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- PDB-3ode: Human PARP-1 zinc finger 2 (Zn2) bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ode
タイトルHuman PARP-1 zinc finger 2 (Zn2) bound to DNA
要素
  • 5'-D(*CP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*G)-3'
  • 5'-D(*CP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*G)-3'
  • Poly [ADP-ribose] polymerase 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / protein-DNA complex / PARP zinc finger / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+-histone H2BS6 serine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-histone H3S10 serine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-histone H2BE35 glutamate ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of myofibroblast differentiation / negative regulation of ATP biosynthetic process / NAD+-protein-tyrosine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-histidine ADP-ribosyltransferase activity / regulation of base-excision repair / positive regulation of single strand break repair / regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep ...NAD+-histone H2BS6 serine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-histone H3S10 serine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-histone H2BE35 glutamate ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of myofibroblast differentiation / negative regulation of ATP biosynthetic process / NAD+-protein-tyrosine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-histidine ADP-ribosyltransferase activity / regulation of base-excision repair / positive regulation of single strand break repair / regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep / vRNA Synthesis / carbohydrate biosynthetic process / NAD+-protein-serine ADP-ribosyltransferase activity / negative regulation of adipose tissue development / NAD DNA ADP-ribosyltransferase activity / DNA ADP-ribosylation / mitochondrial DNA metabolic process / regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / replication fork reversal / ATP generation from poly-ADP-D-ribose / positive regulation of necroptotic process / transcription regulator activator activity / response to aldosterone / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / NAD+ ADP-ribosyltransferase / signal transduction involved in regulation of gene expression / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / mitochondrial DNA repair / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / protein poly-ADP-ribosylation / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of mitochondrial depolarization / cellular response to zinc ion / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity / nuclear replication fork / decidualization / protein autoprocessing / R-SMAD binding / site of DNA damage / macrophage differentiation / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of SMAD protein signal transduction / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / nucleosome binding / protein localization to chromatin / nucleotidyltransferase activity / telomere maintenance / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of innate immune response / nuclear estrogen receptor binding / response to gamma radiation / mitochondrion organization / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / enzyme activator activity / protein-DNA complex / cellular response to nerve growth factor stimulus / DNA Damage Recognition in GG-NER / protein modification process / Dual Incision in GG-NER / positive regulation of protein localization to nucleus / Formation of Incision Complex in GG-NER / histone deacetylase binding / cellular response to insulin stimulus / NAD binding / cellular response to amyloid-beta / cellular response to UV / nuclear envelope / double-strand break repair / regulation of protein localization / site of double-strand break / cellular response to oxidative stress / transcription regulator complex / damaged DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / chromosome, telomeric region / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / nuclear body / innate immune response / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / chromatin binding / protein kinase binding / chromatin / nucleolus / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, PARP-type / first zn-finger domain of poly(adp-ribose) polymerase-1 / Poly [ADP-ribose] polymerase / PADR1 domain / PADR1 domain superfamily / : / PADR1 domain, zinc ribbon fold / PADR1, N-terminal helical domain / PADR1 domain profile. / PADR1 ...Zinc finger, PARP-type / first zn-finger domain of poly(adp-ribose) polymerase-1 / Poly [ADP-ribose] polymerase / PADR1 domain / PADR1 domain superfamily / : / PADR1 domain, zinc ribbon fold / PADR1, N-terminal helical domain / PADR1 domain profile. / PADR1 / Zinc finger poly(ADP-ribose) polymerase (PARP)-type signature. / Zinc finger, PARP-type superfamily / Poly(ADP-ribose) polymerase and DNA-Ligase Zn-finger region / Zinc finger poly(ADP-ribose) polymerase (PARP)-type profile. / Poly(ADP-ribose) polymerase and DNA-Ligase Zn-finger region / Zinc finger, PARP-type / : / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain / WGR domain / WGR domain superfamily / WGR domain / WGR domain profile. / Proposed nucleic acid binding domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain superfamily / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain / PARP alpha-helical domain profile. / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Poly [ADP-ribose] polymerase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Pascal, J.M. / Langelier, M.-F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structures of Poly(ADP-ribose) Polymerase-1 (PARP-1) Zinc Fingers Bound to DNA: STRUCTURAL AND FUNCTIONAL INSIGHTS INTO DNA-DEPENDENT PARP-1 ACTIVITY.
著者: Langelier, M.F. / Planck, J.L. / Roy, S. / Pascal, J.M.
履歴
登録2010年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
B: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
C: 5'-D(*CP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*G)-3'
E: 5'-D(*CP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*G)-3'
F: 5'-D(*CP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2858
ポリマ－35,1546
非ポリマー1312
水34219
1
A: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
C: 5'-D(*CP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6424
ポリマ－17,5773
非ポリマー651
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
E: 5'-D(*CP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*G)-3'
F: 5'-D(*CP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6424
ポリマ－17,5773
非ポリマー651
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.804, 62.804, 196.049
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and resseq 114:141 and backboneA0
211chain B and resseq 114:141 and backboneB0
112chain A and resseq 157:171 and backboneA0
212chain B and resseq 157:171 and backboneB0
113chain A and resseq 186:197 and backboneA0
213chain B and resseq 186:197 and backboneB0

