PDB-3ngs: Structure of Leishmania nucleoside diphosphate kinase b with orde...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ngs

タイトル

Structure of Leishmania nucleoside diphosphate kinase b with ordered nucleotide-binding loop

要素

Nucleoside diphosphate kinase

キーワード

TRANSFERASE / LmNDKb / phosphate ion / ordered nucleotide-binding loop

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside-diphosphate kinase / ciliary plasm / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania major (大形リーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Trindade, D.M. / Sousa, T.A.C.B. / Tonoli, C.C.C. / Santos, C.R. / Arni, R.K. / Ward, R.J. / Oliveira, A.H.C. / Murakami, M.T.

引用

ジャーナル: Mol Biosyst / 年: 2011
タイトル: Molecular adaptability of nucleoside diphosphate kinase b from trypanosomatid parasites: stability, oligomerization and structural determinants of nucleotide binding.
著者: Souza, T.A. / Trindade, D.M. / Tonoli, C.C. / Santos, C.R. / Ward, R.J. / Arni, R.K. / Oliveira, A.H. / Murakami, M.T.

履歴

登録	2010年6月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年10月9日	Group: Structure summary
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Advisory / Refinement description / Structure summary カテゴリ: audit_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software Item: _audit_author.name / _software.name
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ngs.cif.gz	108.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ngs.ent.gz	84.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ngs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ngs_validation.pdf.gz	467.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ngs_full_validation.pdf.gz	469.5 KB	表示
XML形式データ	3ngs_validation.xml.gz	22.7 KB	表示
CIF形式データ	3ngs_validation.cif.gz	33.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/3ngs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/3ngs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ngrC 3ngtC 3nguC 3prvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ncl-1 1s5z-d 1hlw-1 6agy-1 5iom-1 6joh-4 4o0n-1 6k3h-2 1npk-1 3q83-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nucleoside diphosphate kinase

B: Nucleoside diphosphate kinase

C: Nucleoside diphosphate kinase

ヘテロ分子

50.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nucleoside diphosphate kinase

B: Nucleoside diphosphate kinase

C: Nucleoside diphosphate kinase

ヘテロ分子

A: Nucleoside diphosphate kinase

B: Nucleoside diphosphate kinase

C: Nucleoside diphosphate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
101 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.371, 114.371, 94.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Nucleoside diphosphate kinase 分子量: 16660.953 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア) 遺伝子: L1648.07, LmjF32.2950, NDKb / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9U1E1, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT 分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂S₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.67 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: sodium/potassium phosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.458 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月1日
放射	モノクロメーター: silicon double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.458 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→99 Å / Num. obs: 65810 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.068
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.342 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 91.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 1.801 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21145	3348	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17918	-	-	-
obs	0.18081	62422	98.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.693 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.28 Å²	-0.64 Å²	0 Å²
2-	-	-1.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3511	0	23	361	3895

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	3702
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.543	1.951	5041
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.604	5	487
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.438	23.125	160
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.405	15	617
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.03	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	550
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	2836
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.98	1.5	2305
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.807	2	3737
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.006	3	1397
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.859	4.5	1287
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.278	221	-
R_work	0.227	4108	-
obs	-	-	88.96 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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