weigelt, J. ...Kim, Y. / Weger, A. / Hatzos, C. / Savitsky, P. / Johansson, C. / Ball, L. / Barr, A. / Vollmar, M. / Muniz, J. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Gileadi, O. / von Delft, F. / Knapp, S. / Joachimiak, A. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of Cell Division Cycle 25C Protein Isoform A from Homo sapiens
著者: Kim, Y. / Weger, A. / Hatzos, C. / Savitsky, P. / Johansson, C. / Ball, L. / Barr, A. / Vollmar, M. / Muniz, J. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Gileadi, O. / ...著者: Kim, Y. / Weger, A. / Hatzos, C. / Savitsky, P. / Johansson, C. / Ball, L. / Barr, A. / Vollmar, M. / Muniz, J. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Gileadi, O. / von Delft, F. / Knapp, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年8月14日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: M-phase inducer phosphatase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7925
ポリマ－25,4081
非ポリマー3844
水79344
1
A: M-phase inducer phosphatase 3
ヘテロ分子

A: M-phase inducer phosphatase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,58410
ポリマ－50,8162
非ポリマー7698
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-2/31
Buried area2980 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area16660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.187, 96.187, 61.188
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 M-phase inducer phosphatase 3 / Dual specificity phosphatase Cdc25C


分子量: 25407.881 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 270-462 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cleavable N-terminal His6 tag / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC25C / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3-pRARE2 / 参照: UniProt: P30307, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.75 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Bis Tris pH 5.5, 23% PEG 3350, 0.2M Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月27日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.63→50 Å / Num. all: 9980 / Num. obs: 9980 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 78 Å2 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.63→2.68 Å / 冗長度: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 437 / Rsym value: 0.759 / % possible all: 87.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
CCP4モデル構築
BALBES位相決定
BUSTER2.8.0精密化
REFMAC精密化
PHENIX精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDBID 2IFV

2ifv


解像度: 2.63→49.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9391 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9338 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 474 4.81 %RANDOM
Rwork0.198 ---
all0.199 9851 --
obs0.199 9851 98.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 80.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.4335 Å20 Å20 Å2
2--7.4335 Å20 Å2
3----14.867 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.431 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.63→49.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1338 0 20 44 1402
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114002
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.1119012
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4592
X-RAY DIFFRACTIONf_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONf_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONf_trig_c_planes282
X-RAY DIFFRACTIONf_gen_planes2075
X-RAY DIFFRACTIONf_it140020
X-RAY DIFFRACTIONf_nbd
X-RAY DIFFRACTIONf_omega_torsion2.73
X-RAY DIFFRACTIONf_other_torsion19.28
X-RAY DIFFRACTIONf_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_improper_torsion1695
X-RAY DIFFRACTIONf_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONf_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONf_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONf_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONf_ideal_dist_contact15774
LS精密化 シェル解像度: 2.63→2.94 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2873 137 5.17 %
Rwork0.2164 2515 -
all0.2199 2652 -
obs-2652 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9454-0.52633.44453.3646-1.3723.71380.277-0.6985-0.74350.06450.26720.19920.1852-0.47-0.5442-0.2936-0.09090.069-0.02020.18450.304-11.376140.339-3.9855
2-1.6841.23811.92393.02510.922100.0027-0.00460.01760.00270.04170.0360.03330.0564-0.04440.0398-0.0743-0.1162-0.2254-0.10270.304-12.167841.9405-18.4435
34.25050.94773.23771.50930.21293.26670.1607-0.1696-0.4259-0.26960.24820.38250.5110.018-0.4089-0.2652-0.0536-0.0816-0.23470.07820.304-7.263737.2625-7.1397
410.378-0.66210.0644.4213-0.06690.19790.1094-0.0253-0.7435-0.33120.20240.1992-0.3705-0.3127-0.3119-0.25-0.0824-0.0039-0.1806-0.0390.1677-22.359650.7113-18.9812

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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