[日本語] English
万見
- PDB-2wvx: Structure of the Family GH92 Inverting Mannosidase BT3990 from Ba... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wvx
タイトルStructure of the Family GH92 Inverting Mannosidase BT3990 from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482
要素(PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE) x 2
キーワードHYDROLASE / GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 92 / GH92 / BT3990
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide-N4-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase activity / glycoprotein catabolic process / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
alpha-1,2-mannosidase / Glycosyl hydrolase family fold / alpha-1,2-mannosidases domains / GH92 mannosidase fold / GH92 mannosidase domain / Alpha-1,2-mannosidase, putative / Glycosyl hydrolase family 92 / Glycosyl hydrolase family 92 N-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 92 catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 92 N-terminal domain ...alpha-1,2-mannosidase / Glycosyl hydrolase family fold / alpha-1,2-mannosidases domains / GH92 mannosidase fold / GH92 mannosidase domain / Alpha-1,2-mannosidase, putative / Glycosyl hydrolase family 92 / Glycosyl hydrolase family 92 N-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 92 catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 92 N-terminal domain / : / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #10 / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Six-hairpin glycosidase superfamily / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-1,2-mannosidase
類似検索 - 構成要素
生物種BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Suits, M.D.L. / Zhu, Y. / Thompson, A. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2010
タイトル: Mechanistic Insights Into a Ca2+-Dependent Family of A-Mannosidases in a Human Gut Symbiont.
著者: Zhu, Y. / Suits, M.D.L. / Thompson, A. / Chavan, S. / Dinev, Z. / Dumon, C. / Smith, N. / Moremen, K.W. / Xiang, Y. / Siriwardena, A. / Williams, S.J. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J.
履歴
登録2009年10月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE
B: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE
C: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE
D: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)349,47624
ポリマ－347,8424
非ポリマー1,63420
水36,4262022
1
A: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3666
ポリマ－86,9571
非ポリマー4085
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3806
ポリマ－86,9711
非ポリマー4085
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3666
ポリマ－86,9571
非ポリマー4085
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3666
ポリマ－86,9571
非ポリマー4085
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.230, 190.950, 135.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 21 - 754 / Label seq-ID: 2 - 735

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

-
要素

#1: タンパク質 PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE / MANNOSIDASE


分子量: 86957.078 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 20-755 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)
株: VPI-5482 / プラスミド: PET 22 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TUNER / 参照: UniProt: Q8A0N1
#2: タンパク質 PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE / MANNOSIDASE


分子量: 86971.109 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 20-755 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)
株: VPI-5482 / プラスミド: PET 22 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TUNER / 参照: UniProt: Q8A0N1
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2022 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細N-TERMINAL 19 RESIDUES WERE REMOVED DURING CLONING

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.6 % / 解説: INITIAL BUILD WITH RESOLVE
結晶化詳細: 100MM MIBS BUFFER (PH 6.0), 10% V/V PEG 3.35K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月25日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→49.3 Å / Num. obs: 248657 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 16.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0077精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.9→133.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 5.811 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18647 12380 5 %RANDOM
Rwork0.15502 ---
obs0.1566 234323 97.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 8.621 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.45 Å20 Å2-0.06 Å2
2---0.34 Å20 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→133.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23747 0 100 2022 25869
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02224671
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3331.93533494
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1752973
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.71424.4211269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.276153877
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.615102
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.23363
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02119506
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5721.514704
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.977223714
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.78339967
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7374.59769
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A2896medium positional0.160.5
2B2896medium positional0.140.5
3C2896medium positional0.160.5
4D2896medium positional0.140.5
1A2888loose positional0.325
2B2888loose positional0.35
3C2888loose positional0.335
4D2888loose positional0.35
1A2896medium thermal0.872
2B2896medium thermal1.432
3C2896medium thermal0.92
4D2896medium thermal1.122
1A2888loose thermal110
2B2888loose thermal1.4310
3C2888loose thermal110
4D2888loose thermal1.1610
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 919 -
Rwork0.19 17128 -
obs--96.43 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.50770.2843-0.02340.93830.06620.6320.0038-0.0060.09760.02380.00990.21310.1066-0.0897-0.01370.0142-0.0118-0.00160.03290.03130.0504-8.3606145.676779.0261
20.0068-0.0060.02110.0372-0.0290.0686-0.0148-0.0212-0.00460.00370.0278-0.0089-0.0065-0.0107-0.0130.06780.0051-0.00020.0678-0.00230.072326.2326106.748728.3143
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B20 - 755
2X-RAY DIFFRACTION2C20 - 755

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る