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- PDB-2pka: REFINED 2 ANGSTROMS X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF PORCINE PANCREATIC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pka
タイトルREFINED 2 ANGSTROMS X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF PORCINE PANCREATIC KALLIKREIN A, A SPECIFIC TRYPSIN-LIKE SERINE PROTEINASE. CRYSTALLIZATION, STRUCTURE DETERMINATION, CRYSTALLOGRAPHIC REFINEMENT, STRUCTURE AND ITS COMPARISON WITH BOVINE TRYPSIN
要素(KALLIKREIN A) x 2
キーワードSERINE PROTEINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


tissue kallikrein / regulation of systemic arterial blood pressure / zymogen activation / secretory granule / serine-type endopeptidase activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZAMIDINE / Glandular kallikrein
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Bode, W. / Chen, Z.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1983
タイトル: Refined 2 A X-ray crystal structure of porcine pancreatic kallikrein A, a specific trypsin-like serine proteinase. Crystallization, structure determination, crystallographic refinement, ...タイトル: Refined 2 A X-ray crystal structure of porcine pancreatic kallikrein A, a specific trypsin-like serine proteinase. Crystallization, structure determination, crystallographic refinement, structure and its comparison with bovine trypsin.
著者: Bode, W. / Chen, Z. / Bartels, K. / Kutzbach, C. / Schmidt-Kastner, G. / Bartunik, H.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1983
タイトル: Refined 2.5 Angstroms X-Ray Crystal Structure of the Complex Formed by Porcine Kallikrein a and the Bovine Pancreatic Trypsin Inhibitor. Crystallization, Patterson Search, Structure ...タイトル: Refined 2.5 Angstroms X-Ray Crystal Structure of the Complex Formed by Porcine Kallikrein a and the Bovine Pancreatic Trypsin Inhibitor. Crystallization, Patterson Search, Structure Determination, Refinement, Structure and Comparison with its Components and with the Bovine Trypsin-Pancreatic Trypsin Inhibitor Complex
著者: Chen, Z. / Bode, W.
履歴
登録1984年5月21日処理サイト: BNL
改定 1.01984年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KALLIKREIN A
B: KALLIKREIN A
X: KALLIKREIN A
Y: KALLIKREIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5026
ポリマ－51,2614
非ポリマー2402
水1,53185
1
A: KALLIKREIN A
B: KALLIKREIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7513
ポリマ－25,6312
非ポリマー1201
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5970 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area10580 Å2
手法PISA
2
X: KALLIKREIN A
Y: KALLIKREIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7513
ポリマ－25,6312
非ポリマー1201
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6070 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area10320 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13900 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area19030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.200, 90.200, 159.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Atom site foot note1: RESIDUES PRO B 147, PRO B 219, PRO Y 147, PRO Y 219 ARE CIS-PROLINES.
2: SEE REMARK 5.
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.3872, -0.83477, 0.39152), (0.68544, 0.54462, 0.48328), (-0.61662, 0.08124, 0.78303)
ベクター: 36.314, -49.058, 24.735)
詳細THE TRANSFORMATION GIVING OPTIMAL SUPERPOSITION OF MOLECULE 1 (CHAIN INDICATORS *A* AND *B*) ONTO MOLECULE 2 (CHAIN INDICATORS *X* AND *Y*) IS GIVEN IN THE MTRIX RECORDS BELOW.

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要素

#1: タンパク質 KALLIKREIN A


分子量: 9119.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00752, tissue kallikrein
#2: タンパク質 KALLIKREIN A


分子量: 16511.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00752, tissue kallikrein
#3: 化合物 ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン


分子量: 120.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.08 %
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11 Mammonium sulfate1drop
20.1 Mphosphate1drop
310 mMbenzamidine1drop
460 mg/mlprotein1drop

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.05 Å / Num. obs: 35517 / % possible obs: 86.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / Num. measured all: 198249 / Rmerge(I) obs: 0.102

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解析

ソフトウェア名称: EREF / 分類: 精密化
精密化Rfactor Rwork: 0.22 / 最高解像度: 2.05 Å
詳細: AN OCCUPANCY OF 0.0 INDICATES THAT NO SIGNIFICANT ELECTRON DENSITY WAS FOUND IN THE FINAL FOURIER MAP AND THAT THE COORDINATES WERE GENERATED USING STEREOCHEMICAL CRITERIA.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3598 0 18 85 3701
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.22 / Rfactor Rwork: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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