PDB-2ww1: Structure of the Family GH92 Inverting Mannosidase BT3990 from Ba...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ww1

タイトル

Structure of the Family GH92 Inverting Mannosidase BT3990 from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 in complex with Thiomannobioside

要素

PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

キーワード

HYDROLASE / GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 92 / GH92 / BT3990

機能・相同性

機能・相同性情報

peptide-N4-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase activity / glycoprotein catabolic process / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Suits, M.D.L. / Zhu, Y. / Thompson, A. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2010
タイトル: Mechanistic Insights Into a Ca2+-Dependent Family of A-Mannosidases in a Human Gut Symbiont.
著者: Zhu, Y. / Suits, M.D.L. / Thompson, A. / Chavan, S. / Dinev, Z. / Dumon, C. / Smith, N. / Moremen, K.W. / Xiang, Y. / Siriwardena, A. / Williams, S.J. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J.

履歴

登録	2009年10月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年12月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ww1.cif.gz	604.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ww1.ent.gz	498.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ww1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ww1_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ww1_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	2ww1_validation.xml.gz	111.7 KB	表示
CIF形式データ	2ww1_validation.cif.gz	161.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/2ww1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/2ww1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wvxSC 2wvyC 2wvzC 2ww0C 2ww2C 2ww3C 2wzsC 2wx8 PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ww0-8 2wzs-3 2wzs-4 2wzs-8 2wvz-1 2wzs-1 2ww3-4 2wzs-7 2ww0-6 2ww0-4 2wvx-4 2ww3-6 2wvz-3 2wvx-3 2ww0-1 2wzs-5 2ww3-3 2xsg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

B: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

C: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

D: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

ヘテロ分子

344 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.240, 153.110, 185.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.37, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TRP / Beg label comp-ID: TRP / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 22 - 750 / Label seq-ID: 3 - 731

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D

NCS oper: (Code: given)

#1: タンパク質

PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE / MANNOSIDASE

分子量: 85690.859 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 20-755 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)
株: VPI-5482 / プラスミド: PET 22 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TUNER / 参照: UniProt: Q8A0N1

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-methyl 2-thio-alpha-D-mannopyranoside / methyl 2-S-alpha-D-mannopyranosyl-2-thio-alpha-D-mannopyranoside

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 372.389 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with S-glycosidic bond between monosaccharides
参照: methyl 2-S-alpha-D-mannopyranosyl-2-thio-alpha-D-mannopyranoside

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

非ポリマーの詳細

METHYL-2-S-(ALPHA-D-MANNOPYRANOSYL)-2-THIO-ALPHA-D- MANNOPYRANOSIDE (SMD): THIOL LINKED MANNOBIOSE

配列の詳細

FIRST 19 RESIDUES WERE REMOVED DURING CLONING

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.4 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 20% 3350 PEG, 0.1 M (4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINEETHANESULFONIC ACID) (PH 7.0), 0.15 M K2SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9762
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→44.6 Å / Num. obs: 174544 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 25.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.4.0077	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WVX

2wvx

解像度: 2.25→185.16 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / SU B: 11.86 / SU ML: 0.133 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.27 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE ONLY. U VALUES RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21817	8730	5 %	RANDOM
R_work	0.1875	-	-	-
obs	0.18904	165726	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.722 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.07 Å²	0 Å²	0.02 Å²
2-	-	-0.93 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→185.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23863	0	96	1360	25319

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	24793
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.209	1.941	33669
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.896	5	2975
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.449	24.411	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.787	15	3967
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.188	15	104
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	3408
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	19520
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.455	1.5	14703
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.885	2	23723
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.583	3	10090
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.589	4.5	9929
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	2911	tight positional	0.04	0.05
2	B	2911	tight positional	0.04	0.05
3	C	2911	tight positional	0.04	0.05
4	D	2911	tight positional	0.04	0.05
1	A	2962	loose positional	0.04	5
2	B	2962	loose positional	0.04	5
3	C	2962	loose positional	0.04	5
4	D	2962	loose positional	0.04	5
1	A	2911	tight thermal	0.1	0.5
2	B	2911	tight thermal	0.1	0.5
3	C	2911	tight thermal	0.1	0.5
4	D	2911	tight thermal	0.09	0.5
1	A	2962	loose thermal	0.11	10
2	B	2962	loose thermal	0.12	10
3	C	2962	loose thermal	0.11	10
4	D	2962	loose thermal	0.11	10

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.312	662	-
R_work	0.278	12176	-
obs	-	-	99.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3418	0.1069	0.2244	0.3073	0.1325	0.6589	0.0311	-0.039	-0.0118	0.0313	-0.004	0.0136	0.1106	-0.0067	-0.0271	0.0324	-0.0055	-0.0062	0.0039	0.0018	0.0574	2.2211	-9.306	7.2573
2	0.2556	-0.0869	0.0452	0.2786	-0.0231	0.2847	-0.0056	-0.0603	-0.026	0.0233	0.0029	0.003	0.0403	0.0607	0.0027	0.0182	0.0212	-0.0184	0.0446	-0.0054	0.0324	28.3526	16.7073	34.0653
3	0.2035	0.0958	-0.1153	0.3246	0.0118	0.2628	-0.0132	0.0321	0.0241	-0.0584	0.0167	-0.0018	-0.0329	0.0626	-0.0035	0.0284	-0.0173	0.0114	0.0526	-0.0186	0.0512	26.0346	65.9784	58.5027
4	0.4126	0.1897	-0.3286	0.3461	-0.1975	0.7058	0.0413	-0.0294	0.0348	0.0498	-0.0043	-0.0237	-0.1208	0.0091	-0.0369	0.0383	0.0012	-0.0049	0.0087	0.0092	0.071	-4.3373	15.5239	100.0521

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	20 - 756
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	20 - 756
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	20 - 756
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	20 - 756

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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