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- PDB-3oo9: Crystal structures and biochemical characterization of the bacter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oo9
タイトルCrystal structures and biochemical characterization of the bacterial solute receptor AcbH reveal an unprecedented exclusive substrate preference for b-D-galactopyranose
要素ABC transporter binding protein AcbH
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / class 2 SBP fold / ABC transporter extracellular solute binding protein / D-galactose Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ABC transporter binding protein AcbH
類似検索 - 構成要素
生物種Actinoplanes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Vahedi-Faridi, A. / Bulut, H. / Licht, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal structures of the bacterial solute receptor AcbH displaying an exclusive substrate preference for beta-D-galactopyranose
著者: Licht, A. / Bulut, H. / Scheffel, F. / Daumke, O. / Wehmeier, U.F. / Saenger, W. / Schneider, E. / Vahedi-Faridi, A.
履歴
登録2010年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年3月26日Group: Database references
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter binding protein AcbH
B: ABC transporter binding protein AcbH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,04427
ポリマ－91,6752
非ポリマー2,37025
水18,0871004
1
A: ABC transporter binding protein AcbH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,88612
ポリマ－45,8371
非ポリマー1,04911
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ABC transporter binding protein AcbH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,15815
ポリマ－45,8371
非ポリマー1,32114
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.250, 65.760, 177.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ABC transporter binding protein AcbH


分子量: 45837.336 Da / 分子数: 2 / 断片: residue in UNP 39-433 / 変異: T10M, R362K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Actinoplanes (バクテリア) / 株: SE50/110 / 遺伝子: AcbH / プラスミド: pAL55, pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q27GR2
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1004 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.87 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 2.2M (NH4)2SO4, 100mM citric acid , pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月17日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→33.71 Å / Num. obs: 84900 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 20.134 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 8.78
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.76-1.810.820.5531.813578663358810.6988.7
1.81-1.860.6510.4452.213634648158060.55489.6
1.86-1.910.5860.4062.513589624557030.50591.3
1.91-1.970.4390.3113.213673612856510.38792.2
1.97-2.030.3660.2533.913605584654400.31393.1
2.03-2.10.2790.2034.913710573153810.2593.9
2.1-2.180.2440.1735.813759559352920.21494.6
2.18-2.270.2040.1526.713571525550230.18795.6
2.27-2.370.180.1367.513579507348990.16796.6
2.37-2.490.1570.128.413425489247290.14796.7
2.49-2.620.1390.119.413313469045300.13596.6
2.62-2.780.1110.0921112819435442460.11297.5
2.78-2.970.0960.08312.412549413440500.198
2.97-3.210.0750.0715.312062386437860.08398
3.21-3.520.0590.0618.211266355634600.07297.3
3.52-3.940.0470.05120.610320323131450.0697.3
3.94-4.540.040.04522.49053282627520.05397.4
4.54-5.570.0390.04422.17963243623530.05296.6
5.57-7.870.040.042216107188817990.0595.3
7.870.0240.02625322110619740.03191.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: model from SeMet SAD phasing

解像度: 1.76→33.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / WRfactor Rfree: 0.1808 / WRfactor Rwork: 0.1426 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8906 / SU B: 2.217 / SU ML: 0.069 / SU R Cruickshank DPI: 0.1047 / SU Rfree: 0.1051 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1948 4245 5 %RANDOM
Rwork0.155 ---
obs0.157 84899 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 96.69 Å2 / Biso mean: 14.5202 Å2 / Biso min: 3.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.99 Å20 Å2-0.3 Å2
2--0.61 Å20 Å2
3---0.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→33.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6166 0 133 1004 7303
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0226454
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3591.9548785
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6425794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.60125.548292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.172151001
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0441512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2931
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214924
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4051.53953
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.11526356
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.65132501
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4074.52428
LS精密化 シェル解像度: 1.76→1.806 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 293 -
Rwork0.24 5569 -
all-5862 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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