PDB-3ny2: Structure of the ubr-box of UBR2 ubiquitin ligase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ny2

タイトル

Structure of the ubr-box of UBR2 ubiquitin ligase

要素

E3 ubiquitin-protein ligase UBR2

キーワード

LIGASE / zinc finger-like / ubiquitin ligase

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H2A ubiquitin ligase activity / L-leucine binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the N-end rule pathway / male meiotic nuclear division / transposable element silencing / cellular response to L-leucine / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / negative regulation of TOR signaling / reciprocal meiotic recombination / male meiosis I ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.61 Å

データ登録者

Matta-Camacho, E. / Kozlov, G. / Li, F. / Gehring, K.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural basis of substrate recognition and specificity in the N-end rule pathway.
著者: Matta-Camacho, E. / Kozlov, G. / Li, F.F. / Gehring, K.

履歴

登録	2010年7月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ny2.cif.gz	119.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ny2.ent.gz	93.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ny2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/3ny2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/3ny2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ny1C 3ny3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mbr-d 2e4i-d 5tdd-d 5um3-d 4cc3-1 3ny3-d 5tdb-d 3ny1-2 3eg1-3 6v2d-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1)

登録構造単位

A: E3 ubiquitin-protein ligase UBR2

B: E3 ubiquitin-protein ligase UBR2

C: E3 ubiquitin-protein ligase UBR2

D: E3 ubiquitin-protein ligase UBR2

E: E3 ubiquitin-protein ligase UBR2

F: E3 ubiquitin-protein ligase UBR2

G: E3 ubiquitin-protein ligase UBR2

H: E3 ubiquitin-protein ligase UBR2

ヘテロ分子

67.5 kDa, 8 ポリマー
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1

A: E3 ubiquitin-protein ligase UBR2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
8.43 kDa, 1 ポリマー
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2

B: E3 ubiquitin-protein ligase UBR2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
8.43 kDa, 1 ポリマー
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3

C: E3 ubiquitin-protein ligase UBR2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
8.43 kDa, 1 ポリマー
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4

D: E3 ubiquitin-protein ligase UBR2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
8.43 kDa, 1 ポリマー
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5

E: E3 ubiquitin-protein ligase UBR2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
8.43 kDa, 1 ポリマー
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6

F: E3 ubiquitin-protein ligase UBR2

ヘテロ分子

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8.43 kDa, 1 ポリマー
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7

G: E3 ubiquitin-protein ligase UBR2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
8.43 kDa, 1 ポリマー
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8

H: E3 ubiquitin-protein ligase UBR2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
8.43 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	29.390, 61.456, 72.806
Angle α, β, γ (deg.)	65.05, 89.98, 90.01
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: CYS / Beg label comp-ID: CYS / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 99 - 166 / Label seq-ID: 7 - 74

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F
7	G	G
8	H	H

#1: タンパク質	E3 ubiquitin-protein ligase UBR2 / N-recognin-2 / Ubiquitin-protein ligase E3-alpha-2 / Ubiquitin-protein ligase E3-alpha-II 分子量: 8237.357 Da / 分子数: 8 / 断片: ubr-box / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBR2, C6orf133, KIAA0349 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q8IWV8, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物	... ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.02 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.96M sodium citrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9779 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月4日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9779 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 13189 / Num. obs: 12503 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / % possible all: 79.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.61→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.886 / SU B: 15.629 / SU ML: 0.339 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R Free: 0.461 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28808	652	5 %	RANDOM
R_work	0.22974	-	-	-
all	0.24	13189	-	-
obs	0.23265	12503	94.36 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.62 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.26 Å²	0.7 Å²	-0.06 Å²
2-	-	5.11 Å²	1.4 Å²
3-	-	-	-2.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.61→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4297	0	24	36	4357

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.021	4401
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.094	1.941	5934
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.475	5	567
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.287	22.169	189
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.754	15	664
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.795	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	601
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3450
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	1774
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.295	0.2	2947
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	154
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.083	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.238	0.2	190
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.2	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.338	1.5	2895
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.605	2	4466
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.768	3	1736
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.292	4.5	1468

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	240	tight positional	0.02	0.05
2	B	240	tight positional	0.02	0.05
3	C	240	tight positional	0.02	0.05
4	D	240	tight positional	0.02	0.05
5	E	240	tight positional	0.02	0.05
6	F	240	tight positional	0.02	0.05
7	G	240	tight positional	0.02	0.05
8	H	240	tight positional	0.02	0.05
1	A	205	loose positional	0.4	5
2	B	205	loose positional	0.37	5
3	C	205	loose positional	0.42	5
4	D	205	loose positional	0.55	5
5	E	205	loose positional	0.41	5
6	F	205	loose positional	0.39	5
7	G	205	loose positional	0.33	5
8	H	205	loose positional	0.41	5
1	A	240	tight thermal	0.04	0.5
2	B	240	tight thermal	0.04	0.5
3	C	240	tight thermal	0.03	0.5
4	D	240	tight thermal	0.04	0.5
5	E	240	tight thermal	0.04	0.5
6	F	240	tight thermal	0.03	0.5
7	G	240	tight thermal	0.03	0.5
8	H	240	tight thermal	0.03	0.5
1	A	205	loose thermal	0.68	10
2	B	205	loose thermal	0.8	10
3	C	205	loose thermal	0.69	10
4	D	205	loose thermal	0.63	10
5	E	205	loose thermal	0.58	10
6	F	205	loose thermal	0.67	10
7	G	205	loose thermal	0.59	10
8	H	205	loose thermal	0.63	10

LS精密化シェル

解像度: 2.615→2.683 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.303	39	-
R_work	0.23	688	-
obs	-	-	72.19 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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