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- PDB-3oh2: Protein structure of USP from L. major bound to URIDINE-5'-DIPHOS... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3oh2 | ||||||
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Title | Protein structure of USP from L. major bound to URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GALACTOSE | ||||||
![]() | UDP-sugar pyrophosphorylase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / left handed beta helix / Rossmann Fold / UDP sugar pyrophosphorylase | ||||||
Function / homology | ![]() UTP-monosaccharide-1-phosphate uridylyltransferase / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase activity / UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dickmanns, A. / Damerow, S. / Neumann, P. / Schulz, E.-C. / Lamerz, A. / Routier, F. / Ficner, R. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis for the broad substrate range of the UDP-sugar pyrophosphorylase from Leishmania major. Authors: Dickmanns, A. / Damerow, S. / Neumann, P. / Schulz, E.C. / Lamerz, A.C. / Routier, F.H. / Ficner, R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 200.6 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 842.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 859.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 26.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 37.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3ogzSC ![]() 3oh0C ![]() 3oh1C ![]() 3oh3C ![]() 3oh4C C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 70539.938 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: D3G6S4, UTP-monosaccharide-1-phosphate uridylyltransferase |
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#2: Chemical | ChemComp-GDU / |
#3: Chemical | ChemComp-GOL / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.74 Å3/Da / Density % sol: 55.11 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1-0.2 M sodium tartrate, 16-20% PEG5000, 10 mM DTT, pH 7-8, vapor diffusion, sitting drop, temperature 292K PH range: 7-8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 22, 2008 / Details: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.14→30 Å / Num. all: 41738 / Num. obs: 41738 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 41.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rsym value: 0.053 / Χ2: 1.001 / Net I/σ(I): 22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 3OGZ Resolution: 2.14→29.517 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.43 / FOM work R set: 0.8497 / SU ML: 0.24 / Isotropic thermal model: Isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / σ(I): 0 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 65.751 Å2 / ksol: 0.357 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 188.3 Å2 / Biso mean: 60.9787 Å2 / Biso min: 24.5 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.14→29.517 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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