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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3np2 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Pd(allyl)/apo-E45C/C48A-rHLFr | ||||||
要素 | Ferritin light chain | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ferritin complex / autolysosome / intracellular sequestering of iron ion / autophagosome / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / cytoplasmic vesicle / iron ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Equus caballus (ウマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, Z. / Ueno, T. / Abe, S. / Takezawa, Y. / Aoyagi, H. / Hikage, T. / Watanabe, Y. / Kitagawa, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2011 タイトル: Definite coordination arrangement of organometallic palladium complexes accumulated on the designed interior surface of apo-ferritin. 著者: Wang, Z. / Takezawa, Y. / Aoyagi, H. / Abe, S. / Hikage, T. / Watanabe, Y. / Kitagawa, S. / Ueno, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3np2.cif.gz | 56.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3np2.ent.gz | 41.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3np2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3np2_validation.pdf.gz | 463 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3np2_full_validation.pdf.gz | 465.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3np2_validation.xml.gz | 11.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3np2_validation.cif.gz | 15.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/3np2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/3np2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 24||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 X
#1: タンパク質 | 分子量: 19814.391 Da / 分子数: 1 / 変異: E45C, C48A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / プラスミド: pMK2 / Cell (発現宿主): Nova Blue / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02791 |
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-非ポリマー , 6種, 180分子
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-EDO / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.38 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: ammonium sulfate, cadmium sulfate , pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月11日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.86→30 Å / Num. obs: 22120 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.127 |
反射 シェル | 解像度: 1.86→1.93 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.285 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1DAT 解像度: 1.86→24.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 2.635 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.379 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.86→24.36 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.859→1.907 Å / Total num. of bins used: 20
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