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万見
- PDB-3ned: mRouge -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ned
タイトルmRouge
要素PAmCherry1 protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / RFP / mCherry / beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PAmCherry1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Discosoma sp. (イソギンチャク)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 0.95 Å
データ登録者Mayo, S.L. / Chica, R.A. / Moore, M.M.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2010
タイトル: Generation of longer emission wavelength red fluorescent proteins using computationally designed libraries.
著者: Chica, R.A. / Moore, M.M. / Allen, B.D. / Mayo, S.L.
履歴
登録2010年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年1月8日Group: Database references
改定 1.32015年3月4日Group: Derived calculations
改定 1.42017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.52017年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 3.02026年3月18日Group: Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: entity_poly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PAmCherry1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8815
ポリマ－27,7531
非ポリマー1284
水7,458414
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.807, 42.760, 61.203
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.35, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PAmCherry1 protein


分子量: 27753.230 Da / 分子数: 1 / 変異: V16T, R125H, Q163L, V195A, I197Y, and A217C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Discosoma sp. (イソギンチャク)
遺伝子: PAmCherry, PAmCherry1 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold (DE3) / 参照: UniProt: D1MPT3
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細MET 66, TYR 68, and GLY 69 CIRCULARIZED INTO ONE CHROMOPHORE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.21 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 200 mM ammonium acetate, 100 mM Bis-Tris, pH 6.5, and 25% (w/v) polyethylene glycol 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月28日
放射モノクロメーター: synchrotron / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.95→56.7 Å / Num. obs: 135356 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 9.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
iMOSFLMデータ削減
REFMAC5.5.0088精密化
ACORN位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 0.95→56.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 0.675 / SU ML: 0.017 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / ESU R: 0.021 / ESU R Free: 0.022 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15691 6732 5 %RANDOM
Rwork0.13343 ---
obs0.1346 135356 91.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.434 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20.02 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.95→56.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1892 0 7 414 2313
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0222217
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.022089
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4311.9883044
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.52.9984846
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3325296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.83724.804102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.59115409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6241510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1470.2311
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0212608
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02496
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7061.51311
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0451.5525
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.49622147
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5883906
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9794.5872
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.86134306
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free12.2953473
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.82934204
LS精密化 シェル解像度: 0.95→0.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 290 -
Rwork0.373 5696 -
obs--55.31 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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