PDB-3nu1: Structure of holo form of a periplasmic heme binding protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nu1

タイトル

Structure of holo form of a periplasmic heme binding protein

要素

Hemin-binding periplasmic protein

キーワード

METAL TRANSPORT / TRANSPORT PROTEIN / ALPHA BETA PROTEIN / RIGID HELICAL BACKBONE / SUBSTRATE-BOUND / IRON TRANSPORT / HEME TRANSPORT

機能・相同性

機能・相同性情報

periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Mattle, D. / Goetz, B.A. / Woo, J.S. / Locher, K.P.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Two stacked heme molecules in the binding pocket of the periplasmic heme-binding protein HmuT from Yersinia pestis.
著者: Mattle, D. / Zeltina, A. / Woo, J.S. / Goetz, B.A. / Locher, K.P.

履歴

登録	2010年7月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年10月9日	Group: Database references
改定 1.3	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nu1.cif.gz	214.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nu1.ent.gz	173.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nu1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3nu1_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3nu1_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	3nu1_validation.xml.gz	22.2 KB	表示
CIF形式データ	3nu1_validation.cif.gz	29 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/3nu1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/3nu1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3md9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1esz-d 4uuz-d 3ppr-2 4fil-4 1n2z-1 2g9b-d 6eyq-1 1n4d-2 3ppp-2 2zo4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hemin-binding periplasmic protein

B: Hemin-binding periplasmic protein

ヘテロ分子

56.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hemin-binding periplasmic protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Hemin-binding periplasmic protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.240, 89.240, 288.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	Hemin-binding periplasmic protein 分子量: 26835.979 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: Antiqua / 遺伝子: HMUT, Y0541, YPA_4001, YPO0281, YP_0436 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1C0R0, UniProt: A0A0E1NWS3*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.24 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 13% (w/v) PEG 4000, 200mM Mg-acetate, 100mM Na-cacodylate, pH 6.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 283K

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 0.9788, 0.9184, 0.9796, 0.9794

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年5月12日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9788	1
2	0.9184	1
3	0.9796	1
4	0.9794	1

反射

解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 31308 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 71.846 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 38.49

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.3-2.36		0.565	1.548	3.1	85237	2274	2203	1.567	96.9
2.36-2.42		0.384	1.141	4.3	88906	2187	2186	1.155	100
2.42-2.49		0.283	0.853	5.8	87579	2170	2170	0.863	100
2.49-2.57		0.195	0.599	8.2	82879	2066	2066	0.606	100
2.57-2.65		0.136	0.409	11.7	79901	2039	2039	0.414	100
2.65-2.75		0.122	0.327	14.1	72764	1959	1959	0.332	100
2.75-2.85		0.089	0.251	18.1	73327	1909	1908	0.254	99.9
2.85-2.97		0.059	0.172	25.6	73326	1853	1853	0.174	100
2.97-3.1		0.036	0.119	36.2	71582	1752	1752	0.12	100
3.1-3.25		0.028	0.091	45.6	68595	1700	1700	0.092	100
3.25-3.43		0.019	0.071	56.5	64938	1629	1629	0.071	100
3.43-3.63		0.015	0.059	66.9	58730	1518	1518	0.06	100
3.63-3.88		0.013	0.054	72.2	52991	1474	1474	0.054	100
3.88-4.2		0.012	0.049	78.2	47523	1355	1355	0.05	100
4.2-4.6		0.01	0.046	84.9	46785	1265	1265	0.046	100
4.6-5.14		0.009	0.045	89	43979	1154	1154	0.045	100
5.14-5.93		0.009	0.045	86.9	38596	1040	1039	0.045	99.9
5.93-7.27		0.009	0.044	85.7	30266	889	888	0.045	99.9
7.27-10.28		0.008	0.037	88.4	24335	729	729	0.038	100
	10.28	0.007	0.036	90.2	13766	447	421	0.037	94.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		data processing
PHENIX	1.6.1_357	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.5→29.645 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8099 / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 24.64 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2382	1568	6.39 %	Random
R_work	0.1956	-	-	-
obs	0.1983	24543	99.98 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 59.68 Å² / k_sol: 0.342 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 312.62 Å² / B_iso mean: 81.4639 Å² / B_iso min: 32.09 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.5355 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.5355 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.0711 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.645 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3748	0	172	44	3964

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3998
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.998	5482
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	624
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	694
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.254	1456

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.5-2.5893	0.2947	152	0.2476	2227	2379
2.5893-2.6929	0.2948	152	0.2281	2234	2386
2.6929-2.8154	0.3222	153	0.2507	2243	2396
2.8154-2.9637	0.3259	154	0.2579	2261	2415
2.9637-3.1492	0.3017	154	0.2402	2254	2408
3.1492-3.392	0.24	155	0.2231	2263	2418
3.392-3.7328	0.2375	157	0.199	2304	2461
3.7328-4.2716	0.2331	158	0.18	2305	2463
4.2716-5.3765	0.2145	161	0.159	2354	2515
5.3765-29.6467	0.1902	172	0.1632	2530	2702

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7519	0.8956	0.0029	2.5564	0.6849	1.7551	0.0438	0.5158	0.0404	-0.2622	0.211	0.2545	-0.2005	-0.1281	-0.1911	0.2701	-0.0514	0.0576	0.5681	-0.1044	0.4219	-2.9316	56.8012	5.8291
2	2.7739	-0.2138	0.6327	0.9181	-0.2503	1.8207	0.4329	0.5838	-0.8176	-0.062	0.1133	-0.2397	0.0486	1.037	-0.5325	0.1306	0.0346	-0.0938	0.7764	-0.5896	0.7659	1.4451	19.819	-17.7649
3	1.7991	-3.4468	0.4719	7.1383	0.9179	6.3318	0.661	-0.0148	0.3693	-0.4103	-0.0278	-1.7111	0.6701	1.1091	-0.7749	0.4268	0.0517	0.1319	0.5344	-0.3245	0.6823	5.7789	51.0599	10.3259
4	6.4734	-7.0875	1.1025	8.109	-1.8122	1.3413	0.78	0.4731	-2.8428	-0.065	0.3481	1.3635	0.341	0.0288	-0.9793	0.4517	0.1704	-0.1732	1.0212	-0.2565	0.9654	-7.2298	14.8106	-13.1987

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 26:279)	A	26 - 279
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resid 26:279)	B	26 - 279
3	X-RAY DIFFRACTION	3		A	1 - 2
4	X-RAY DIFFRACTION	4		B	1 - 2

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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