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- PDB-3md9: Structure of apo form of a periplasmic heme binding protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3md9
タイトルStructure of apo form of a periplasmic heme binding protein
要素Hemin-binding periplasmic protein hmuT
キーワードTRANSPORT PROTEIN / alpha beta protein / rigid helical backbone / substrate-free / heme transport / Iron transport
機能・相同性
機能・相同性情報


iron ion transport / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
: / ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Hemin-binding periplasmic protein HmuT
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Mattle, D. / Goetz, B.A. / Locher, K.P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / : 2010
タイトル: Two stacked heme molecules in the binding pocket of the periplasmic heme-binding protein HmuT from Yersinia pestis.
著者: Mattle, D. / Zeltina, A. / Woo, J.S. / Goetz, B.A. / Locher, K.P.
履歴
登録2010年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemin-binding periplasmic protein hmuT
B: Hemin-binding periplasmic protein hmuT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,68211
ポリマ-53,9342
非ポリマー7479
9,674537
1
A: Hemin-binding periplasmic protein hmuT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2995
ポリマ-26,9671
非ポリマー3324
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Hemin-binding periplasmic protein hmuT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3836
ポリマ-26,9671
非ポリマー4165
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.710, 66.740, 62.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Hemin-binding periplasmic protein hmuT


分子量: 26967.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: hmuT, YPO0281, y0541, YP_0436 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q56991
#2: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / : Br
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 537 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.69 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 29% (w/v) PEG 5K MME, 0.1 M Magnesium acetate, 0.1 MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9191 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9191 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→29.13 Å / Num. all: 78325 / Num. obs: 78325 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 14.24
反射 シェル解像度: 1.48→1.52 Å / Rmerge(I) obs: 0.528 / Mean I/σ(I) obs: 4.31 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3MD8

3md8
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.5→29.125 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1812 5289 7.05 %Random
Rwork0.1521 ---
obs0.1541 75064 99.2 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.718 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.757 Å2-0 Å20.567 Å2
2---1.166 Å2-0 Å2
3---0.408 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.125 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3730 0 18 537 4285
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093791
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1955145
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6511412
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073622
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005668
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.5170.21772080.18092313X-RAY DIFFRACTION100
1.517-1.53490.20351860.16942271X-RAY DIFFRACTION99
1.5349-1.55360.22611870.16752306X-RAY DIFFRACTION100
1.5536-1.57330.192060.16452322X-RAY DIFFRACTION99
1.5733-1.5940.19611630.1552327X-RAY DIFFRACTION99
1.594-1.61580.18731640.15062308X-RAY DIFFRACTION99
1.6158-1.63890.18151730.15112339X-RAY DIFFRACTION99
1.6389-1.66330.17391730.14732315X-RAY DIFFRACTION99
1.6633-1.68930.19031910.14572301X-RAY DIFFRACTION99
1.6893-1.7170.18181630.15142349X-RAY DIFFRACTION99
1.717-1.74660.18151880.14142279X-RAY DIFFRACTION99
1.7466-1.77840.18221950.1432273X-RAY DIFFRACTION98
1.7784-1.81260.18321850.14792300X-RAY DIFFRACTION99
1.8126-1.84960.17661860.14342246X-RAY DIFFRACTION98
1.8496-1.88980.16811530.13962374X-RAY DIFFRACTION99
1.8898-1.93370.17261790.13332352X-RAY DIFFRACTION100
