PDB-3o6c: Pyridoxal phosphate biosynthetic protein PdxJ from Campylobacter ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3o6c

タイトル

Pyridoxal phosphate biosynthetic protein PdxJ from Campylobacter jejuni

要素

Pyridoxine 5'-phosphate synthase

キーワード

TRANSFERASE / structural genomics / IDP90671 / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / pyridoxine synthesis / Vitamin B6 / pyridoxal phosphate / PdxJ

機能・相同性

機能・相同性情報

pyridoxine 5'-phosphate synthase / pyridoxine 5'-phosphate synthase activity / pyridoxine biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.87 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Zhou, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Pyridoxal phosphate biosynthetic protein PdxJ from Campylobacter jejuni.
著者: Osipiuk, J. / Zhou, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2010年7月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3o6c.cif.gz	121.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3o6c.ent.gz	100.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3o6c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3o6c_validation.pdf.gz	432 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3o6c_full_validation.pdf.gz	434.7 KB	表示
XML形式データ	3o6c_validation.xml.gz	15.2 KB	表示
CIF形式データ	3o6c_validation.cif.gz	23.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/3o6c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/3o6c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3o6d
類似構造データ	3o6d-1 1nul-1 4e0b-2 3i0e-1 5zi4-d 3owg-2 4i1i-d 4k7g-d 1mld-2 5wdi-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP90671

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pyridoxine 5'-phosphate synthase

ヘテロ分子

29.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyridoxine 5'-phosphate synthase

ヘテロ分子

A: Pyridoxine 5'-phosphate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.976, 90.976, 155.798
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

#1: タンパク質	Pyridoxine 5'-phosphate synthase / PNP synthase 分子量: 29468.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター) 株: NCTC 11168 / 遺伝子: Cj1238, pdxJ / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9PN59, pyridoxine 5'-phosphate synthase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.02 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.056 M sodium phosphate, 1.344 di-potassium phosphate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月13日

放射

モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.87→49.6 Å / Num. all: 27387 / Num. obs: 27387 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 18.1 % / B_iso Wilson estimate: 30.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.101 / Χ²: 1.886 / Net I/σ(I): 10

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.87-1.9	18.3	0.851	6.1	1346	1.718	100
1.9-1.94	18.4	0.562		1337	1.394	100
1.94-1.97	18.4	0.506		1360	1.382	100
1.97-2.01	18.4	0.395		1337	1.319	100
2.01-2.06	18.4	0.361		1347	1.433	100
2.06-2.11	18.3	0.331		1349	1.876	100
2.11-2.16	18.6	0.264		1338	1.337	100
2.16-2.22	18.5	0.227		1364	1.377	100
2.22-2.28	18.6	0.201		1351	1.436	100
2.28-2.36	18.5	0.175		1351	1.436	100
2.36-2.44	18.5	0.154		1362	1.458	100
2.44-2.54	18.5	0.138		1353	1.6	100
2.54-2.65	18.5	0.121		1358	1.611	100
2.65-2.79	18.4	0.109		1366	1.827	100
2.79-2.97	18.3	0.103		1379	2.183	100
2.97-3.2	18	0.09		1370	2.738	100
3.2-3.52	17.7	0.075		1387	2.961	100
3.52-4.03	17.3	0.058		1403	2.855	100
4.03-5.07	17.1	0.049		1425	2.826	100
5.07-50	16.1	0.052		1504	3.079	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.87→49.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 4.688 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1744	1368	5 %	RANDOM
R_work	0.1438	-	-	-
all	0.1453	27296	-	-
obs	0.1453	27296	99.52 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 53.79 Å² / B_iso mean: 23.431 Å² / B_iso min: 6.57 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.74 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.74 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.87→49.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2052	0	10	299	2361

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	2252
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1556
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.562	1.98	3062
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.993	3	3870
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.772	5	300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.058	25.856	111
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.028	15	463
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.877	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	354
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2502
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	401
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.903	1.5	1366
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.29	1.5	549
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.674	2	2223
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.908	3	886
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.913	4.5	819

LS精密化シェル

解像度: 1.87→1.919 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.195	93	-
R_work	0.179	1839	-
all	-	1932	-
obs	-	1932	97.67 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 17.9073 Å / Origin y: 41.116 Å / Origin z: 17.3929 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0052 Å²	0.0017 Å²	0.0027 Å²	-	0.0347 Å²	0.0064 Å²	-	-	0.0125 Å²
L	0.3612 °²	0.0353 °²	-0.2591 °²	-	0.4013 °²	-0.0368 °²	-	-	0.6274 °²
S	0.0023 Å °	-0.0484 Å °	0.0024 Å °	0.0461 Å °	-0.0046 Å °	0.0209 Å °	-0.004 Å °	0.0187 Å °	0.0023 Å °

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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