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万見
- PDB-3n9w: Crystal structure of 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidyly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n9w
タイトルCrystal structure of 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase (IspD) in complex with 1,2-Propanediol
要素2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / YGBP / CYTIDYLYLTRANSFERASE / DEOXYXYLULOSE-5-PHOSPHATE PATHWAY (DXP) / ISOPRENOID BIOSYNTHESIS / 1 / 2-Propanediol / FBLD
機能・相同性
機能・相同性情報


2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / magnesium ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / : / 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase, conserved site / Cytidylyltransferase IspD/TarI / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase signature. / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-1,2-PROPANEDIOL / R-1,2-PROPANEDIOL / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Behnen, J. / Heine, A. / Klebe, G.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2012
タイトル: Experimental and computational active site mapping as a starting point to fragment-based lead discovery.
著者: Behnen, J. / Koster, H. / Neudert, G. / Craan, T. / Heine, A. / Klebe, G.
履歴
登録2010年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年1月18日Group: Database references
改定 1.32012年2月15日Group: Database references
改定 1.42017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.62023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
B: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5105
ポリマ－51,2822
非ポリマー2283
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4960 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area16920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.240, 81.200, 133.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase / MEP cytidylyltransferase / MCT / CDP-ME synthase


分子量: 25641.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12
参照: UniProt: Q46893, 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#3: 化合物 ChemComp-PGR / R-1,2-PROPANEDIOL / (R)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.62 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% 1,2-propanediol, 20% PEG400, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月1日
放射モノクロメーター: Bartels monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→25 Å / Num. all: 32991 / Num. obs: 32991 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.287 / % possible all: 78

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1VGT

1vgt


解像度: 1.9→10 Å / Num. parameters: 12823 / Num. restraintsaints: 16547 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56
Rfactor反射数%反射Selection details
Rwork0.21 ---
all0.2133 32991 --
obs-32991 91.8 %-
Rfree---RANDOM
Refine analyzeNum. disordered residues: 3 / Occupancy sum hydrogen: 3086 / Occupancy sum non hydrogen: 3177
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3061 0 15 105 3181
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.092
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0253
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.034
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.041
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.012
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.057
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / Num. reflection Rfree: 3287

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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