1.9337-1.98210.15831570.13852337X-RAY DIFFRACTION100
1.9821-2.03570.13521910.13772322X-RAY DIFFRACTION100
2.0357-2.09560.15461900.12772317X-RAY DIFFRACTION100
2.0956-2.16320.15271740.13552357X-RAY DIFFRACTION100
2.1632-2.24050.15841480.13352338X-RAY DIFFRACTION99
2.2405-2.33010.18451920.13842318X-RAY DIFFRACTION99
2.3301-2.43610.18811400.15132348X-RAY DIFFRACTION99
2.4361-2.56450.17981530.15372329X-RAY DIFFRACTION98
2.5645-2.72510.19251590.15732303X-RAY DIFFRACTION98
2.7251-2.93530.18061820.15652369X-RAY DIFFRACTION100
2.9353-3.23030.17381730.15582342X-RAY DIFFRACTION100
3.2303-3.6970.1671760.14322365X-RAY DIFFRACTION100
3.697-4.65470.16821530.14352371X-RAY DIFFRACTION99
4.6547-29.13050.212010.18452384X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0225-0.03570.05160.0441-0.00970.03240.1724-0.1858-0.22480.0688-0.06980.28120.13630.07-00.1175-0.0271-0.04070.1480.0040.2309-32.0673-19.6372-14.2192
20.2482-0.41020.23720.2599-0.10260.1720.0274-0.0131-0.0731-0.0582-0.02890.04260.06510.0761-00.1249-0.0094-0.01050.1245-0.00420.139-24.1668-22.4689-13.1353
30.01590.00330.00420.00280.03290.0271-0.13110.1857-0.2965-0.4422-0.3157-0.57890.19450.2807-00.28740.04760.03760.2193-0.05910.3033-18.342-26.0539-18.3275
40.05360.1199-0.0230.07840.0804-0.07980.1810.4347-0.0004-0.152-0.1038-0.45770.11980.4011-00.23160.0391-0.02440.2540.0170.1882-22.1527-13.3643-20.3336
50.2308-0.0786-0.10680.23730.17190.27820.11480.02720.0418-0.23580.13320.30890.0829-0.40420.02590.15530.0123-0.06240.21420.03340.1628-33.8045-13.4685-19.2627
60.0848-0.09450.08820.043-0.32750.1894-0.0951-0.26780.10490.0730.0519-0.0325-0.1374-0.0689-00.12550.0264-0.03040.14350.01040.1579-29.2313-8.0833-11.2796
70.0053-0.139-0.14660.6038-0.28450.19340.048-0.29980.0810.0794-0.053-0.2271-0.14830.0152-00.0906-0.00620.00220.13740.01090.1157-20.4241-16.7792-0.3988
80.0263-0.0052-0.0123-0.0029-0.01630.03010.0529-0.4407-0.66070.02730.24160.22750.2579-0.513200.1555-0.0665-0.05950.33590.07020.2288-31.6062-26.1789-0.3111
90.2009-0.2222-0.01190.08210.0740.28360.0225-0.449-0.29330.1015-0.0697-0.04680.1089-0.0861-0.00010.1371-0.00970.00090.14650.0720.1811-15.1601-27.42413.3325
100.61720.47140.33910.5181-0.01791.34590.0081-0.18040.02420.1359-0.1237-0.0307-0.1731-0.0927-0.64460.0747-0.0198-0.00470.10780.00940.06613.2607-14.3713-3.0676
110.18050.12170.26720.24710.10430.4960.03710.27670.0689-0.2081-0.47070.2497-0.1258-0.0736-0.03840.18460.0997-0.02370.1812-0.01970.1321-2.4295-4.7963-17.5866
121.04480.09380.21790.18790.00870.1380.219-0.29340.07840.1656-0.17660.1049-0.0834-0.03440.03450.133-0.0240.03070.1163-0.01830.0963-1.326-9.2944-2.0845
130.0345-0.1280.16060.1075-0.08860.22490.22850.11040.3128-0.1254-0.10610.1278-0.1043-0.1101-00.1268-0.00610.02390.1076-0.01860.15162.5275-1.0388-11.5799
140.2024-0.1168-0.21570.1616-0.04440.19640.0708-0.0450.04340.0786-0.06850.0058-0.01830.0018-0.00390.0831-0.0082-0.00080.06690.00060.06977.0807-10.9119-9.8294
150.026-0.08-0.11110.33210.16710.48450.04490.21640.0473-0.1743-0.01260.3734-0.0542-0.4259-0.01920.13440.0225-0.01670.12770.00210.1179-2.755-14.2325-22.3993
160.10250.11080.0463-0.0202-0.03620.06660.0043-0.01370.0445-0.0556-0.0569-0.07050.00530.0032-00.11380.00190.00950.0924-0.00430.09410.0626-11.4536-18.0125
170.29610.0027-0.00810.0520.04410.033-0.143-0.4286-0.07840.02720.0419-0.14930.08950.1487-0.00140.08470.00380.00040.1111-0.00550.124311.4346-18.4969-13.0752
180.3001-0.1211-0.22340.12630.1860.18850.0820.26670.0313-0.10710.04510.0289-0.053-0.18470.0080.0795-0.0032-0.00770.12750.01220.1148-9.317-18.721-10.3987
190.0645-0.0198-0.06260.02370.03940.05080.00820.2381-0.3661-0.1537-0.04460.12270.0690.0777-00.12450.0045-0.00880.12830.00820.1427-5.6884-24.2691-4.9357
200.04590.0115-0.00970.00820.35280.25830.03850.035-0.08930.02990.1648-0.4317-0.05841.10320.14730.11620.0178-0.00370.3265-0.01130.12656.3289-24.1578-3.4081
210.02890.14190.02220.15280.23080.28830.2877-0.45340.59590.0657-0.1270.34220.09220.02610.00330.12330.0260.05990.2788-0.08820.3732-14.9826-9.9032-41.7093
220.32850.1151-0.00750.0981-0.03820.05590.2552-0.58240.50630.1868-0.27520.3461-0.1025-0.01160.04730.16810.01480.06540.272-0.14210.3983-13.0227-7.4432-39.3176
