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- PDB-2px7: Crystal structure of 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidyly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2px7
タイトルCrystal structure of 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase from Thermus thermophilus HB8
要素2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / ttha0171 / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / ISPD_THET8 / ispD / Structural genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN STRUCTURAL GENOMICS/PROTEOMICS INITIATIVE / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway
類似検索 - 分子機能
2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / : / 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase, conserved site / Cytidylyltransferase IspD/TarI / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase signature. / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Chen, L. / Tsukuda, M. / Ebihara, A. / Shinkai, A. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Chen, L.-Q. / Liu, Z.-J. / Lee, D. / Chang, S.-H. ...Chen, L. / Tsukuda, M. / Ebihara, A. / Shinkai, A. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Chen, L.-Q. / Liu, Z.-J. / Lee, D. / Chang, S.-H. / Nguyen, D. / Rose, J.P. / Wang, B.-C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG) / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase from Thermus thermophilus HB8.
著者: Chen, L. / Tsukuda, M. / Ebihara, A. / Shinkai, A. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Chen, L.-Q. / Liu, Z.-J. / Lee, D. / Chang, S.-H. / Nguyen, D. / Rose, J.P. / Wang, B.-C.
履歴
登録2007年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月5日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
B: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4542
ポリマ－50,4542
非ポリマー00
水2,882160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3860 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area17380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.084, 104.084, 107.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase / MEP cytidylyltransferase / MCT


分子量: 25226.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
生物種: Thermus thermophilus / 株: HB8, DSM 579 / 遺伝子: ispD, TTHA0171 / プラスミド: pET-19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)
参照: UniProt: Q5SLX2, 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: USING 2 MICROLITER DROPS CONTAINING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN CONCENTRATE (6.36 mg/ml) AND RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 0.9M Li Sulfate, 0.09M HEPES pH 8.0, 0.01M Betaine, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: USING 2 MICROLITER DROPS CONTAINING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN CONCENTRATE (6.36 mg/ml) AND RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 0.9M Li Sulfate, 0.09M HEPES pH 8.0, 0.01M Betaine, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 33616 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11 % / Rsym value: 0.043 / Χ2: 0.942 / Net I/σ(I): 25.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 11 % / Num. unique all: 3339 / Rsym value: 0.286 / Χ2: 1.071 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1YE7

1ye7
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1699 5.1 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.228 33570 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.878 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.05 Å20.53 Å20 Å2
2--1.05 Å20 Å2
3----1.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3006 0 0 160 3166
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223067
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4671.9944184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.8955401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.01522.373118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.68915464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6041530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2496
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022330
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.21344
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.22056
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.2157
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1670.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2150.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7751.52021
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.42623220
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.04831046
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4514.5964
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.258 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 117 -
Rwork0.245 2369 -
obs-2486 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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