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- PDB-3nxj: Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase D99N from Pseudomonas ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nxj
タイトルCrystal Structure of Ketosteroid Isomerase D99N from Pseudomonas Testosteroni (tKSI)
要素Steroid Delta-isomerase
キーワードISOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


steroid Delta-isomerase / steroid Delta-isomerase activity / steroid metabolic process
類似検索 - 分子機能
Steroid delta5-4-isomerase / Ketosteroid isomerase / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Steroid Delta-isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Comamonas testosteroni (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.966 Å
データ登録者Gonzalez, A. / Tsai, Y. / Schwans, J. / Sunden, F. / Herschlag, D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase D99N from Pseudomonas Testosteroni (tKSI)
著者: Schwans, J. / Sunden, F. / Gonzalez, A. / Tsai, Y. / Herschlag, D.
履歴
登録2010年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Steroid Delta-isomerase
B: Steroid Delta-isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3037
ポリマ－26,8222
非ポリマー4805
水5,152286
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2670 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area12720 Å2
手法PISA
2
A: Steroid Delta-isomerase
B: Steroid Delta-isomerase
ヘテロ分子

A: Steroid Delta-isomerase
B: Steroid Delta-isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,60514
ポリマ－53,6444
非ポリマー96110
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area7370 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area23410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.357, 104.786, 141.435
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-339-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 125 / Label seq-ID: 1 - 125

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Steroid Delta-isomerase / Delta(5)-3-ketosteroid isomerase


分子量: 13411.117 Da / 分子数: 2 / 変異: D99N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Comamonas testosteroni (バクテリア)
株: ATC 11996 / 遺伝子: ksi / プラスミド: pKK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P00947, steroid Delta-isomerase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 100 mM Tris-HCl, 1 mM EDTA, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL9-210.97946
シンクロトロンSSRL BL9-120.97946
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 325 mm CCD1CCD2010年3月24日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2010年5月10日
放射
IDモノクロメータープロトコル散乱光タイプWavelength-ID
1Si double crystalSINGLE WAVELENGTHx-ray1
2Si single crystalSINGLE WAVELENGTHx-ray1
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
111.000H, 1.000K, L10.341
110.500H+0.500K, 1.500H-0.500K, -L20.318
11-0.500H+0.500K, 1.500H+0.500K, -L30.341
反射解像度: 1.966→29.309 Å / Num. all: 32154 / Num. obs: 32154 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 34.805 Å2 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.966-2.073.30.6131.21476545360.61397.1
2.07-2.24.20.4941.51861943990.49499.9
2.2-2.354.10.4561.61690941460.45699.8
2.35-2.544.20.24131642438790.24199.9
2.54-2.784.20.1594.61509535710.159100
2.78-3.114.20.098.31369232420.0999.9
3.11-3.594.20.05413.91208228930.05499.9
3.59-4.440.04217.3982124580.04299.7
4.4-6.2240.02922.2771719240.02999.8
6.22-29.3093.90.02524.3427411060.02598.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.14 Å29.31 Å
Translation2.14 Å29.31 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
Web-Iceデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 8CHO

8cho


解像度: 1.966→29.309 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.883 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.831 / WRfactor Rfree: 0.2875 / WRfactor Rwork: 0.2427 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.6977 / SU B: 9.575 / SU ML: 0.125 / SU R Cruickshank DPI: 0.0356 / SU Rfree: 0.0371 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.037 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3143 1565 5.1 %RANDOM
Rwork0.2521 ---
all0.2551 30919 --
obs0.2551 30919 95.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 327.65 Å2 / Biso mean: 27.8626 Å2 / Biso min: 3.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.25 Å20 Å20 Å2
2--8.82 Å20 Å2
3----19.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.966→29.309 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1890 0 25 286 2201
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0221960
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021264
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6071.9562667
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.83533070
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.6295250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.04823.84691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.21515294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8771514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2299
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212230
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02412
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.271.51248
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.071.5508
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.46521993
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8043712
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1564.5674
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1559 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.490.5
MEDIUM THERMAL0.312
LS精密化 シェル解像度: 1.966→2.015 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 106 -
Rwork0.232 2095 -
all-2201 -
obs--91.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.032-0.0050.00440.0461-0.00110.0475-0.0017-0.0003-0.00220.0075-0.00050.00640.0004-0.00650.00230.0081-0.0054-0.00680.038-0.00070.010416.67434.27334.294
20.0426-0.0182-0.00210.04280.0134-0.012-0.00320.0109-0.02040.0063-0.00190.0087-0.0026-0.00360.0050.0157-0.0010.00290.0391-0.00490.01537.71228.86212.856
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 125
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 125

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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