PDB-2r8x: Crystal structure of YrbI phosphatase from Escherichia coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2r8x

タイトル

Crystal structure of YrbI phosphatase from Escherichia coli

要素

3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

キーワード

HYDROLASE / YrbI / phosphatase KDO8-P

機能・相同性

機能・相同性情報

3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase / 3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase activity / N-acylneuraminate cytidylyltransferase activity / lipopolysaccharide biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Tsodikov, O.V. / Aggarwal, P. / Rubin, J.R. / Stuckey, J.A. / Woodard, R.W. / Biswas, T.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: The Tail of KdsC: CONFORMATIONAL CHANGES CONTROL THE ACTIVITY OF A HALOACID DEHALOGENASE SUPERFAMILY PHOSPHATASE.
著者: Biswas, T. / Yi, L. / Aggarwal, P. / Wu, J. / Rubin, J.R. / Stuckey, J.A. / Woodard, R.W. / Tsodikov, O.V.

履歴

登録	2007年9月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

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リンク

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登録構造単位

A: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

B: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

C: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

D: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

E: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

F: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

G: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

H: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

I: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

J: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

K: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

L: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

M: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

N: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

O: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

P: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

ヘテロ分子

321 kDa, 16 ポリマー
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1

M: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

N: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

O: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

P: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

I: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

J: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

K: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

L: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

ソフトウェアが定義した集合体
160 kDa, 8 ポリマー
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2

A: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

B: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

C: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

D: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

E: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

F: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

G: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

H: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
160 kDa, 8 ポリマー
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3

A: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

B: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

C: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

D: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

ヘテロ分子

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80.3 kDa, 4 ポリマー
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4

E: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

F: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

G: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

H: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
80.2 kDa, 4 ポリマー
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5

I: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

J: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

K: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

L: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
80.1 kDa, 4 ポリマー
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6

M: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

N: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

O: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

P: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
80.1 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	85.071, 156.959, 114.407
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.54, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase / KDO 8-P phosphatase 分子量: 20036.121 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 / 遺伝子: yrbI / Plasmid details: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B 参照: UniProt: P67653, 3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 686 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.04 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2.6→39.8 Å / Num. obs: 86138

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 20.725 / SU ML: 0.231 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.319 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2364	4530	5 %	RANDOM
R_work	0.20118	-	-	-
obs	0.20291	86138	99.11 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.162 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.62 Å²	0 Å²	0.34 Å²
2-	-	-0.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21566	0	4	686	22256

