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- PDB-3n07: Structure of putative 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate ph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n07
タイトルStructure of putative 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase from Vibrio cholerae
要素3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
キーワードHYDROLASE / structural genomics / phosphatase / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase activity / 3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase / lipopolysaccharide biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
KdsC family / : / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase KdsC
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Liu, W. / Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Structural basis for the divergence of substrate specificity and biological function within HAD phosphatases in lipopolysaccharide and sialic acid biosynthesis.
著者: Daughtry, K.D. / Huang, H. / Malashkevich, V. / Patskovsky, Y. / Liu, W. / Ramagopal, U. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N.
履歴
登録2010年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年1月28日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
B: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
C: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
D: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3748
ポリマ－87,2774
非ポリマー974
水5,675315
1
A: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
ヘテロ分子

B: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
C: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
D: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3748
ポリマ－87,2774
非ポリマー974
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation2_757-x+2,y+1/2,-z+21
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8480 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area26280 Å2
手法PISA
2
A: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8442
ポリマ－21,8191
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8442
ポリマ－21,8191
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
C: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8442
ポリマ－21,8191
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
D: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8442
ポリマ－21,8191
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.946, 77.109, 78.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.650, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細unknown

-
要素

#1: タンパク質
3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase


分子量: 21819.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: VCD_001835, VC_2524 / プラスミド: BC-pSGX4(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9KP52
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% PEG 3350, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→50 Å / Num. obs: 72199 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Χ2: 1.214 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.76-1.795.40.629421.045181
1.79-1.826.20.50936451.0121100
1.82-1.866.20.4535891.0221100
1.86-1.96.20.37936610.9821100
1.9-1.946.30.29636220.9491100
1.94-1.986.30.26636070.9681100
1.98-2.036.30.22436280.9381100
2.03-2.096.30.19536350.9771100
2.09-2.156.30.16136360.9471100
2.15-2.226.30.14336381.0051100
2.22-2.36.30.12636411.0511100
2.3-2.396.30.11436401.0651100
2.39-2.56.30.10636281.221100
2.5-2.636.30.09536531.2661100
2.63-2.796.30.08836511.281100
2.79-3.016.30.07936371.4211100
3.01-3.316.30.07336621.3891100
3.31-3.796.20.06536631.5241100
3.79-4.7860.05336841.7681100
4.78-5060.05737372.441199.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL2Map位相決定
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.76→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / WRfactor Rfree: 0.218 / WRfactor Rwork: 0.186 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.882 / SU B: 4.795 / SU ML: 0.07 / SU R Cruickshank DPI: 0.111 / SU Rfree: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 3634 5 %RANDOM
Rwork0.17 ---
obs0.172 72063 99.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 49.14 Å2 / Biso mean: 29.816 Å2 / Biso min: 3.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.94 Å20 Å2-0.4 Å2
2---0.61 Å20 Å2
3---1.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5462 0 4 315 5781
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0225711
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3411.9717744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4415742
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.15825.04252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.807151042
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.8031532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2887
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024282
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7641.53598
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.38925803
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.29332113
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7954.51941
LS精密化 シェル解像度: 1.758→1.804 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 238 -
Rwork0.218 4636 -
all-4874 -
obs--91.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.44610.150.78141.24580.06551.0557-0.0810.2960.0272-0.16050.0591-0.125-0.06630.16980.02190.0451-0.00790.02110.0905-0.00110.016545.02412.63152.413
21.16250.01380.00371.790.28550.76830.05780.045-0.11080.039-0.0301-0.17840.01140.0304-0.02780.00940.0004-0.00260.01780.00920.057466.79626.04679.345
30.7863-0.1362-0.34852.0809-0.52872.1963-0.0605-0.2146-0.04190.42450.1526-0.02110.1462-0.1117-0.09210.14220.0119-0.02030.12520.05490.069358.17730.418107.571
41.3802-0.10580.35541.22040.50521.27640.09150.21490.1009-0.2738-0.11990.0273-0.1505-0.06040.02840.08720.04660.00350.07520.00510.047446.60545.79869.709
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 180
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 177
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 177
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 179

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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