230.00890.0064-0.00360.00530.00780.01960.0936-0.45960.21090.2806-0.1582-0.0298-0.2369-0.06800.36-0.04830.07490.6787-0.38280.4709-9.4165-7.2561-31.2733
240.2292-0.07280.75630.07760.24791.52790.1055-0.80020.01620.1795-0.0678-0.27350.5823-0.1720.04880.1474-0.03880.13990.6305-0.21820.3879-18.2163-13.2322-32.5095
25-0.016-0.0205-0.01030.0016-0.03650.06890.1921-0.8991-0.04160.5053-0.31130.34120.0279-0.2743-00.2402-0.03430.09820.5190.02720.4604-24.9577-17.2589-37.4656
260.11750.02460.0160.01790.02180.12710.009-0.0366-0.0446-0.10250.0820.15930.105-0.32780.00230.09310.0170.00710.25570.00610.2904-18.3581-14.9819-44.4709
270.0645-0.0298-0.06840.10470.09160.08980.02760.5467-0.3025-0.1016-0.41050.41910.244-0.0286-0.00070.1641-0.0122-0.0170.4084-0.03420.4415-24.9143-20.1635-46.1924
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310.0918-0.1910.1020.51850.05160.2703-0.1470.16980.0939-0.05110.0565-0.0103-0.0031-0.0392-0.00120.0802-0.00150.00320.10410.00950.08929.2151-28.8462-31.8128
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380.0136-0.03710.02250.05810.04510.0793-0.14440.01020.05080.0316-0.04230.29990.2283-0.515-0.00220.1040.008-0.01340.17260.00330.13-2.4468-19.4158-30.7313
390.33810.05730.19960.1787-0.21770.3209-0.0579-0.15450.189-0.00440.01-0.0379-0.0558-0.115-0.00060.125-0.0096-0.00350.102-0.01590.09174.6007-17.4455-35.7524
400.13550.4646-0.25630.2947-0.17770.4494-0.0139-0.1288-0.27380.46250.1108-0.66620.17390.8352-0.05610.1963-0.0226-0.09130.2171-0.01060.181316.0083-21.1199-27.8161
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 26:32)A26 - 32
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 33:56)A33 - 56
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 57:63)A57 - 63
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 64:75)A64 - 75
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 76:86)A76 - 86
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 87:111)A87 - 111
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 112:131)A112 - 131
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 132:136)A132 - 136
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 137:153)A137 - 153
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 154:165)A154 - 165
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 166:176)A166 - 176
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 177:198)A177 - 198
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 199:206)A199 - 206
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 207:219)A207 - 219
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 220:227)A220 - 227
16X-RAY DIFFRACTION16(chain A and resid 228:244)A228 - 244
17X-RAY DIFFRACTION17(chain A and resid 245:250)A245 - 250
18X-RAY DIFFRACTION18(chain A and resid 251:262)A251 - 262
19X-RAY DIFFRACTION19(chain A and resid 263:271)A263 - 271
20X-RAY DIFFRACTION20(chain A and resid 272:278)A272 - 278
21X-RAY DIFFRACTION21(chain B and resid 26:38)B26 - 38
22X-RAY DIFFRACTION22(chain B and resid 39:56)B39 - 56
23X-RAY DIFFRACTION23(chain B and resid 57:63)B57 - 63
24X-RAY DIFFRACTION24(chain B and resid 64:71)B64 - 71
25X-RAY DIFFRACTION25(chain B and resid 72:82)B72 - 82
26X-RAY DIFFRACTION26(chain B and resid 83:93)B83 - 93
27X-RAY DIFFRACTION27(chain B and resid 94:108)B94 - 108
28X-RAY DIFFRACTION28(chain B and resid 109:132)B109 - 132
29X-RAY DIFFRACTION29(chain B and resid 133:140)B133 - 140
30X-RAY DIFFRACTION30(chain B and resid 141:153)B141 - 153
31X-RAY DIFFRACTION31(chain B and resid 154:166)B154 - 166
32X-RAY DIFFRACTION32(chain B and resid 167:174)B167 - 174
33X-RAY DIFFRACTION33(chain B and resid 175:200)B175 - 200
34X-RAY DIFFRACTION34(chain B and resid 201:218)B201 - 218
35X-RAY DIFFRACTION35(chain B and resid 219:227)B219 - 227
36X-RAY DIFFRACTION36(chain B and resid 228:245)B228 - 245
37X-RAY DIFFRACTION37(chain B and resid 246:251)B246 - 251
38X-RAY DIFFRACTION38(chain B and resid 252:257)B252 - 257
39X-RAY DIFFRACTION39(chain B and resid 258:272)B258 - 272
40X-RAY DIFFRACTION40(chain B and resid 273:278)B273 - 278

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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