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- PDB-3o5n: Tetrahydroquinoline carboxylates are potent inhibitors of the Sha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o5n
タイトルTetrahydroquinoline carboxylates are potent inhibitors of the Shank PDZ domain, a putative target in autism disorders
要素SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3
キーワードPROTEIN BINDING / PDZ domain / Protein-protein interaction / GKAP / postsynaptic density
機能・相同性
機能・相同性情報


response to interleukin-17 / regulation of AMPA glutamate receptor clustering / Neurexins and neuroligins / guanylate kinase-associated protein clustering / positive regulation of synapse structural plasticity / striatal medium spiny neuron differentiation / synaptic receptor adaptor activity / postsynaptic density assembly / embryonic epithelial tube formation / regulation of grooming behavior ...response to interleukin-17 / regulation of AMPA glutamate receptor clustering / Neurexins and neuroligins / guanylate kinase-associated protein clustering / positive regulation of synapse structural plasticity / striatal medium spiny neuron differentiation / synaptic receptor adaptor activity / postsynaptic density assembly / embryonic epithelial tube formation / regulation of grooming behavior / structural constituent of postsynaptic density / negative regulation of actin filament bundle assembly / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / NMDA glutamate receptor clustering / negative regulation of cell volume / RET signaling / vocalization behavior / neuron spine / AMPA glutamate receptor clustering / positive regulation of glutamate receptor signaling pathway / regulation of dendritic spine morphogenesis / regulation of behavioral fear response / dendritic spine morphogenesis / brain morphogenesis / locomotion / regulation of long-term synaptic potentiation / long-term synaptic depression / neural precursor cell proliferation / ciliary membrane / neuromuscular process controlling balance / positive regulation of dendritic spine development / exploration behavior / locomotory exploration behavior / associative learning / excitatory synapse / social behavior / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / glial cell proliferation / synapse assembly / regulation of long-term synaptic depression / ionotropic glutamate receptor binding / positive regulation of long-term synaptic potentiation / learning / locomotory behavior / modulation of chemical synaptic transmission / regulation of synaptic plasticity / SH3 domain binding / memory / long-term synaptic potentiation / MAPK cascade / actin binding / scaffold protein binding / gene expression / dendritic spine / learning or memory / neuron projection / postsynaptic density / glutamatergic synapse / zinc ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / PDZ domain 6 / PDZ domain / Variant SH3 domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / PDZ domain / Pdz3 Domain / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain ...: / PDZ domain 6 / PDZ domain / Variant SH3 domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / PDZ domain / Pdz3 Domain / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BR0 / SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Saupe, J. / Roske, Y. / Schillinger, C. / Kamdem, N. / Radetzki, S. / Diehl, A. / Oschkinat, H. / Krause, G. / Heinemann, U. / Rademann, J.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2011
タイトル: Discovery, structure-activity relationship studies, and crystal structure of nonpeptide inhibitors bound to the shank3 PDZ domain.
著者: Saupe, J. / Roske, Y. / Schillinger, C. / Kamdem, N. / Radetzki, S. / Diehl, A. / Oschkinat, H. / Krause, G. / Heinemann, U. / Rademann, J.
履歴
登録2010年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月10日Group: Database references
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3
B: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3
C: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3
D: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3
E: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3
F: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3
G: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3
H: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,9529
ポリマ－97,6478
非ポリマー3041
水5,224290
1
H: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2061
ポリマ－12,2061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2061
ポリマ－12,2061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2061
ポリマ－12,2061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
C: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2061
ポリマ－12,2061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
D: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2061
ポリマ－12,2061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
E: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5102
ポリマ－12,2061
非ポリマー3041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
F: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2061
ポリマ－12,2061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
G: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2061
ポリマ－12,2061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
E: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3
ヘテロ分子

H: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7163
ポリマ－24,4122
非ポリマー3041
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_747-x+2,y-1/2,-z+21
単位格子
Length a, b, c (Å)55.954, 64.063, 101.924
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -x+2, y-1/2, -z+2.

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要素

#1: タンパク質
SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3 / Shank3 / Proline-rich synapse-associated protein 2 / ProSAP2 / SPANK-2


分子量: 12205.927 Da / 分子数: 8 / 断片: PDZ domain, residues 637-744 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Shank3, Kiaa1650 / プラスミド: pLIC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: Q4ACU6
#2: 化合物 ChemComp-BR0 / (3aS,4R,9bR)-9-nitro-3a,4,5,9b-tetrahydro-3H-cyclopenta[c]quinoline-4,6-dicarboxylic acid


分子量: 304.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H12N2O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: PEG4000, 2-Propanol, Sodium acetate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1.072 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月25日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.514
11h,-k,-l20.486
反射解像度: 1.83→33.97 Å / Num. all: 56826 / Num. obs: 119285 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(F): 2.4 / Observed criterion σ(I): 2.4 / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.026
反射 シェル解像度: 1.83→1.88 Å / Rmerge(I) obs: 0.311 / Mean I/σ(I) obs: 2.36 / % possible all: 72.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MD2データ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.83→33.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 3.718 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 2852 5 %RANDOM
Rwork0.233 ---
all0.23562 56826 --
obs0.23562 119285 88.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.694 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--21.29 Å20 Å2-2.1 Å2
2--29.47 Å20 Å2
3----8.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→33.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6001 0 22 290 6313
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0226160
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6921.9578331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.135766
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.9823.227282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.298151051
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9551556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2960
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214611
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6981.53807
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.15326146
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.76432353
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4464.52180

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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