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	21822
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.864	1.991	29595
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.976	5	2873
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.793	24.651	860
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.017	15	3772
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.712	15	142
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.053	0.2	3561
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	16094
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.155	0.2	10351
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.291	0.2	15062
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.105	0.2	1188
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.13	0.2	120
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.097	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.196	1.5	14664
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.362	2	22726
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.408	3	8004
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.725	4.5	6869
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.314	338	-
R_work	0.261	6132	-
obs	-	-	96.09 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4028	0.2702	-0.3636	1.4624	-0.2416	0.9404	-0.0432	0.0812	0.1591	-0.4626	0.1151	0.2504	0.0631	-0.0908	-0.072	0.0668	-0.0434	-0.1468	-0.1258	0.0748	-0.0407	39.3311	12.2126	-21.719
2	0.783	-0.1075	-0.4559	1.4193	-0.2196	1.0364	0.009	-0.0383	0.0923	0.0701	-0.0154	-0.02	-0.1167	0.0703	0.0064	-0.0733	-0.0434	-0.0232	-0.1094	-0.0258	0.0122	54.8789	19.2314	3.2363
3	0.5777	0.4569	-0.0366	1.7145	-0.9257	0.8881	0.0358	-0.0505	-0.1071	-0.094	-0.1777	-0.4049	0.0811	0.0919	0.142	-0.1472	0.036	0.0137	-0.062	0.0538	0.1108	68.7591	-7.5314	2.2673
4	1.8959	1.0132	0.0191	2.2073	-0.5488	0.5814	-0.1557	0.2047	-0.186	-0.7036	0.0593	-0.1544	0.2531	0.0404	0.0965	0.2534	-0.0066	0.0649	-0.1262	-0.0507	-0.161	53.2052	-14.7112	-22.7535
5	0.436	0.3786	-0.272	1.9782	-1.0708	1.5062	0.0702	0.0642	0.3161	0.0183	0.2459	0.8444	-0.0266	-0.175	-0.3161	-0.2272	0.0181	0.016	-0.1042	0.1306	0.3997	14.8301	4.263	5.8342
6	1.2664	0.2618	-0.2936	1.251	-0.587	1.6953	-0.0526	0.1162	0.0702	-0.3446	0.231	0.4104	0.3299	-0.1455	-0.1784	0.0174	-0.1348	-0.203	-0.1291	0.0866	0.0747	20.9666	-23.6799	-5.7075
7	1.0644	0.033	-0.2394	1.8587	-0.3607	0.554	0.089	-0.0723	-0.0767	0.1091	-0.053	-0.0348	0.1178	0.0376	-0.036	-0.0259	0.0012	-0.0572	-0.104	0.0444	-0.0391	40.4885	-28.4231	15.8966
8	1.3319	0.9404	0.2991	2.5168	-0.461	0.8952	0.1829	-0.1718	0.1307	0.5632	-0.0953	0.2291	-0.2219	-0.004	-0.0876	0.0584	-0.0374	0.1252	-0.0726	-0.066	-0.0834	35.0044	-1.2649	27.8144
9	1.8852	0.5297	-0.4633	1.824	-0.0987	1.9904	-0.1227	-0.0033	-0.0167	-0.3201	-0.1369	-0.58	-0.4196	0.2547	0.2596	0.1088	-0.1336	0.2853	0.1101	0.1544	0.0046	14.4206	-22.4223	47.3525
10	3.3255	0.2686	-0.8498	1.7997	-0.7415	1.3423	-0.2245	0.2876	-0.0641	-1.0733	0.1018	-0.4228	0.3293	-0.0066	0.1227	0.5805	-0.0567	0.4233	0.0779	-0.0014	-0.2757	2.268	-43.9261	29.5666
11	2.0898	0.0323	-0.7492	2.6106	-0.7145	2.3553	-0.1865	-0.2128	-0.5131	-0.7466	0.1641	-0.6083	0.5462	0.3495	0.0225	0.1377	0.257	0.4002	0.0537	0.0105	0.0987	12.0872	-65.3318	48.6304
12	2.0777	-0.2587	-0.3178	1.2131	-0.1116	3.0447	0.0659	-0.2285	-0.2963	-0.1669	-0.2764	-0.7997	-0.0991	0.7703	0.2105	-0.4169	-0.0262	0.1584	0.4935	0.2827	0.2824	24.3246	-43.8961	66.4375
13	1.9494	0.4811	-0.1829	1.6966	0.1065	3.3303	0.0561	0.1522	-0.2895	0.3716	-0.0392	-0.0916	0.6919	0.4015	-0.017	0.0165	0.1459	-0.0164	0.0764	-0.1142	-0.1385	23.8337	18.0081	-59.3893
14	1.4818	0.3679	0.152	0.9923	-0.3388	2.8072	-0.0716	0.1262	0.0103	0.3743	-0.0534	-0.1469	-0.2882	0.26	0.125	0.0458	-0.0525	-0.1019	0.1704	-0.0489	-0.257	26.8972	46.5596	-49.7755
15	2.5373	0.9066	-0.2842	1.7191	-0.5374	2.1779	0.0665	-0.313	0.1395	0.1136	-0.1654	-0.0886	-0.6645	-0.1233	0.0989	0.1044	0.0339	-0.0344	0.1378	-0.0345	-0.2516	0.9376	-22.0517	-39.6591
16	1.933	-0.6701	0.2016	0.6768	-0.2302	3.3918	-0.0946	-0.1266	-0.074	0.1554	-0.0029	-0.132	0.1074	0.0146	0.0975	-0.1336	-0.012	-0.0118	0.1696	0.1186	-0.1378	4.3832	-50.5443	-29.9357

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	8 - 188	8 - 188
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	8 - 188	8 - 188
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	8 - 188	8 - 188
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	8 - 188	8 - 188
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	8 - 188	8 - 188
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	8 - 179	8 - 179
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	G	8 - 188	8 - 188
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	H	8 - 188	8 - 188
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	I	8 - 188	8 - 188
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	J	8 - 188	8 - 188
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	K	8 - 188	8 - 188
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	L	8 - 188	8 - 188
13	X-RAY DIFFRACTION	13	M	M	8 - 188	8 - 188
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	N	8 - 188	8 - 188
15	X-RAY DIFFRACTION	15	O	O	8 - 188	8 - 188
16	X-RAY DIFFRACTION	16	P	P	8 - 188	8 - 188

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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