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- PDB-5ab6: Crystal structure of Trypanosoma brucei SCP2-thiolase like protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ab6
タイトルCrystal structure of Trypanosoma brucei SCP2-thiolase like protein (TbSLP) in complex with acetoacetyl-CoA.
要素SCP2-THIOLASE LIKE PROTEIN
キーワードTRANSPORT PROTEIN / COENZYME A / TRYPANOSOMA BRUCEI / SCP2-THIOLASE / SCP2-THIOLASE- LIKE PROTEIN / MALONYL-COA DECARBOXYLASE / GENE KNOCKOUT / LIPID METABOLISM
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能
: / Thiolase C-terminal domain-like / Thiolase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETOACETYL-COENZYME A / Nonspecific lipid-transfer protein, putative
類似検索 - 構成要素
生物種TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Harijan, R.K. / Kiema, T.R. / Wierenga, R.K.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2016
タイトル: The Scp2-Thiolase-Like Protein (Slp) of Trypanosoma Brucei is an Enzyme Involved in Lipid Metabolism.
著者: Harijan, R.K. / Mazet, M. / Kiema, T.R. / Bouyssou, G. / Alexson, S.E.H. / Bergmann, U. / Moreau, P. / Michels, P.A.M. / Bringaud, F. / Wierenga, R.K.
履歴
登録2015年8月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月27日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: SCP2-THIOLASE LIKE PROTEIN
B: SCP2-THIOLASE LIKE PROTEIN
C: SCP2-THIOLASE LIKE PROTEIN
D: SCP2-THIOLASE LIKE PROTEIN
E: SCP2-THIOLASE LIKE PROTEIN
F: SCP2-THIOLASE LIKE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)278,36223
ポリマ－272,1956
非ポリマー6,16617
水11,638646
1
E: SCP2-THIOLASE LIKE PROTEIN
F: SCP2-THIOLASE LIKE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,9159
ポリマ－90,7322
非ポリマー2,1847
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7400 Å2
ΔGint-60.1 kcal/mol
Surface area26410 Å2
手法PISA
2
A: SCP2-THIOLASE LIKE PROTEIN
B: SCP2-THIOLASE LIKE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,7237
ポリマ－90,7322
非ポリマー1,9915
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7080 Å2
ΔGint-39.5 kcal/mol
Surface area26090 Å2
手法PISA
3
C: SCP2-THIOLASE LIKE PROTEIN
D: SCP2-THIOLASE LIKE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,7237
ポリマ－90,7322
非ポリマー1,9915
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7120 Å2
ΔGint-39.9 kcal/mol
Surface area26220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.150, 65.972, 156.755
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16B
26C
17B
27D
18B
28E
19B
29F
110C
210D
111C
211E
112C
212F
113D
213E
114D
214F
115E
215F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERASPASPAA3 - 40819 - 424
21SERSERASPASPBB3 - 40819 - 424
12SERSERASPASPAA3 - 40819 - 424
22SERSERASPASPCC3 - 40819 - 424
13SERSERASPASPAA3 - 40819 - 424
23SERSERASPASPDD3 - 40819 - 424
14GLNGLNASPASPAA4 - 40820 - 424
24GLNGLNASPASPEE4 - 40820 - 424
15SERSERASPASPAA3 - 40819 - 424
25SERSERASPASPFF3 - 40819 - 424
16SERSERASPASPBB3 - 40819 - 424
26SERSERASPASPCC3 - 40819 - 424
17SERSERASPASPBB3 - 40819 - 424
27SERSERASPASPDD3 - 40819 - 424
18GLNGLNASPASPBB4 - 40820 - 424
28GLNGLNASPASPEE4 - 40820 - 424
19SERSERASPASPBB3 - 40819 - 424
29SERSERASPASPFF3 - 40819 - 424
110SERSERASPASPCC3 - 40819 - 424
210SERSERASPASPDD3 - 40819 - 424
111GLNGLNASPASPCC4 - 40820 - 424
211GLNGLNASPASPEE4 - 40820 - 424
112SERSERASPASPCC3 - 40819 - 424
212SERSERASPASPFF3 - 40819 - 424
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115GLNGLNSERSEREE4 - 40720 - 423
215GLNGLNSERSERFF4 - 40720 - 423

