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万見
- PDB-3vrk: Crystal Structutre of Thiobacillus thioparus THI115 Carbonyl Sulf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vrk
タイトルCrystal Structutre of Thiobacillus thioparus THI115 Carbonyl Sulfide Hydrolase / Thiocyanate complex
要素Carbonyl sulfide hydrolase
キーワードHYDROLASE / ALPHA/BETA-FOLD / homotetramer
機能・相同性
機能・相同性情報


carbonyl sulfide hydrolase / carbonate dehydratase activity / hydrolase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-carbonic Anhydrase; Chain A / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase superfamily / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / Carbonyl sulfide hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Thiobacillus thioparus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.33 Å
データ登録者Katayama, Y. / Noguchi, K. / Ogawa, T. / Ohtaki, A. / Odaka, M. / Yohda, M.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: Carbonyl Sulfide Hydrolase from Thiobacillus thioparus Strain THI115 Is One of the beta-Carbonic Anhydrase Family Enzymes
著者: Ogawa, T. / Noguchi, K. / Saito, M. / Nagahata, Y. / Kato, H. / Ohtaki, A. / Nakayama, H. / Dohmae, N. / Matsushita, Y. / Odaka, M. / Yohda, M. / Nyunoya, H. / Katayama, Y.
履歴
登録2012年4月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月3日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonyl sulfide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5294
ポリマ－23,3821
非ポリマー1463
水2,792155
1
A: Carbonyl sulfide hydrolase
ヘテロ分子

A: Carbonyl sulfide hydrolase
ヘテロ分子

A: Carbonyl sulfide hydrolase
ヘテロ分子

A: Carbonyl sulfide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,11616
ポリマ－93,5304
非ポリマー58612
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation15_544y+1/2,x-1/2,-z-1/21
crystal symmetry operation16_444-y-1/2,-x-1/2,-z-1/21
Buried area18980 Å2
ΔGint-296 kcal/mol
Surface area25960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.307, 90.307, 105.133
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

NA

21A-534-

HOH

31A-573-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Carbonyl sulfide hydrolase


分子量: 23382.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thiobacillus thioparus (バクテリア)
株: THI115 / 遺伝子: cos / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: H1AAP2
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.33 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.2M AMMONIUM SULFATE, 200MM SODIIUM CHLORIDE, 30% GLYCEROL 200MM TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月7日
放射モノクロメーター: Triangular Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.33→50 Å / Num. all: 49976 / Num. obs: 49976 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.1 % / Biso Wilson estimate: 10 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 60.6
反射 シェル解像度: 1.33→1.38 Å / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.334 / Mean I/σ(I) obs: 10.9 / Num. unique all: 4902 / Rsym value: 0.334 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
SERGUIデータ収集
MOLREP位相決定
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VQJ

3vqj


解像度: 1.33→10 Å / Num. parameters: 15051 / Num. restraintsaints: 18741 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2043 2493 5.3 %RANDOM
Rwork0.1558 ---
obs0.1558 47313 95 %-
all-47313 --
Refine analyzeNum. disordered residues: 5 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1741
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.33→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1583 0 5 155 1743
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.028
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0306
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.061
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.07
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.028
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.047

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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