PDB-3oh3: Protein structure of USP from L. major bound to URIDINE-5'-DIPHOS...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3oh3

タイトル

Protein structure of USP from L. major bound to URIDINE-5'-DIPHOSPHATE -Arabinose

要素

UDP-sugar pyrophosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / left handed beta helix / Rossmann Fold / UDP sugar pyrophosphorylase

機能・相同性

機能・相同性情報

UTP-monosaccharide-1-phosphate uridylyltransferase / uridylyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania major (大形リーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Dickmanns, A. / Damerow, S. / Neumann, P. / Schulz, E.-C. / Lamerz, A. / Routier, F. / Ficner, R.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural basis for the broad substrate range of the UDP-sugar pyrophosphorylase from Leishmania major.
著者: Dickmanns, A. / Damerow, S. / Neumann, P. / Schulz, E.C. / Lamerz, A.C. / Routier, F.H. / Ficner, R.

履歴

登録	2010年8月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3oh3.cif.gz	254.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3oh3.ent.gz	203.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3oh3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3oh3_validation.pdf.gz	865.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3oh3_full_validation.pdf.gz	879.7 KB	表示
XML形式データ	3oh3_validation.xml.gz	27.2 KB	表示
CIF形式データ	3oh3_validation.cif.gz	39.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/3oh3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/3oh3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ogzSC 3oh0C 3oh1C 3oh2C 3oh4C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3oh1-d 4bfv-d 4bfz-d 2ww1-4 4bft-d 2c0r-d 6cbo-1 2hyi-2 1tnb-5 3ex7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (3) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UDP-sugar pyrophosphorylase

ヘテロ分子

71.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.161, 122.508, 61.061
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.300, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-659- HOH
2	1	A-719- HOH
3	1	A-726- HOH

#1: タンパク質	UDP-sugar pyrophosphorylase 分子量: 70539.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア) 株: 5ASKH / 遺伝子: USP / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: D3G6S4, UTP-monosaccharide-1-phosphate uridylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-UAD / [(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl (2S,3R,4S,5S)-3,4,5-trihydroxytetrahydro-2H-pyran-2-yl dihydrogen diphosphate / ウリジン5′-二りん酸β-(α-L-アラビノピラノシル) 分子量: 536.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₂N₂O₁₆P₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.11 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1-0.2 M sodium tartrate, 16-20% PEG5000, 10 mM DTT, pH 7-8, vapor diffusion, sitting drop, temperature 292K PH範囲: 7-8

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月22日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.03→50 Å / Num. all: 48590 / Num. obs: 48590 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 36.98 Å² / R_merge(I) obs: 0.037 / R_sym value: 0.039 / Χ²: 0.996 / Net I/σ(I): 17.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.03-2.09	4.4	0.496	4842	0.997	99.8
2.09-2.18	4.5	0.344	4844	0.999	100
2.18-2.27	4.5	0.242	4851	0.999	99.9
2.27-2.39	4.5	0.158	4828	0.996	100
2.39-2.54	4.5	0.106	4873	0.997	100
2.54-2.74	4.5	0.075	4860	0.99	100
2.74-3.02	4.5	0.046	4886	0.997	100
3.02-3.45	4.5	0.03	4862	0.999	100
3.45-4.35	4.5	0.022	4902	0.986	100
4.35-50	4.4	0.019	4842	1.002	98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.6.1_357	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
HKL-2000		データ削減
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 3OGZ

3ogz

解像度: 2.03→27.173 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU ML: 0.24 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2042	2374	4.89 %	RANDOM
R_work	0.1756	-	-	-
obs	0.177	48579	99.14 %	-
all	-	48590	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 61.32 Å² / k_sol: 0.368 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 213.29 Å² / B_iso mean: 52.5145 Å² / B_iso min: 20.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.7527 Å²	-0 Å²	-2.9723 Å²
2-	-	-5.1655 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.4128 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.25 Å	0.24 Å
Luzzati d res low	-	8 Å
Luzzati sigma a	0.27 Å	0.23 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.03→27.173 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4547	0	46	338	4931

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	4748
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.893	6461
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	736
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	840
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.861	1790

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.03-2.0712	0.3241	114	0.2618	2438	2552	89
2.0712-2.1162	0.2818	132	0.237	2712	2844	100
2.1162-2.1655	0.2633	148	0.2208	2738	2886	100
2.1655-2.2196	0.2694	127	0.2153	2716	2843	100
2.2196-2.2796	0.2234	142	0.2045	2752	2894	100
2.2796-2.3466	0.2389	135	0.1943	2738	2873	100
2.3466-2.4223	0.2294	145	0.1879	2725	2870	100
2.4223-2.5088	0.2187	151	0.1751	2730	2881	100
2.5088-2.6092	0.2237	139	0.1843	2714	2853	100
2.6092-2.7278	0.2282	151	0.1889	2762	2913	100
2.7278-2.8715	0.2146	149	0.1877	2696	2845	100
2.8715-3.0512	0.2204	154	0.1834	2764	2918	100
3.0512-3.2864	0.1988	143	0.1754	2714	2857	100
3.2864-3.6165	0.2048	134	0.1637	2763	2897	100
3.6165-4.1382	0.1943	142	0.1494	2737	2879	100
4.1382-5.2077	0.1359	126	0.1385	2788	2914	100
5.2077-27.1751	0.1764	142	0.1695	2718	2860	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5109	0.4004	-0.476	0.7527	-0.0769	1.3808	0.1041	0.003	0.5409	0.1282	0.0337	0.4131	0.3428	-0.1526	-0.1167	0.3725	-0.189	0.1061	0.3782	-0.0695	0.5892	7.3448	30.3927	48.1304
2	1.4425	1.3863	0.3478	1.4835	0.4895	0.2409	-0.1937	0.0465	0.9529	-0.7967	0.0793	-0.3569	-0.8452	0.3068	0.0046	0.6633	-0.2543	0.0449	0.475	0.0529	1.2817	31.1185	13.4942	24.457
3	1.1056	-0.3988	0.185	1.9931	0.458	1.4177	0.1769	0.0088	0.0679	-0.0459	-0.1555	-0.3303	-0.0338	-0.0396	-0.018	0.2144	-0.0172	0.0226	0.2292	0.0452	0.214	9.4792	-6.218	24.5543
4	0.4554	-0.4161	0.4943	1.0311	-0.1142	0.9622	0.1179	0.2887	0.0291	-0.379	0.0072	0.2458	-0.4127	0.1961	-0.0184	0.6023	-0.1103	-0.104	0.3914	0.005	0.4218	14.754	26.1665	30.0623
5	0.6928	0.5262	0.1262	0.7038	0.3179	0.3022	0.0561	0.175	0.1751	-0.2667	-0.2779	0.8299	0.0543	-0.267	0.2081	0.3601	-0.1004	-0.0867	0.4031	-0.0896	0.6555	5.6093	26.1493	37.7739

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and (resid 1:76)	A	1 - 76
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and (resid 77:85 or resid 300:356)	A	77 - 85
3	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and (resid 77:85 or resid 300:356)	A	300 - 356
4	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and (resid 86:195 or resid 224:299 or resid 357:378 or resid 406:615)	A	86 - 195
5	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and (resid 86:195 or resid 224:299 or resid 357:378 or resid 406:615)	A	224 - 299
6	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and (resid 86:195 or resid 224:299 or resid 357:378 or resid 406:615)	A	357 - 378
7	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and (resid 86:195 or resid 224:299 or resid 357:378 or resid 406:615)	A	406 - 615
8	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and (resid 379:405)	A	379 - 405
9	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and (resid 196:223)	A	196 - 223

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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