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万見
- PDB-3n5n: Crystal structure analysis of the catalytic domain and interdomai... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n5n
タイトルCrystal structure analysis of the catalytic domain and interdomain connector of human MutY homologue
要素A/G-specific adenine DNA glycosylase
キーワードHYDROLASE / alpha-helices / helix-hairpin-helix motif / iron-sulfur cluster
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective MUTYH substrate binding / Defective MUTYH substrate processing / adenine/guanine mispair binding / adenine glycosylase / depurination / MutSalpha complex binding / DNA N-glycosylase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 ...Defective MUTYH substrate binding / Defective MUTYH substrate processing / adenine/guanine mispair binding / adenine glycosylase / depurination / MutSalpha complex binding / DNA N-glycosylase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / negative regulation of necroptotic process / oxidized purine DNA binding / mismatch repair / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / base-excision repair / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA repair / mitochondrion / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Endonuclease III, iron-sulphur binding site / Endonuclease III-like, conserved site-2 / Endonuclease III iron-sulfur binding region signature. / Endonuclease III family signature. / Adenine/Thymine-DNA glycosylase / MutY, C-terminal / NUDIX domain / Helix-hairpin-helix motif / Endonuclease III-like, iron-sulphur cluster loop motif / FES ...Endonuclease III, iron-sulphur binding site / Endonuclease III-like, conserved site-2 / Endonuclease III iron-sulfur binding region signature. / Endonuclease III family signature. / Adenine/Thymine-DNA glycosylase / MutY, C-terminal / NUDIX domain / Helix-hairpin-helix motif / Endonuclease III-like, iron-sulphur cluster loop motif / FES / Helix-hairpin-helix motif / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain / endonuclease III / Endonuclease III; domain 1 / DNA glycosylase / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / IRON/SULFUR CLUSTER / Adenine DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Toth, E.A. / Luncsford, P.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: A structural hinge in eukaryotic MutY homologues mediates catalytic activity and Rad9-Rad1-Hus1 checkpoint complex interactions.
著者: Luncsford, P.J. / Chang, D.Y. / Shi, G. / Bernstein, J. / Madabushi, A. / Patterson, D.N. / Lu, A.L. / Toth, E.A.
履歴
登録2010年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: A/G-specific adenine DNA glycosylase
Y: A/G-specific adenine DNA glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2725
ポリマ－63,5102
非ポリマー7623
水99155
1
X: A/G-specific adenine DNA glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1062
ポリマ－31,7551
非ポリマー3521
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
Y: A/G-specific adenine DNA glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1663
ポリマ－31,7551
非ポリマー4112
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.311, 82.167, 63.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11X
21Y
12X
22Y
13X
23Y

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERLEULEU2XA68 - 3094 - 245
21SERSERLEULEU2YB68 - 3094 - 245
12SF4SF4SF4SF41XC400
22SF4SF4SF4SF41YD400
13VALVALASNASN4XA315 - 343251 - 279
23VALVALASNASN4YB315 - 343251 - 279

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 A/G-specific adenine DNA glycosylase / MutY homolog / hMYH


分子量: 31754.820 Da / 分子数: 2 / 断片: Catalytic domain, UNP residues 76-362 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MUTYH, MYH / プラスミド: pET19b (modified) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-2 DE3
参照: UniProt: Q9UIF7, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Magnesium acetate, 0.005 M tris[2-carboxyethyl] phosphine (TCEP), 5% glycerol, 0.01 M spermidine, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1.65 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月10日
詳細: Si(111) channel-cut monochromator, toroidal focusing mirror
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.65 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→62.31 Å / Num. all: 27002 / Num. obs: 25872 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 7.6 % / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 7.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Rsym value: 0.437 / % possible all: 93.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MLPHAREplus Molrep位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散, 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1MUY

1muy


解像度: 2.3→62.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 16.561 / SU ML: 0.18 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.346 / ESU R Free: 0.243
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25078 1302 5 %RANDOM
Rwork0.20616 ---
obs0.20843 24674 95.66 %-
all-27002 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 64.249 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.45 Å20 Å2-2.6 Å2
2---5.43 Å20 Å2
3---2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→62.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4037 0 19 55 4111
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0214145
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9911.9595670
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8915539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.25723.714175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.36315611
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0921534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1590.2642
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213182
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4591.52698
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.83524274
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.32831447
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.1154.51372
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: X / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1944TIGHT POSITIONAL0.190.05
1833MEDIUM POSITIONAL0.240.5
1944TIGHT THERMAL0.790.5
1833MEDIUM THERMAL0.922
28TIGHT POSITIONAL0.020.05
28TIGHT THERMAL0.950.5
3184MEDIUM POSITIONAL0.940.5
3184MEDIUM THERMAL4.122
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 94 -
Rwork0.246 1774 -
obs--93.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5256-1.12890.46514.4481-0.21351.5749-0.0448-0.0970.10880.0451-0.01730.303-0.06-0.1080.0620.0529-0.020.05380.2132-0.0340.112422.0914.819-29.955
26.82081.8756-3.93043.0224-2.522611.3769-0.6582-0.28240.6944-0.04020.4121-1.84360.55311.16580.24620.6797-0.0625-0.33311.3302-0.41112.425612.30968.314-29.287
32.2482-1.77981.02954.1452-1.06441.26670.0474-0.21-0.20610.30910.12080.05210.0155-0.0135-0.16820.1067-0.01950.01940.21480.01440.060145.85819.067-5.929
47.6134-1.5213-4.34419.9662-1.751311.826-0.02160.0826-0.1235-0.19710.07450.77960.2673-1.2095-0.05290.5576-0.0863-0.1530.7962-0.05560.691754.324-34.997-1.144
50.457-0.04180.16650.09060.11920.28530.0103-0.1374-0.0133-0.0662-0.00820.0147-0.0658-0.0382-0.00210.353-0.0670.14170.4132-0.00520.185535.66317.298-18.037
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1X68 - 309
2X-RAY DIFFRACTION1X400
3X-RAY DIFFRACTION2X315 - 343
4X-RAY DIFFRACTION3Y68 - 310
5X-RAY DIFFRACTION3Y400
6X-RAY DIFFRACTION4Y315 - 343
7X-RAY DIFFRACTION5W1 - 101

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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