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.9956, -0.09326, -0.003459), (-0.09333, 0.9946, 0.04445), (-0.000705, 0.04458, -0.999)-57.14, -2.731, -0.2406
2given(-0.5511, -0.8344, 0.002536), (0.8339, -0.5509, -0.03306), (0.02898, -0.01611, 0.9995)-75.16, 40.84, -50.93
3given(0.4775, 0.8786, 0.005194), (0.8786, -0.4775, 0.007954), (0.009469, 0.000766, -1)13.9, 42.56, 52.72
4given(0.5528, -0.8333, 0.00145), (-0.833, -0.5526, 0.02606), (-0.02091, -0.01561, -0.9997)-41.3, -7.064, -52.67
5given(-0.4688, 0.8833, -0.001062), (-0.8833, -0.4688, -0.004607), (-0.004567, -0.001221, 1)-15.24, -7.419, 52.32
6given(0.4709, 0.8822, -0.000143), (0.8821, -0.4709, 0.01144), (0.01003, -0.005513, -0.9999)13.91, 42.76, 52.64
7given(-0.5573, -0.8303, -0.00512), (0.8298, -0.5568, -0.0371), (0.02795, -0.02493, 0.9993)-75, 40.78, -51.14
8given(-0.4726, 0.8812, -0.003184), (-0.8811, -0.4726, -0.01881), (-0.01808, -0.006083, 0.9998)-15.33, -8.126, 52.13
9given(0.5495, -0.8355, 0.000832), (-0.8349, -0.549, 0.03993), (-0.03291, -0.02264, -0.9992)-41.31, -6.238, -52.86
10given(0.4699, -0.8824, -0.02515), (-0.8826, -0.4702, 0.007446), (-0.01839, 0.0187, -0.9997)-44.64, -76.93, 103.8
11given(-1, -0.001978, -0.008037), (-0.001982, 1, 0.000533), (0.008036, 0.000549, -1)-58.66, -1.828, -0.06805
12given(-0.4781, -0.8779, 0.02563), (0.878, -0.4785, -0.01257), (0.02329, 0.01649, 0.9996)-70.28, -25.06, 104.9
13given(-0.4682, -0.8835, 0.01411), (0.8835, -0.4684, -0.01185), (0.01707, 0.006917, 0.9998)-70.96, -24.89, 104.7
14given(-0.9999, 0.009738, 0.00489), (0.009748, 1, 0.001958), (-0.004871, 0.002006, -1)-57.83, -1.744, -0.1461
15given(0.4765, 0.879, -0.01755), (0.879, -0.4767, -0.01203), (-0.01894, -0.009689, -0.9998)12.51, -23.15, -104.9

-
要素

#1: タンパク質
SCP2-THIOLASE LIKE PROTEIN


分子量: 45365.898 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: EATRO1125 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C9ZUV7
#2: 化合物
ChemComp-CAA / ACETOACETYL-COENZYME A / 3-オキソブチリルCoA


分子量: 851.607 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H40N7O18P3S
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 646 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.5 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.6
詳細: 100 MM SODIUM ACETATE (PH 4.6), 2.0 M AMMONIUM SULPHATE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月20日 / 詳細: COMPOUND REFRACTIVE LENSES
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→29.41 Å / Num. obs: 184266 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 2.2 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→29.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 4.536 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26422 9153 5 %RANDOM
Rwork0.24762 ---
obs0.24844 174242 97.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.445 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.85 Å20 Å20.05 Å2
2--0.39 Å20 Å2
3----1.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17592 0 379 646 18617
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01918384
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0217552
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1011.98925006
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.884340355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.16652366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.99523.484706
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.808152847
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.48215115
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.22827
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02120803
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.024054
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A244420.05
12B244420.05
21A243290.06
22C243290.06
31A243620.06
32D243620.06
41A244070.05
42E244070.05
51A244940.05
52F244940.05
61B242280.06
62C242280.06
71B243480.06
72D243480.06
81B243630.05
82E243630.05
91B244630.06
92F244630.06
101C240470.07
102D240470.07
111C242100.06
112E242100.06
121C242240.06
122F242240.06
131D242250.06
132E242250.06
141D244730.06
142F244730.06
151E243880.05
152F243880.05
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.448 641 -
Rwork0.428 12721 -
obs--97.09 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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