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万見
- PDB-3oc2: Crystal structure of penicillin-binding protein 3 from Pseudomona... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oc2
タイトルCrystal structure of penicillin-binding protein 3 from Pseudomonas aeruginosa
要素Penicillin-binding protein 3
キーワードPENICILLIN-BINDING PROTEIN / penicillin-binding proteins / Pseudomonas aeruginosa / Structural Genomics / Oxford Protein Production Facility / OPPF / transpeptidase / cell wall biosynthesis / out periplasmic membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / proteolysis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-Lactamase - #330 / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain ...Beta-Lactamase - #330 / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-Lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.968 Å
データ登録者Sainsbury, S. / Bird, L. / Stuart, D.I. / Owens, R.J. / Ren, J. / Oxford Protein Production Facility (OPPF)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal structures of penicillin-binding protein 3 from Pseudomonas aeruginosa: comparison of native and antibiotic-bound forms
著者: Sainsbury, S. / Bird, L. / Rao, V. / Shepherd, S.M. / Stuart, D.I. / Hunter, W.N. / Owens, R.J. / Ren, J.
履歴
登録2010年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年3月26日Group: Database references
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Penicillin-binding protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2594
ポリマ－61,1531
非ポリマー1063
水3,909217
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.761, 81.514, 85.937
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Penicillin-binding protein 3


分子量: 61152.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA4418 / プラスミド: OPPF6502 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q51504
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.66 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 25%(w/v) polyethylene glycol 3350, 0.1M Bis-Tris propane, 1%(w/v) protamine sulphate, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.968→30 Å / Num. obs: 32803 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -1.5 / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 23.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 23.9
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.575 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 3150 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_353)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.968→29.07 Å / SU ML: 0.23 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2111 1649 5.04 %RANDOM
Rwork0.168 ---
obs0.1702 32749 96.58 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.838 Å2 / ksol: 0.389 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.8796 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.9743 Å2-0 Å2-0 Å2
2---3.8921 Å2-0 Å2
3----2.0822 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.968→29.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3781 0 3 217 4001
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073853
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1075225
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075590
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005687
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1071440
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9685-2.03880.28391160.23492106222266
2.0388-2.12040.24191730.19443135330899
2.1204-2.21690.21891800.17731633343100
2.2169-2.33370.22361660.165331793345100
2.3337-2.47990.22481650.165132053370100
2.4799-2.67120.23991630.161432043367100
2.6712-2.93980.20221560.160732143370100
2.9398-3.36470.18631720.152332263398100
3.3647-4.23710.18151670.142832833450100
4.2371-29.07290.21061910.184233853576100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.16870.53321.4937-0.03760.43221.825-0.1206-0.03670.04710.0492-0.0766-0.1874-0.32470.17790.12810.2013-0.0617-0.06920.2653-0.00550.2258.120235.126920.6907
20.28660.05410.12981.11970.07590.7953-0.21310.16330.0745-0.7850.05670.0693-0.26990.05080.12770.5359-0.0438-0.05980.19430.02380.18558.814727.564240.9161
30.8308-0.3747-0.48820.73520.39641.42740.0038-0.0316-0.08240.0603-0.02250.0343-0.00330.00710.01960.087-0.0157-0.00820.08090.00090.11133.088416.6491-9.7733
40.2210.24490.06930.28150.26171.0199-0.0632-0.05610.01920.01670.02660.10680.2651-0.11210.06470.21170.00190.02130.1291-0.04020.14379.0922.993-28.6634
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 50:78 or resid 151:221)A50 - 78
2X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 50:78 or resid 151:221)A151 - 221
3X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 79:150A79 - 150
4X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resid 222:307 or resid 361:558)A222 - 307
5X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resid 222:307 or resid 361:558)A361 - 558
6X-RAY DIFFRACTION4chain A and resid 308:360A308 - 360

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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