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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3nez | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | mRojoA | ||||||
Components | mRojoA | ||||||
Keywords | FLUORESCENT PROTEIN / RFPs / mCherry / pi-stacking | ||||||
| Function / homology | Function and homology information | ||||||
| Biological species | Discosoma Sp. (sea anemone) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Mayo, S.L. / Chica, R.A. / Moore, M.M. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2010Title: Generation of longer emission wavelength red fluorescent proteins using computationally designed libraries. Authors: Chica, R.A. / Moore, M.M. / Allen, B.D. / Mayo, S.L. #1: Journal: To be PublishedTitle: Generation of Longer Emission Wavelength Red Fluorescent Proteins Using Computationally Designed Libraries Authors: Chica, R.A. / Moore, M.M. / Allen, B.D. / Mayo, S.L. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 3nez.cif.gz | 380.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3nez.ent.gz | 313 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3nez.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3nez_validation.pdf.gz | 463.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3nez_full_validation.pdf.gz | 491.3 KB | Display | |
| Data in XML | 3nez_validation.xml.gz | 41.9 KB | Display | |
| Data in CIF | 3nez_validation.cif.gz | 57.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/3nez ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/3nez | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 3nedC ![]() 2h5qS ![]() 3neb S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 27703.131 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: V16T, R125H, Q163L, V195A, I197Y, A217C Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Discosoma Sp. (sea anemone) / Plasmid: pET-11a / Production host: ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | THIS SEQUENCE WAS BASED ON THE PAMCHERRY1 PROTEIN (UNP REFERENCE D1MPT3). RESIDUES MET 64, TYR 65, ...THIS SEQUENCE WAS BASED ON THE PAMCHERRY1 PROTEIN (UNP REFERENCE D1MPT3). RESIDUES MET 64, TYR 65, AND GLY 68 CIRCULARIZ | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.25 Å3/Da / Density % sol: 45.45 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / pH: 6.5 Details: 200 mM ammonium acetate, 100 mM Bis-Tris, pH 6.5, and 25% (w/v) polyethylene glycol 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 1 |
| Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Feb 5, 2009 |
| Radiation | Monochromator: SYNCHROTRON / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.7→38 Å / Num. obs: 102737 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / Redundancy: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 11.9 |
| Reflection shell | Resolution: 1.7→1.79 Å / Redundancy: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.393 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB ENTRY 2H5Q Resolution: 1.7→30.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 5.058 / SU ML: 0.073 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.106 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 32.75 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→30.48 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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