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- PDB-3ob4: MBP-fusion protein of the major peanut allergen Ara h 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ob4
タイトルMBP-fusion protein of the major peanut allergen Ara h 2
要素Maltose ABC transporter periplasmic protein,Arah 2
キーワードALLERGEN / Alpha-Amylase Inhibitors (AAI) / Lipid Transfer (LT) and Seed Storage (SS) Protein family / seed storage protein / fusion protein / chimera protein
機能・相同性
機能・相同性情報


nutrient reservoir activity / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex ...nutrient reservoir activity / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / DNA damage response / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Napin/ 2S seed storage protein/Conglutin / Protease inhibitor/seed storage/LTP family / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltotriose / Ara h 2 allergen / Maltodextrin-binding protein / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Arachis hypogaea (トウジンマメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.706 Å
データ登録者Mueller, G.A. / Gosavi, R.A. / Moon, A.F. / London, R.E. / Pedersen, L.C.
引用ジャーナル: Allergy / 年: 2011
タイトル: Ara h 2: crystal structure and IgE binding distinguish two subpopulations of peanut allergic patients by epitope diversity.
著者: Mueller, G.A. / Gosavi, R.A. / Pomes, A. / Wunschmann, S. / Moon, A.F. / London, R.E. / Pedersen, L.C.
履歴
登録2010年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月9日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42020年2月26日Group: Database references
カテゴリ: citation / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年2月17日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entry_details / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.details ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.details / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment / _entity.pdbx_mutation / _entity.src_method / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.db_mon_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num
改定 2.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 999FUSION PROTEIN OF MALTOSE-BINDING PERIPLASMIC PROTEIN AND ARAH2 WITH LINKER REGION NAAA. THE ...FUSION PROTEIN OF MALTOSE-BINDING PERIPLASMIC PROTEIN AND ARAH2 WITH LINKER REGION NAAA. THE NUMBERING OF ARAH2 CORRESPONDS TO STANDARD RESIDUE NUMBERING + 1000. The sequence number for arah2 is as published in: STANLEY ET AL. IDENTIFICATION AND MUTATIONAL ANALYSIS OF THE IMMUNODOMINANT IGE BINDING EPITOPES OF THE MAJOR PEANUT ALLERGEN ARA H 2. ARCH BIOCHEM BIOPHYS. 1997 Jun 15;342(2):244-53.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose ABC transporter periplasmic protein,Arah 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,62810
ポリマ－55,6581
非ポリマー9709
水1,24369
1
A: Maltose ABC transporter periplasmic protein,Arah 2
ヘテロ分子

A: Maltose ABC transporter periplasmic protein,Arah 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,25720
ポリマ－111,3172
非ポリマー1,94018
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area6340 Å2
ΔGint-164 kcal/mol
Surface area39970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.847, 87.381, 113.137
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.93, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Maltose ABC transporter periplasmic protein,Arah 2


分子量: 55658.418 Da / 分子数: 1 / 断片: MBP, UNP residues 27-392,arah2, UNP residues 28-158 / 変異: D82A,K83A,E172A,N173A,K239A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: chimera protein is made with surface mutations on the MBP as well as a fixed arm linker to the arah2 protein,chimera protein is made with surface mutations on the MBP as well as a fixed arm ...詳細: chimera protein is made with surface mutations on the MBP as well as a fixed arm linker to the arah2 protein,chimera protein is made with surface mutations on the MBP as well as a fixed arm linker to the arah2 protein
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Arachis hypogaea (トウジンマメ)
遺伝子: HMPREF9530_03068, Ara h 2 / プラスミド: pMALX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): OrgamiB(DE3)
参照: UniProt: D8A942, UniProt: A0A445BYI5, UniProt: P0AEX9*PLUS
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltotriose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細FUSION PROTEIN OF MALTOSE-BINDING PERIPLASMIC PROTEIN AND ARAH2 WITH LINKER REGION NAAA. THE ...FUSION PROTEIN OF MALTOSE-BINDING PERIPLASMIC PROTEIN AND ARAH2 WITH LINKER REGION NAAA. THE NUMBERING OF ARAH2 CORRESPONDS TO STANDARD RESIDUE NUMBERING + 1000. The sequence number for arah2 is as published in: STANLEY ET AL. IDENTIFICATION AND MUTATIONAL ANALYSIS OF THE IMMUNODOMINANT IGE BINDING EPITOPES OF THE MAJOR PEANUT ALLERGEN ARA H 2. ARCH BIOCHEM BIOPHYS. 1997 Jun 15;342(2):244-53.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.55 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M sodium citrate 1.8M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARCCD300 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月18日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock monochromator high-resolution double-crystal Si(220) sagittal focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 16353 / Num. obs: 16353 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 448 / Rsym value: 0.321 / % possible all: 49.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.4_6)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DMO

2dmo


解像度: 2.706→44.567 Å / SU ML: 1.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.91 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2556 833 5.1 %Random
Rwork0.1832 ---
all0.1869 16353 --
obs0.1868 16333 91.33 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 29.583 Å2 / ksol: 0.315 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.2386 Å20 Å22.7833 Å2
2--9.4009 Å20 Å2
3----6.1624 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.706→44.567 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3637 0 54 69 3760
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053771
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8395118
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6511424
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057560
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004673
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7056-2.87510.3495910.2471701X-RAY DIFFRACTION60
2.8751-3.0970.35961460.24452494X-RAY DIFFRACTION89
3.097-3.40860.29641500.21052772X-RAY DIFFRACTION99
3.4086-3.90150.26861340.17112836X-RAY DIFFRACTION100
3.9015-4.91450.19241550.13582834X-RAY DIFFRACTION100
4.9145-44.5730.21011570.16312863X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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