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.53519, -0.373507, 0.757671), (-0.844228, -0.205542, 0.495006), (-0.029155, -0.904569, -0.425329)-37.443001, 23.840599, 85.497498
2given(0.502748, -0.401694, 0.765432), (-0.863341, -0.188837, 0.467956), (-0.043434, -0.896093, -0.441736)-37.0037, 24.9177, 86.063301
3given(0.486634, -0.342168, 0.803809), (-0.872937, -0.22647, 0.43208), (0.034195, -0.911939, -0.408899)-40.256302, 27.816299, 84.757301

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要素

#1: タンパク質 Poly [ADP-ribose] polymerase 1 / PARP-1 / NAD(+) ADP-ribosyltransferase 1 / ADPRT 1 / Poly[ADP-ribose] synthase 1


分子量: 12721.641 Da / 分子数: 2 / 断片: PARP-1 zinc finger 2, Zn2, UNP residues 105-206 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADPRT, PARP1, PPOL / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta2 / 参照: UniProt: P09874, NAD+ ADP-ribosyltransferase
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*G)-3'


分子量: 2396.595 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized DNA
#3: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*G)-3'


分子量: 2458.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized DNA
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 1.36-1.42 M sodium citrate pH 6.5, vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月31日
放射モノクロメーター: silicon(111) crystal and multilayer
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 9957 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Χ2: 0.997 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.95-37.50.8694750.99996
3-3.067.90.6544540.95397.8
3.06-3.117.50.4994970.98699
3.11-3.187.70.4684701.04696.9
3.18-3.257.50.34930.99198.4
3.25-3.327.50.2434961.0196.7
3.32-3.417.50.2044701.04197.9
3.41-3.57.20.2284781.04598
3.5-3.67.60.1694770.95998.8
3.6-3.727.20.1734951.00198
3.72-3.857.50.144860.97999.2
3.85-47.20.1335021.02998.6
4-4.197.10.0935210.96398.7
4.19-4.417.60.1064741.034100
4.41-4.687.50.0845061.00399
4.68-5.047.40.0735090.981100
5.04-5.557.80.0635130.982100
5.55-6.358.40.0645230.99899.8
6.35-89.70.0565390.969100
8-509.10.0435790.99898.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.6.2_432精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-IceIceデータ収集
HKL-2000データ削減
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.95→41.805 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8192 / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2444 474 4.78 %
Rwork0.1987 --
obs0.2009 9907 98.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.595 Å2 / ksol: 0.334 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 119.67 Å2 / Biso mean: 58.178 Å2 / Biso min: 26.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.6361 Å20 Å20 Å2
2---6.6361 Å2-0 Å2
3---13.2722 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→41.805 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1464 644 2 19 2129
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112227
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4733105
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078328
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007291
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.359903
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A111X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.04
12B111X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.04
21A60X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.048
22B60X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.048
31A48X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.034
32B48X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.034
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.95-3.37560.31411490.24573037318698
3.3756-4.25230.24541700.19343084325498
4.2523-41.80910.221550.185533123467100

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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