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- PDB-3ojb: Crystal structure of C-terminal domain of human galectin-8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ojb
タイトルCrystal structure of C-terminal domain of human galectin-8
要素Galectin-8
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Jelly-roll / Carbohydrate/Sugar Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


lymphatic endothelial cell migration / xenophagy / cellular response to virus / integrin binding / cytoplasmic vesicle / carbohydrate binding / extracellular space / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Zhou, D. / Teng, M. / Niu, L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of C-terminal carbohydrate recognition domain of human galectin-8
著者: Zhou, D. / Teng, M. / Niu, L.
履歴
登録2010年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galectin-8
B: Galectin-8
C: Galectin-8
D: Galectin-8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6854
ポリマ－63,6854
非ポリマー00
水34219
1
A: Galectin-8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9211
ポリマ－15,9211
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Galectin-8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9211
ポリマ－15,9211
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Galectin-8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9211
ポリマ－15,9211
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Galectin-8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9211
ポリマ－15,9211
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.105, 73.148, 179.214
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

-
要素

#1: タンパク質
Galectin-8 / Gal-8 / Prostate carcinoma tumor antigen 1 / PCTA-1 / Po66 carbohydrate-binding protein / Po66-CBP


分子量: 15921.230 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS8 / プラスミド: p28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O00214
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.82 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 27.5% PEG 8000, 0.2M ammonium phosphate, 6.5% Ethylene Glycol, 0.1M Na Cacodylate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.006→50 Å / Num. all: 14838 / Num. obs: 13191 / % possible obs: 88.9 % / 冗長度: 5.49 % / Rmerge(I) obs: 0.219
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.413 / Num. unique all: 1432 / % possible all: 67.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0104精密化
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YV8

2yv8


解像度: 3.01→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.892 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.813 / SU B: 48.173 / SU ML: 0.375 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.541 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2919 666 5.1 %RANDOM
Rwork0.22814 ---
obs0.23129 12427 88.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.865 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.48 Å20 Å20 Å2
2--0.71 Å20 Å2
3---0.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.01→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4192 0 0 19 4211
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0224284
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2141.9545780
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1085520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.60923.654208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.94215756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.451532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2632
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213252
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.0681.52608
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.13124216
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.27331676
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.4144.51564
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 1048 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Amedium positional0.380.5
Bmedium positional0.410.5
Cmedium positional0.340.5
Dmedium positional0.350.5
Amedium thermal0.162
Bmedium thermal0.142
Cmedium thermal0.122
Dmedium thermal0.132
LS精密化 シェル解像度: 3.006→3.082 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 38 -
Rwork0.379 641 -
obs--66.11 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6462-0.5087-0.06781.18620.18994.3737-0.1315-0.03670.13790.07340.09570.0325-0.10.02030.03580.07820.001-0.00750.3144-0.00860.14959.102831.106714.9782
22.38890.43930.04072.04120.28733.2888-0.06230.0336-0.08670.15410.04010.14770.0202-0.07060.02230.1166-0.00060.00330.30950.00420.146635.370326.324925.8666
33.69230.0417-0.8115.03830.04663.727-0.0703-0.1531-0.41840.0807-0.08060.12610.43650.0410.15090.2251-0.01770.03280.3641-0.03880.212715.207116.543153.0287
42.0017-0.5163-0.13244.8990.26113.6936-0.0842-0.1239-0.41570.20890.072-0.04620.4915-0.10490.01220.1951-0.02070.05220.3580.00710.316816.0598-0.926113.5722
50.08350.04380.0640.15240.14490.1635-0.0363-0.0546-0.02580.2428-0.02050.09140.19930.04430.05670.49730.05040.20960.25860.05160.093917.71323.458923.1921
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 139
2X-RAY DIFFRACTION2B9 - 139
3X-RAY DIFFRACTION3C9 - 139
4X-RAY DIFFRACTION4D9 - 139
5X-RAY DIFFRACTION5A - D140 - 143

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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