+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4i3b | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of fluorescent protein UnaG wild type | ||||||
![]() | Bilirubin-inducible fluorescent protein UnaG | ||||||
![]() | FLUORESCENT PROTEIN / Bilirubin binding protein / Lipocalin / Beta barrel / Fatty acid binding protein-like / Cytosol | ||||||
Function / homology | ![]() fatty acid transport / bioluminescence / fatty acid binding / nucleus / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kumagai, A. / Ando, R. / Miyatake, H. / Miyawaki, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: A bilirubin-inducible fluorescent protein from eel muscle Authors: Kumagai, A. / Ando, R. / Miyatake, H. / Greimel, P. / Kobayashi, T. / Hirabayashi, Y. / Shimogori, T. / Miyawaki, A. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 595.2 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 504.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.7 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 1.8 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 68.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 99.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4i3cC ![]() 4i3dC ![]() 1fdqS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
4 | ![]()
| ||||||||
5 | ![]()
| ||||||||
6 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 15603.771 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-BLR / #3: Chemical | ChemComp-PEG / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.46 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: 0.2M Ammonium acetate, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate, 20%w/v Polyethylene glycol 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 14, 2011 |
Radiation | Monochromator: MIRROR / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 0.98→50 Å / Num. obs: 457015 / % possible obs: 80 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 10.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 35 |
Reflection shell | Resolution: 0.98→1 Å / Redundancy: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.226 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 27.5 |
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1FDQ Resolution: 1.199→31.923 Å / SU ML: 0.1 / σ(F): 1.53 / Phase error: 14.37 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 10.01 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.199→31.923 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
|