PDB-4e0b: 2.17 Angstrom resolution crystal structure of malate dehydrogenas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4e0b

タイトル

2.17 Angstrom resolution crystal structure of malate dehydrogenase from Vibrio vulnificus CMCP6

要素

Malate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / malate dehydrogenase / Type III Secretion System / virulence / pathogenesis / toxin / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

malate dehydrogenase / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / malate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio vulnificus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.17 Å

データ登録者

Halavaty, A.S. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: 2.17 Angstrom resolution crystal structure of malate dehydrogenase from Vibrio vulnificus CMCP6
著者: Halavaty, A.S. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2012年3月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4e0b.cif.gz	477.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4e0b.ent.gz	398.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4e0b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/4e0b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/4e0b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hhpS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ka0-1 1smk-2 5rg4-d 6itl-1 2dfd-2 6tu6-5 1mld-2 6sry-d 6bal-2 1sev-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP91419

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (10) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (6) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Malate dehydrogenase

B: Malate dehydrogenase

C: Malate dehydrogenase

D: Malate dehydrogenase

ヘテロ分子

131 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Malate dehydrogenase

B: Malate dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
65.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Malate dehydrogenase

D: Malate dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
65.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.040, 80.760, 99.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.42, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

Chains A and B - asymmetric unit dimer Identical dimer can be generated by symmetry operation [-X,Y+1/2,-Z+(001)] for chain C and [-X,Y+1/2,-Z+(011)] for chain D

#1: タンパク質	Malate dehydrogenase 分子量: 32657.684 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 株: CMCP6 / 遺伝子: mdh, VV1_0673 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q8DEC2, malate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 709 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.31 %
結晶化	温度: 295 K / pH: 7 詳細: Protein: 3.3 mg/mL. Crystallization conditions: 30%PEG 8K, 0.2M Na Acetate , 0.1M Bis-Tris pH 7.0. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月12日 / 詳細: BE-LENSES
放射	モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.17→30 Å / Num. obs: 62995 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 13.87
反射シェル	解像度: 2.17→2.21 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.679 / Mean I/σ(I) obs: 2.19 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
mrbump/molrep		モデル構築
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MRBUMP/MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3HHP

3hhp

解像度: 2.17→29.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 11.381 / SU ML: 0.131 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.25 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.207	3147	5 %	RANDOM
R_work	0.163	-	-	-
obs	0.165	59311	99.8 %	-
all	-	59311	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.21 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.34 Å²	0 Å²	-0.74 Å²
2-	-	-0.64 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.17→29.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8875	0	16	709	9600

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	9191
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5977
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.27	1.987	12505
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.796	3	14806
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	1.645	5	1250
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.108	25.731	342
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	7.607	15	1514
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.748	15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	1499
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	10461
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	1642
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.487	1.5	6138
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.109	1.5	2554
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.91	2	9829
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.629	3	3053
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.719	4.5	2676
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.17→2.23 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266	259	-
R_work	0.212	4319	-
obs	-	-	99.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4592	1.0073	1.1578	2.704	1.112	1.6062	-0.034	0.1291	-0.0025	-0.2505	0.0548	0.0586	-0.1111	0.0934	-0.0208	0.0845	-0.015	0.025	0.0959	0.013	0.026	13.7244	50.3459	-13.7948
2	1.0186	0.3055	0.184	1.0458	0.2516	1.4755	0.068	-0.047	-0.1537	0.0776	0.0117	-0.0883	0.1448	0.0362	-0.0798	0.0656	0.0031	-0.016	0.0304	0.0163	0.0643	7.9645	34.1326	-0.6706
3	1.9943	-0.0506	0.4187	2.7225	0.3522	1.4322	-0.0375	-0.1	0.0703	-0	0.0491	-0.0192	-0.002	0.0419	-0.0116	0.0011	0.0017	-0.0001	0.0772	0.0159	0.0153	16.1806	60.5151	11.4613
4	1.8506	0.3293	-0.2996	1.1489	0.0594	1.6821	-0.0344	0.0276	0.1222	-0.0806	0.0445	-0.1157	-0.1415	0.3088	-0.0101	0.0357	-0.063	0.0033	0.1538	0.007	0.0825	32.0238	71.1132	4.4196
5	1.9821	1.6753	-0.4192	3.5138	-0.5581	1.4418	-0.119	0.2281	0.0031	-0.424	0.2169	-0.0397	0.2182	0.0003	-0.0979	0.1789	-0.067	-0.029	0.0789	0.0003	0.0248	-26.3901	40.4693	29.9518
6	1.1174	0.5579	-0.3086	1.3277	-0.2958	1.5122	0.0206	0.0411	0.2179	-0.0037	0.1018	0.1871	-0.0831	-0.0814	-0.1225	0.0846	-0.004	0.009	0.0134	0.015	0.0943	-24.0393	56.8565	44.0874
7	1.7582	-0.7921	-0.0451	2.5215	0.4611	0.8503	-0.0136	0.0487	-0.0349	-0.062	0.0587	-0.1342	0.0231	0.0265	-0.045	0.0455	-0.0054	0.0257	0.0251	-0.0106	0.0301	-35.891	27.908	54.815
8	1.6799	-0.62	0.3384	1.9929	-0.105	1.766	-0.1625	-0.2171	0.0276	0.346	0.153	-0.4091	0.0865	0.2129	0.0096	0.1379	0.0865	-0.0667	0.1228	-0.0454	0.1785	-49.792	20.133	40.855

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 115
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	116 - 309
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	0 - 91
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	92 - 309
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	0 - 117
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	118 - 309
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	0 - 115
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	116 - 309

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関連情報:EMDBヘッダ

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