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- PDB-3n2x: Crystal structure of YagE, a prophage protein belonging to the di... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n2x
タイトルCrystal structure of YagE, a prophage protein belonging to the dihydrodipicolinic acid synthase family from E. coli K12 in complex with pyruvate
要素Uncharacterized protein yagE
キーワードLYASE / TIM Barrel / Protein-Ligand Complex / Aldolase
機能・相同性
機能・相同性情報


2-dehydro-3-deoxy-D-pentonate aldolase / aldonic acid catabolic process / 2-dehydro-3-deoxy-D-pentonate aldolase activity / 2-dehydro-3-deoxy-D-gluconate aldolase / 2-dehydro-3-deoxy-D-gluconate aldolase activity / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative 2-dehydro-3-deoxy-D-gluconate aldolase YagE
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Bhaskar, V. / Kumar, P.M. / Manicka, S. / Krishnaswamy, S.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: Identification of biochemical and putative biological role of a xenolog from Escherichia coli using structural analysis.
著者: Bhaskar, V. / Kumar, M. / Manicka, S. / Tripathi, S. / Venkatraman, A. / Krishnaswamy, S.
履歴
登録2010年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02018年5月30日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_mod_residue.auth_comp_id / _pdbx_struct_mod_residue.label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.22023年11月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein yagE
B: Uncharacterized protein yagE
C: Uncharacterized protein yagE
D: Uncharacterized protein yagE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,0048
ポリマ－128,7554
非ポリマー2484
水8,917495
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10490 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area38080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.130, 153.550, 55.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-380-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11D
21A
31B
41C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: CYS / End label comp-ID: CYS / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 12 - 309 / Label seq-ID: 1 - 298

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1DD
2AA
3BB
4CC

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要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein yagE / A CP4-6 Prophage Protein


分子量: 32188.811 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 12-309 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b0268, JW0261, yagE / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P75682
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 495 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM HEPES pH 6.5, 200mM MgCl2, 25% PEG 3350, Microbatch, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.973 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.973 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48.975 Å / Num. obs: 62107 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 22.397 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 16.93
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.2-2.250.2650.3395.930893454643620.3796
2.25-2.310.2230.2976.933011448844630.3299.4
2.31-2.380.2030.2677.731943429342800.2999.7
2.38-2.460.1790.2338.731002420041750.2599.4
2.46-2.540.1630.219.630377411941000.2299.5
2.54-2.620.1390.1811129193393939270.1999.7
2.62-2.720.1330.17211.428195381038000.1999.7
2.72-2.840.1160.15612.527201368336690.1799.6
2.84-2.960.1050.13714.126064354135250.1599.5
2.96-3.110.0830.10717.224930339733870.1299.7
3.11-3.270.070.09119.523741323932250.199.6
3.27-3.470.0540.0722422334306530450.0899.3
3.47-3.710.0450.06227.420979288728790.0799.7
3.71-4.010.0390.05330.119371268026640.0699.4
4.01-4.390.0330.04833.517779248424730.0599.6
4.39-4.910.0320.04434.716150226822600.0599.6
4.91-5.670.0420.04930.414261202720190.0599.6
5.67-6.940.0480.05128.912125173617250.0599.4
6.94-9.820.0320.03636.69087135413370.0498.7
9.820.0290.03137.149418167920.0397.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.5.0072精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2V8Z

2v8z


解像度: 2.2→48.975 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.764 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.271 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 3106 5 %RANDOM
Rwork0.179 59001 --
obs0.181 62107 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 46.28 Å2 / Biso mean: 13.778 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.32 Å20 Å20 Å2
2--0.67 Å20 Å2
3---0.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.975 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9055 0 16 495 9566
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0229271
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8661.97312604
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.06451182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.50124.504373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.223151471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0021542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1890.21489
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0216924
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7721.55930
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.37529547
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5333341
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9064.53057
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1D1188TIGHT POSITIONAL0.070.05
2A1188TIGHT POSITIONAL0.070.05
3B1188TIGHT POSITIONAL0.070.05
4C1188TIGHT POSITIONAL0.080.05
1D1061LOOSE POSITIONAL0.185
2A1061LOOSE POSITIONAL0.145
3B1061LOOSE POSITIONAL0.155
4C1061LOOSE POSITIONAL0.165
1D1188TIGHT THERMAL0.260.5
2A1188TIGHT THERMAL0.330.5
3B1188TIGHT THERMAL0.360.5
4C1188TIGHT THERMAL0.260.5
1D1061LOOSE THERMAL0.3110
2A1061LOOSE THERMAL0.3110
3B1061LOOSE THERMAL0.3510
4C1061LOOSE THERMAL0.310
LS精密化 シェル解像度: 2.196→2.253 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 218 -
Rwork0.181 4133 -
all-4351 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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