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万見
- PDB-3nhz: Structure of N-terminal Domain of MtrA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nhz
タイトルStructure of N-terminal Domain of MtrA
要素Two component system transcriptional regulator mtrA
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Phosphoprotein / Transcription / Transcription regulation / Two-component regulatory system
機能・相同性
機能・相同性情報


biological process involved in interaction with host / phosphorelay response regulator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / protein phosphorylation / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain ...: / : / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA-binding response regulator MtrA
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Barbieri, C.M. / Mack, T.R. / Robinson, V.L. / Miller, M.T. / Stock, A.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Regulation of response regulator autophosphorylation through interdomain contacts.
著者: Barbieri, C.M. / Mack, T.R. / Robinson, V.L. / Miller, M.T. / Stock, A.M.
履歴
登録2010年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12010年8月18日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Two component system transcriptional regulator mtrA
B: Two component system transcriptional regulator mtrA
C: Two component system transcriptional regulator mtrA
D: Two component system transcriptional regulator mtrA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0618
ポリマ－54,9644
非ポリマー974
水2,792155
1
A: Two component system transcriptional regulator mtrA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7652
ポリマ－13,7411
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Two component system transcriptional regulator mtrA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7652
ポリマ－13,7411
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Two component system transcriptional regulator mtrA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7652
ポリマ－13,7411
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Two component system transcriptional regulator mtrA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7652
ポリマ－13,7411
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.600, 56.600, 181.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質
Two component system transcriptional regulator mtrA


分子量: 13741.004 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 1-125 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: mtra, TBMG_03294 / プラスミド: PJZG125 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(de3) Gold / 参照: UniProt: C6DXJ2, UniProt: P9WGM7*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.79 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7.5
詳細: 2.6 M NaCl, 100 mM HEPES pH 7.5 and 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年2月23日 / 詳細: VARIMAX HR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 25644 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 3.18 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
PHENIXautomrモデル構築
PHENIXrefine精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIXAUTOMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2GWR

2gwr


解像度: 2.5→33.34 Å / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 95 -
Rwork0.205 --
all-25596 -
obs-21516 95 %
原子変位パラメータBiso mean: 40.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.32 Å2-0.32 Å20.49 Å2
2---0.16 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 2.065 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→33.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3558 0 4 155 3717
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.293
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.589 Å / Total num. of bins used: 1 /
Rfactor反射数
Rfree0.3278 166
Rwork0.2623 1878

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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