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- PDB-5hid: BRAF Kinase domain b3aC loop deletion mutant in complex with AZ628 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hid
タイトルBRAF Kinase domain b3aC loop deletion mutant in complex with AZ628
要素Serine/threonine-protein kinase B-raf
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of axon regeneration / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / Signalling to p38 via RIT and RIN / head morphogenesis / ARMS-mediated activation / endothelial cell apoptotic process / myeloid progenitor cell differentiation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function ...positive regulation of axon regeneration / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / Signalling to p38 via RIT and RIN / head morphogenesis / ARMS-mediated activation / endothelial cell apoptotic process / myeloid progenitor cell differentiation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / negative regulation of fibroblast migration / establishment of protein localization to membrane / positive regulation of axonogenesis / regulation of T cell differentiation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / Frs2-mediated activation / stress fiber assembly / face development / MAP kinase kinase activity / thyroid gland development / synaptic vesicle exocytosis / somatic stem cell population maintenance / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / MAP kinase kinase kinase activity / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of stress fiber assembly / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / substrate adhesion-dependent cell spreading / cellular response to calcium ion / thymus development / animal organ morphogenesis / RAF activation / Spry regulation of FGF signaling / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / visual learning / centriolar satellite / cellular response to xenobiotic stimulus / epidermal growth factor receptor signaling pathway / long-term synaptic potentiation / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / T cell differentiation in thymus / T cell receptor signaling pathway / presynapse / MAPK cascade / regulation of cell population proliferation / cell body / scaffold protein binding / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / postsynapse / neuron projection / cilium / ciliary basal body / protein serine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / glutamatergic synapse / mitochondrion / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) ...Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ubiquitin-like domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-B1E / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Serine/threonine-protein kinase B-raf
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Whalen, D.M. / Foster, S.A. / Ozen, A. / Wongchenko, M. / Yin, J. / Schaefer, G. / Mayfield, J. / Chmielecki, J. / Stephens, P. / Albacker, L. ...Whalen, D.M. / Foster, S.A. / Ozen, A. / Wongchenko, M. / Yin, J. / Schaefer, G. / Mayfield, J. / Chmielecki, J. / Stephens, P. / Albacker, L. / Yan, Y. / Song, K. / Hatzivassiliou, G. / Eigenbrot, C. / Yu, C. / Shaw, A.S. / Manning, G. / Skelton, N.J. / Hymowitz, S.G. / Malek, S.
引用ジャーナル: Cancer Cell / 年: 2016
タイトル: Activation Mechanism of Oncogenic Deletion Mutations in BRAF, EGFR, and HER2.
著者: Foster, S.A. / Whalen, D.M. / Ozen, A. / Wongchenko, M.J. / Yin, J. / Yen, I. / Schaefer, G. / Mayfield, J.D. / Chmielecki, J. / Stephens, P.J. / Albacker, L.A. / Yan, Y. / Song, K. / ...著者: Foster, S.A. / Whalen, D.M. / Ozen, A. / Wongchenko, M.J. / Yin, J. / Yen, I. / Schaefer, G. / Mayfield, J.D. / Chmielecki, J. / Stephens, P.J. / Albacker, L.A. / Yan, Y. / Song, K. / Hatzivassiliou, G. / Eigenbrot, C. / Yu, C. / Shaw, A.S. / Manning, G. / Skelton, N.J. / Hymowitz, S.G. / Malek, S.
履歴
登録2016年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月20日Group: Database references
改定 1.22016年8月3日Group: Structure summary
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase B-raf
B: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,8336
ポリマ－64,7182
非ポリマー1,1154
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2310 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area24330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.710, 100.400, 108.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase B-raf / Proto-oncogene B-Raf / p94 / v-Raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1


分子量: 32359.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRAF, BRAF1, RAFB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P15056, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-B1E / 3-(2-cyanopropan-2-yl)-N-{4-methyl-3-[(3-methyl-4-oxo-3,4-dihydroquinazolin-6-yl)amino]phenyl}benzamide


分子量: 451.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H25N5O2
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.23 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, and 0.2M Potassium Nitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月22日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal, non fixed exit slit. Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→47.86 Å / Biso Wilson estimate: 44.14 Å2
反射 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.52 / % possible all: 71.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HI2 (partially refined)

5hi2


解像度: 2.5→47.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9204 / SU R Cruickshank DPI: 1.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.296 / SU Rfree Blow DPI: 0.336 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.336
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 979 5.11 %RANDOM
Rwork0.2341 ---
obs0.2364 19162 98.25 %-
原子変位パラメータBiso mean: 41.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.5714 Å20 Å20 Å2
2--6.4475 Å20 Å2
3---0.1239 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.364 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4235 0 82 113 4430
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0114410HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.25943HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1592SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes107HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes635HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4410HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.26
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.1
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion549SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5011SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.63 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3136 128 4.95 %
Rwork0.2048 2460 -
all0.2101 2588 -
obs--98.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.13010.0239-0.01171.6233-0.12290.43610.04080.0859-0.1083-0.17-0.0175-0.19850.11260.0896-0.0233-0.13220.0079-0.0244-0.1391-0.04350.10489.5452-10.6545-13.9163
22.0807-0.0521-0.52482.4976-0.12891.6135-0.0431-0.041-0.1530.04640.00260.10870.139-0.0320.0405-0.149-0.0257-0.0007-0.13540.00770.053-8.2205-20.6748-9.2886
32.22660.1730.1251.91590.52730.90470.05440.0460.0226-0.04890.03310.2053-0.1406-0.0865-0.0875-0.1157-0.00230.0369-0.17590.03480.1012-1.933610.6641-13.9117
42.10840.13590.50181.98870.22441.5324-0.1113-0.01040.1633-0.01640.0305-0.1767-0.25530.15740.0808-0.1346-0.0428-0.001-0.1587-0.0030.058914.803521.5233-10.4551
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|454 - A|560 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|561 - A|722 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|454 - B|560 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|561 - B|722 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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